genome-music-galaxyp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ജീനോം മ്യൂസിക് ഗാലക്സി - MuSiC ടൂളുകളുടെ മുഴുവൻ സ്യൂട്ടും തുടർച്ചയായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.

പതിപ്പ്

ഈ പ്രമാണം ജീനോം സംഗീത ഗാലക്സി പതിപ്പ് 0.04 (2016-01-01 ന് 23:10:18) വിവരിക്കുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

ജനിതക സംഗീത ഗാലക്സി [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--വെവ്വേറെ വെട്ടിച്ചുരുക്കലുകൾ] [--ലയിപ്പിക്കുക-കൺകറന്റ്-മ്യൂട്ടുകൾ] [--സ്കിപ്പ്-നോൺ-കോഡിംഗ്] [--സ്കിപ്പറ്റ്-സൈലന്റ്]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]

വ്യക്തിഗത ടൂളുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ എല്ലാ വിവരങ്ങളും ഈ ടൂൾ പാരാമീറ്ററുകളായി എടുക്കുന്നു. എ
ഉദാഹരണ ഉപയോഗം ഇതാണ്:

... മ്യൂസിക് പ്ലേ \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--ജനിതക-ഡാറ്റ-തരം ജീൻ

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

ബാം-ലിസ്റ്റ് ടെക്സ്റ്റ്
BAM ഫയലുകളുടെ ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം normal_bam tumor_bam]

ഔട്ട്പുട്ട്-ബണ്ടിൽ ടെക്സ്റ്റ്
സംഗീത ഔട്ട്‌പുട്ടുകളുടെ ബണ്ടിൽ സംരക്ഷിക്കപ്പെടാൻ Galaxy ആഗ്രഹിക്കുന്ന ലൊക്കേഷൻ

roi-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ROI-കളുടെ ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [chr സ്റ്റാർട്ട് സ്റ്റോപ്പ് gene_name]

റഫറൻസ്-സീക്വൻസ് ടെക്സ്റ്റ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്കുള്ള പാത

maf-file ടെക്സ്റ്റ്
TCGA MAF സ്പെസിഫിക്കേഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ലിസ്റ്റ് v2.3

പാത്ത്വേ-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
പാത്ത്‌വേ വിവരങ്ങളുടെ ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫയൽ

കണ്ണന്റെ വാദങ്ങൾ

ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളും സബ്ഡയറക്‌ടറികളും എഴുതുന്ന ഡയറക്‌ടറി

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം ''

സംഖ്യാ-ക്ലിനിക്കൽ-ഡാറ്റ-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് ന്യൂമറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

categorical-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് കാറ്റഗറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

മ്യൂട്ടേഷൻ-മാട്രിക്സ്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
കണക്കുകൂട്ടലുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന സാമ്പിൾ-വേഴ്സസ്-ജീൻ മാട്രിക്സ് ഓപ്ഷണലായി സംഭരിക്കുക.

ക്രമമാറ്റം അക്കം
പി-മൂല്യങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന പെർമ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ എണ്ണം

സാധാരണ-മിനിറ്റ്-ആഴം പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഒരു സാധാരണ BAM ബേസ് കവർ ചെയ്തതായി കണക്കാക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡ് ഡെപ്ത്

ട്യൂമർ-മിനി-ആഴം പൂർണ്ണസംഖ്യ
ട്യൂമർ BAM ബേസ് കവർ ചെയ്തതായി കണക്കാക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡ് ഡെപ്ത്

min-mapq പൂർണ്ണസംഖ്യ
റീഡ് ഡെപ്ത് കൗണ്ടുകളിൽ പരിഗണിക്കേണ്ട റീഡുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മാപ്പിംഗ് നിലവാരം

കാണിക്കുക-ഒഴിവാക്കി ബൂളിയൻ
ഒഴിവാക്കിയ ഓരോ മ്യൂട്ടേഷനും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക, എത്രമാത്രം എന്നല്ല

ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'false' (--noshow-skipped) വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

noshow-ഒഴിവാക്കി ബൂളിയൻ
ഷോ ഒഴിവാക്കിയ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

അവഗണിക്കാൻ ജീനുകൾ ടെക്സ്റ്റ്
പശ്ചാത്തല മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്കുകൾക്കായി അവഗണിക്കേണ്ട ജീനുകളുടെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ്

ബിഎംആർ അക്കം
ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത പ്രദേശങ്ങളിലെ പശ്ചാത്തല മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്ക്

max-proximity ടെക്സ്റ്റ്
2 മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി AA ദൂരം

bmr-modifier-file ടെക്സ്റ്റ്
[gene_name] പരീക്ഷിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് BMR പരിഷ്‌ക്കരിക്കുന്ന ഓരോ ജീനിന്റെയും മൂല്യങ്ങളുടെ ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ്
bmr_modifier]

സംഖ്യാ-ഡാറ്റ-ടെസ്റ്റ്-രീതി ടെക്സ്റ്റ്
ഒന്നുകിൽ പിയേഴ്സൺ കോറിലേഷനുള്ള 'കോർ' അല്ലെങ്കിൽ വിൽകോക്സൺ റാങ്ക്-സം ടെസ്റ്റിനുള്ള 'വിൽകോക്സ്'
സംഖ്യാ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ.

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'cor'

skip-low-mr-genes ബൂളിയൻ
പശ്ചാത്തല MR-നേക്കാൾ കുറവുള്ള MR-കളുള്ള ജീനുകൾ പരിശോധിക്കുന്നത് ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-low-mr-genes ബൂളിയൻ
skip-low-mr-genes 'false' ആക്കുക

max-fdr അക്കം
SMG ആയി കണക്കാക്കാൻ ഒരു ജീനിന് അനുവദനീയമായ പരമാവധി തെറ്റായ കണ്ടെത്തൽ നിരക്ക്

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '0.2'

ജനിതക-ഡാറ്റ-തരം ടെക്സ്റ്റ്
മാട്രിക്സ് ഫയലിലെ ഡാറ്റ ഒന്നുകിൽ "ജീൻ" അല്ലെങ്കിൽ "വേരിയന്റ്" തരം ഡാറ്റ ആയിരിക്കണം

വു-വ്യാഖ്യാനം-തലക്കെട്ടുകൾ ബൂളിയൻ
വ്യാഖ്യാന ഫോർമാറ്റ് തലക്കെട്ടുകൾ wusl-ലേക്ക് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഇത് ഉപയോഗിക്കുക

nowu-annotation-headers ബൂളിയൻ
വു-വ്യാഖ്യാന-തലക്കെട്ടുകൾ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ബിഎംആർ ഗ്രൂപ്പുകൾ പൂർണ്ണസംഖ്യ
താരതമ്യപ്പെടുത്താവുന്ന BMR-കളുള്ള സാമ്പിളുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ എണ്ണം

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '1'

വെവ്വേറെ വെട്ടിച്ചുരുക്കലുകൾ ബൂളിയൻ
ഒരു പ്രത്യേക വിഭാഗമായി ട്രിങ്കേഷൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഗ്രൂപ്പ്

ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'false' (--noseparate-truncations) വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

മൂക്ക് വെവ്വേറെ വെട്ടിമുറിക്കലുകൾ ബൂളിയൻ
വെവ്വേറെ വെട്ടിച്ചുരുക്കലുകൾ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ലയനം-കൺകറന്റ്-മുട്ടുകൾ ബൂളിയൻ
ഒരേ സാമ്പിളിലെ ജീനിന്റെ ഒന്നിലധികം മ്യൂട്ടേഷനുകൾ 1 ആയി കണക്കാക്കുന്നു

ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'false' (--nomerge-concurrent-muts) വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

നോമർജ്-കൺകറന്റ്-മുട്ടുകൾ ബൂളിയൻ
ലയനം-കൺകറന്റ്-മുട്ടുകൾ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ഒഴിവാക്കുക-നോൺ-കോഡിംഗ് ബൂളിയൻ
നൽകിയിരിക്കുന്ന MAF ഫയലിൽ നിന്നുള്ള നോൺ-കോഡിംഗ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-non-coding ബൂളിയൻ
skip-non-coding 'false' ആക്കുക

ഒഴിവാക്കുക-നിശബ്ദത ബൂളിയൻ
നൽകിയ MAF ഫയലിൽ നിന്ന് നിശബ്ദ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-Silent ബൂളിയൻ
ഒഴിവാക്കൽ-നിശബ്ദത 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ഓരോ പാതയിലും മിനിറ്റ്-മുട്ട്-ജീൻസ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഇതിലും കുറവ് മ്യൂട്ടേറ്റഡ് ജീനുകളുള്ള പാതകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '1'

glm-model-file ടെക്സ്റ്റ്
GLM-നുള്ള മോഡൽ തരം, റെസ്‌പോൺസ് വേരിയബിൾ, കോവേറിയന്റുകൾ മുതലായവയുടെ രൂപരേഖ നൽകുന്ന ഫയൽ
വിശകലനം. (വിവരണം കാണുക).

പ്രോസസറുകൾ പൂർണ്ണസംഖ്യ
SMG-യിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട പ്രോസസ്സറുകളുടെ എണ്ണം ('foreach', 'doMC' R പാക്കേജുകൾ ആവശ്യമാണ്)

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '1'

aa-റേഞ്ച് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഹിറ്റുകൾക്ക് സമീപമുള്ള അമിനോ ആസിഡിനായി തിരയുമ്പോൾ ഒരു 'സമീപം' പൊരുത്തം എത്രത്തോളം അടുത്താണെന്ന് സജ്ജമാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '2'

ന്യൂക്-റേഞ്ച് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഹിറ്റുകൾക്ക് സമീപമുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊസിഷൻ തിരയുമ്പോൾ 'സമീപം' പൊരുത്തം എത്രത്തോളം അടുത്താണെന്ന് സജ്ജീകരിക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '5'

റഫറൻസ്-ബിൽഡ് ടെക്സ്റ്റ്
ഒന്നുകിൽ "Build36" അല്ലെങ്കിൽ "Build37" ഇടുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'Build37'

ഷോ-അറിയപ്പെടുന്ന-ഹിറ്റുകൾ ബൂളിയൻ
ഒരു കണ്ടെത്തൽ നോവലായിരിക്കുമ്പോൾ, ആ ജീനിൽ അറിയപ്പെടുന്ന AA കാണിക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

നോഷോ-അറിയപ്പെടുന്ന-ഹിറ്റുകൾ ബൂളിയൻ
ഷോ-അറിയപ്പെടുന്ന-ഹിറ്റുകളെ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

glm-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ, മ്യൂട്ടേഷണൽ പ്രൊഫൈലുകൾ, മറ്റ് മിക്സഡ് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ (വിവരണം കാണുക).

use-maf-in-glm ബൂളിയൻ
MAF ഫയലിൽ നിന്ന് വേരിയന്റ് ഇൻപുട്ടായി സൃഷ്‌ടിച്ച വേരിയന്റ് മാട്രിക്‌സ് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ഈ ഫ്ലാഗ് സജ്ജീകരിക്കുക
GLM വിശകലനം.

ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'false' (--nouse-maf-in-glm) വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

nouse-maf-in-glm ബൂളിയൻ
യൂസ്-മാഫ്-ഇൻ-ഗ്എൽഎം 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ഒമിമ-ദിർ പാത
ഒമിം അമിനോ ആസിഡ് മ്യൂട്ടേഷൻ ഡാറ്റാബേസ് ഫോൾഡർ

കോസ്മിക്-ദിർ പാത
കോസ്മിക് അമിനോ ആസിഡ് മ്യൂട്ടേഷൻ ഡാറ്റാബേസ് ഫോൾഡർ

വെർബോസ് ബൂളിയൻ
വലിയ പ്രവർത്തന ഔട്ട്പുട്ട് പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിന് ഓണാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

അതിരുകടന്ന ബൂളിയൻ
വാചാടോപത്തെ 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ-മാട്രിക്സ്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
കണക്കുകൂട്ടലുകളിൽ ആന്തരികമായി ഉപയോഗിക്കുന്ന സാമ്പിൾ-വേഴ്സസ്-ജീൻ മാട്രിക്സ് ഓപ്ഷണലായി സംഭരിക്കുക.

വിവരണം

ഒരു കൂട്ടം ഡാറ്റയിൽ എല്ലാ MuSiC വിശകലന ടൂളുകളും പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ ഈ കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കാം. ദയവായി
പരാമീറ്ററുകളുടെ കൂടുതൽ വിവരണത്തിനായി വ്യക്തിഗത ഉപകരണങ്ങൾ കാണുക.

AUTHORS

തോമസ് ബി മൂണി, എം.എസ്

ക്രെഡിറ്റുകൾ

ക്രെഡിറ്റുകൾ കാണുക ജനിതക-സംഗീതം(1).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് genome-music-galaxyp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക