genome-music-survivalp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ജനിതക സംഗീത അതിജീവനം - ക്ലിനിക്കൽ, മ്യൂട്ടേഷണൽ എന്നിവയ്ക്കായി അതിജീവന പ്ലോട്ടുകളും പി-മൂല്യങ്ങളും സൃഷ്ടിക്കുക
ഫിനോടൈപ്പുകൾ.

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റ് ജീനോം മ്യൂസിക് സർവൈവൽ പതിപ്പ് 0.04 വിവരിക്കുന്നു (2016-01-01 ന് 23:10:18)

സിനോപ്സിസ്

ജനിതക സംഗീത അതിജീവനം --ബാം-ലിസ്റ്റ്=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... സംഗീത അതിജീവനം \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... സംഗീത അതിജീവനം \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... സംഗീത അതിജീവനം \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--ഫിനോടൈപ്പുകൾ-ഉൾപ്പെടാൻ 'വംശം, ലിംഗഭേദം, TP53' \
--output-dir /path/output_directory

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

ബാം-ലിസ്റ്റ് ടെക്സ്റ്റ്
വിശകലനത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട സാമ്പിൾ പേരുകളുടെ ലിസ്റ്റ്. (വിവരണം കാണുക)

ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ ടെക്സ്റ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ എഴുതുന്ന ഡയറക്ടറി

കണ്ണന്റെ വാദങ്ങൾ

maf-file ടെക്സ്റ്റ്
MAF ഫോർമാറ്റിലുള്ള മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ലിസ്റ്റ്

ഒഴിവാക്കുക-നിശബ്ദത ബൂളിയൻ
നൽകിയ MAF ഫയലിൽ നിന്ന് നിശബ്ദ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-Silent ബൂളിയൻ
ഒഴിവാക്കൽ-നിശബ്ദത 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ജനിതക-ഡാറ്റ-തരം ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റയെ "ജീൻ" അല്ലെങ്കിൽ "വേരിയന്റ്" ലെവൽ ഡാറ്റയുമായി ബന്ധപ്പെടുത്തുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ജീൻ'

സംഖ്യാ-ക്ലിനിക്കൽ-ഡാറ്റ-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് ന്യൂമറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

categorical-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് കാറ്റഗറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

glm-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ, മ്യൂട്ടേഷണൽ പ്രൊഫൈലുകൾ, മറ്റ് മിക്സഡ് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ (വിവരണം കാണുക).

ഫിനോടൈപ്പുകൾ-ഉൾപ്പെടാൻ ടെക്സ്റ്റ്
വിശകലനത്തിൽ ഈ ജീനുകളും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ഫിനോടൈപ്പുകളും മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക. (കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ്)

ലെജൻഡ്-പ്ലെയ്സ്മെന്റ് ടെക്സ്റ്റ്
'താഴെ ഇടത്', 'മുകളിൽ ഇടത്', 'മുകളിൽ വലത്' അല്ലെങ്കിൽ 'താഴെ വലത്' എന്നിവയിൽ ഒന്ന് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'ബോട്ടംലെഫ്റ്റ്'

ഒഴിവാക്കുക-നോൺ-കോഡിംഗ് ബൂളിയൻ
നൽകിയിരിക്കുന്ന MAF ഫയലിൽ നിന്നുള്ള നോൺ-കോഡിംഗ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-non-coding ബൂളിയൻ
skip-non-coding 'false' ആക്കുക

വിവരണം

ഈ കമാൻഡ് അതിജീവന വിശകലനം നടത്തുകയും മ്യൂട്ടേഷണൽ ഡാറ്റയ്ക്കായി അതിജീവന കർവുകൾ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
അതുപോലെ --ഫിനോടൈപ്പുകൾ-ടു-ഇൻക്ൾഡ് ഇൻപുട്ട് വഴി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുള്ള താൽപ്പര്യമുള്ള ഏതെങ്കിലും ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവവിശേഷങ്ങൾ
പരാമീറ്റർ. നടത്തിയ വിശകലനങ്ങളിൽ കപ്ലാൻ-മെയർ എസ്റ്റിമേറ്ററും കോക്സും ഉൾപ്പെടുന്നു
ആനുപാതിക അപകട മാതൃക. വിശകലനം ചെയ്ത ഓരോ ജീനിന്റെയും/ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവത്തിന്റെയും ഔട്ട്പുട്ടുകളിൽ അതിജീവനം ഉൾപ്പെടുന്നു
വളവുകൾ, ഒരു അപകട അനുപാതം (ആത്മവിശ്വാസ ഇടവേളകളോടെ), കൂടാതെ പി-മൂല്യങ്ങളും FDR-കളും വിവരിക്കുന്ന
അതിജീവിച്ചവരും അല്ലാത്തവരും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസത്തിന്റെ പ്രാധാന്യം.

എല്ലാ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകളും ആവശ്യമായ (കേസ് സെൻസിറ്റീവ്) "vital_status" എന്നതിനായി തിരയുന്നു
കൂടാതെ "days_to_last_followup" നിരകൾ സാമ്പിൾ ഐഡികൾ വഴി ഫിനോടൈപ്പുകളിലേക്ക് ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു
അതിജീവന വിശകലനം. എല്ലാ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകളുടെയും ആദ്യ നിരയിൽ സാമ്പിൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം
മറ്റ് MuSiC ടൂളുകളിലെ പോലെ തന്നെ ഐഡികൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, നിലവിലുള്ള എല്ലാ ജീനുകളിലും വിശകലനം നടത്തുന്നു
MAF ൽ. ഓപ്ഷണലായി, വിശകലനം പ്രത്യേക ജീനുകളെ പട്ടികപ്പെടുത്തുന്നതിലൂടെ മാത്രം പരിമിതപ്പെടുത്തിയേക്കാം
ഇൻപുട്ട് പാരാമീറ്ററിന് ശേഷം --ഫിനോടൈപ്പുകൾ-ടു-ഇൻക്ലൂഡ് (കോമ ഡിലിമിറ്റഡ്). അതിജീവന വിശകലനം ചെയ്യാം
കോളം ഹെഡറുകൾ ചേർത്തുകൊണ്ട് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലിലെ മറ്റ് കോളങ്ങളിലും ഇത് നടപ്പിലാക്കും
--ഫിനോടൈപ്പുകൾ-ടു-ഇൻക്ലൂഡ് ഇൻപുട്ട് പാരാമീറ്ററിന് ശേഷം വ്യക്തമാക്കിയ എൻട്രികളുടെ പട്ടികയിലേക്ക്.

ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള ചില പൊതു മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ ഇതാ:

· തലക്കെട്ടുകൾ ആവശ്യമാണ്.

ഓരോ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റാ ഫയലിന്റെയും ആദ്യ നിരയിൽ അവയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സാമ്പിൾ ഐഡികൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
--bam-list, MAF വേരിയന്റ് ലിസ്റ്റിൽ (MAF-ൽ, ഇതാണ്
ട്യൂമർ_സാമ്പിൾ_ബാർകോഡ് കോളം, പ്രത്യേകം).

· ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകളിൽ ഒന്നിലെങ്കിലും ഇൻപുട്ട്, "vital_status" എന്ന തലക്കെട്ടുകളുള്ള നിരകൾ
കൂടാതെ "days_to_last_followup" (കേസ് സെൻസിറ്റീവ്) നിലനിൽക്കണം. "vital_status" ആയിരിക്കണം
1-ഉം 0-ഉം കൊണ്ട് നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു, ഇവിടെ 0 എന്നത് 'ജീവിക്കുന്ന'ത്തെയും 1 'മരണപ്പെട്ടവനെയും' സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

എല്ലാ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളും ടാബ്-വേർതിരിക്കപ്പെട്ടിരിക്കണം എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക.

വാദങ്ങൾ

--ബാം-ലിസ്റ്റ്
ഓരോന്നിനും സാമ്പിൾ പേരുകളും സാധാരണ/ട്യൂമർ BAM ലൊക്കേഷനുകളും അടങ്ങുന്ന ഒരു ഫയൽ നൽകുക. ഉപയോഗിക്കുക
ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം നോർമൽ_ബാം ട്യൂമർ_ബാം] ഓരോ വരിയിലും. ഈ ഉപകരണം മാത്രം
സാമ്പിൾ_നെയിം ആവശ്യമാണ്, അതിനാൽ മറ്റെല്ലാ കോളങ്ങളും ഒഴിവാക്കാനാകും. സാമ്പിൾ_നാമം ഇതായിരിക്കണം
MAF ഫയലിൽ ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്ന ട്യൂമർ സാമ്പിൾ പേരുകൾ പോലെ തന്നെ (16-ാം കോളം, ഹെഡറിനൊപ്പം
ട്യൂമർ_സാമ്പിൾ_ബാർകോഡ്).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് genome-music-survivalp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക