faidx - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

faidx - ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {ബെഡ്, ക്രോംസൈസ്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, ട്രാൻസ്പോസ്ഡ്}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -എം] [--പതിപ്പ്] ഫാസ്റ്റ
[പ്രദേശങ്ങൾ [പ്രദേശങ്ങൾ ...]]

വിവരണം

ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുക. പ്രദേശങ്ങളൊന്നും വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ എല്ലാ എൻട്രികളും
മടങ്ങി. ഇൻപുട്ട് ഫാസ്റ്റ ഫയൽ സ്ഥിരമായി ലൈൻ പൊതിഞ്ഞതായിരിക്കണം, കൂടാതെ ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ ലൈൻ പൊതിയുകയും വേണം
ഇൻപുട്ട് ലൈൻ ദൈർഘ്യത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

സ്ഥാനം വാദങ്ങൾ
ഫാസ്റ്റ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ

പ്രദേശങ്ങൾ
സ്‌പെയ്‌സ് വേർതിരിക്കുന്ന സീക്വൻസ് മേഖലകൾ, ഉദാ chr1:1-1000

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-b BED, --കിടക്ക BED
പ്രദേശങ്ങളുടെ കിടക്ക ഫയൽ

-o പുറത്ത്, --പുറത്ത് ഔട്ട്
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: stdout)

-i {ബെഡ്, ക്രോംസൈസ്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, ട്രാൻസ്പോസ്ഡ്}, --പരിവർത്തനം
{ബെഡ്, ക്രോംസൈസ്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, ട്രാൻസ്പോസ്ഡ്}
ആവശ്യപ്പെട്ട പ്രദേശങ്ങളെ മറ്റൊരു ഫോർമാറ്റിലേക്ക് മാറ്റുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഒന്നുമില്ല

-c, --പൂരകമായി
ക്രമം പൂർത്തീകരിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-r, --വിപരീതം
ക്രമം വിപരീതമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-n, --പേരില്ല
ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്ന് സീക്വൻസ് പേരുകൾ ഒഴിവാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-f, --പൂർണ്ണ-പേരുകൾ
വിവരണം ഉൾപ്പെടെ മുഴുവൻ പേരുകളും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-x, --സ്പ്ലിറ്റ്-ഫയലുകൾ
ഓരോ പ്രദേശവും ഒരു പ്രത്യേക ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക (പേരുകൾ പ്രദേശങ്ങളിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞതാണ്)

-l, --മടിയൻ
പൂരിപ്പിയ്ക്കുക --default-seq വിട്ടുപോയ ശ്രേണികൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
നഷ്‌ടമായ പൊസിഷനുകൾക്കും മാസ്‌കിംഗിനുമുള്ള ഡിഫോൾട്ട് ബേസ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: എൻ

-d ഡിലിമിറ്റർ, --ഡിലിമിറ്റർ DELIMITER
ഒന്നിലധികം മൂല്യങ്ങളിലേക്ക് പേരുകൾ വിഭജിക്കുന്നതിനുള്ള ഡിലിമിറ്റർ (ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് പേരുകൾ ആയിരിക്കും
ഉപേക്ഷിച്ചു). സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഒന്നുമില്ല

-g റെജക്സ്, --റെജക്സ് റീജക്സ്
പൊരുത്തപ്പെടാത്ത സീക്വൻസ് പേരുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നതിനുള്ള പതിവ് എക്സ്പ്രഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: .*

-m, --mask-with-default-seq
ഉപയോഗിച്ച് FASTA ഫയൽ മാസ്ക് ചെയ്യുക --default-seq സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

-M, --മാസ്ക്-ബൈ-കേസ്
ചെറിയക്ഷരത്തിലേക്ക് മാറ്റി ഫാസ്റ്റ ഫയൽ മാസ്ക് ചെയ്യുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

--പതിപ്പ്
pyfaidx പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ faidx ഉപയോഗിക്കുക