gmap_build - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmap_build - GMAP അല്ലെങ്കിൽ GSNAP-നുള്ള ജീനോം ഡാറ്റാബേസ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള ഉപകരണം

സിനോപ്സിസ്

gmap_build [ഓപ്ഷനുകൾ...] -d

വിവരണം

gmap_build: GMAP അല്ലെങ്കിൽ GSNAP ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ഒരു ജീനോമിനായി ഒരു gmap ഡാറ്റാബേസ് നിർമ്മിക്കുന്നു. ജിഎംഎപിയുടെ ഭാഗം
പാക്കേജ്, പതിപ്പ് 2015-12-31.

ഒരു Makefile സൃഷ്ടിക്കുന്ന gmap_setup എന്ന പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള ലളിതമായ ഒരു ബദൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-D, --ഡയറക്ടർ=സ്ട്രിംഗ്
ഇൻസ്റ്റാളേഷനുള്ള ഡെസ്റ്റിനേഷൻ ഡയറക്‌ടറി (ഡിഫോൾട്ടായി gmapdb ഡയറക്‌ടറിയിൽ വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു
സമയം ക്രമീകരിക്കുക)

-d, --db=സ്ട്രിംഗ്
ജനിതക നാമം

-n, --പേരുകൾ=സ്ട്രിംഗ്
ഒരു ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ക്രോമസോമുകൾക്ക് പകരമുള്ള പേരുകൾ. ഫയലിൽ ഒന്ന് ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഓരോ ക്രോമസോമിന്റെയും പേര് മാറ്റാനുള്ള വരി, കോളത്തിൽ യഥാർത്ഥ ഫാസ്റ്റ നാമം
1, കോളം 2-ൽ ആവശ്യമുള്ള ക്രോമസോമിന്റെ പേര്. ഇത് മാറ്റാനുള്ള എളുപ്പവഴി നൽകുന്നു
ക്രോമസോമുകളുടെ പേരുകൾ, ഉദാഹരണത്തിന്, "chr" പ്രിഫിക്സ് ചേർക്കുന്നതിനോ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനോ. കോളം 2
ശൂന്യമായിരിക്കാം, ഇത് പേര് മാറ്റമില്ലെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ഈ ഫയലും സംയോജിപ്പിക്കാം
-- അടുക്കുക=പേരുകൾ ജനിതക സൂചികയിലെ ക്രോമസോമുകൾക്ക് ഒരു പ്രത്യേക ക്രമം നൽകാൻ.

-M, --mdflag=സ്ട്രിംഗ്
ക്രോമസോം കോർഡിനേറ്റുകളിലേക്ക് കോൺടിഗുകൾ മാപ്പുചെയ്യുന്നതിന് എൻസിബിഐയിൽ നിന്നുള്ള MD ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക

-C, --കോൺറ്റിഗുകൾ-മാപ്പ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട്
ഓരോ ഫാസ്റ്റ ഹെഡർ ലൈനിലും ഒരു ക്രോമസോം മേഖല കണ്ടെത്തുക. ഉള്ള കോൺടിഗുകൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ക്രോമസോം കോർഡിനേറ്റുകളിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്തു. എങ്കിൽ അവഗണിച്ചു --mdflag നല്കിയിട്ടുണ്ട്.

-z, --കംപ്രഷൻ=സ്ട്രിംഗ്
നൽകിയിരിക്കുന്ന കംപ്രഷൻ തരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക (കോമകളാൽ വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു; സ്ഥിരസ്ഥിതി bitpack64 ആണ്) bitpack64 -
SIMD നിർദ്ദേശങ്ങളുള്ള ആധുനിക കമ്പ്യൂട്ടറുകൾക്കായി ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു (ശുപാർശ ചെയ്‌തത്) എല്ലാം - സൃഷ്‌ടിക്കുക
ലഭ്യമായ എല്ലാ കംപ്രഷൻ തരങ്ങളും, നിലവിൽ bitpack64 ഒന്നുമില്ല - ഓഫ്‌സെറ്റ് കംപ്രസ് ചെയ്യരുത്
ഫയലുകൾ (ഇത് ഇനി പിന്തുണയ്ക്കില്ലെന്ന് ഞാൻ വിശ്വസിക്കുന്നു)

-k, --കിലോമീറ്റർ=INT
ജനിതക സൂചികയ്ക്കുള്ള k-mer മൂല്യം (അനുവദനീയം: 15 അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ കുറവ്, ഡിഫോൾട്ട് 15 ആണ്)

-q ജീനോമോയ്‌ക്കുള്ള INT സാമ്പിൾ ഇടവേള (അനുവദനീയം: 1-3, ഡിഫോൾട്ട് 3)

-s, -- അടുക്കുക=സ്ട്രിംഗ്
നൽകിയിരിക്കുന്ന രീതി ഉപയോഗിച്ച് ക്രോമസോമുകൾ അടുക്കുക: ഒന്നുമില്ല - ഫാസ്റ്റയിൽ കാണുന്നത് പോലെ ക്രോമസോമുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
ഫയൽ(കൾ) ആൽഫ - ക്രോമസോമുകളെ അക്ഷരമാലാക്രമത്തിൽ അടുക്കുക (chr10 chr 1) സംഖ്യാ-ആൽഫ
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY chrom - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
chr1U, chrU പേരുകൾ - നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയലിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ക്രോമസോമുകൾ അടുക്കുക --പേരുകൾ പതാക

-g, --ഗൺസിപ്പ്
ഫയലുകൾ ജിസിപ്പ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു, അതിനാൽ ആദ്യം ഓരോ ഫയലും ഗൺസിപ്പ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്

-E, --ഫാസ്റ്റ-പൈപ്പ്=സ്ട്രിംഗ്
ഫാസ്റ്റ ഫയലുകളുടെ ലിസ്റ്റിന് പകരം ആർഗ്യുമെന്റ് ഒരു കമാൻഡായി വ്യാഖ്യാനിക്കുക

-w INT ഓരോ ഘട്ടത്തിനും ശേഷം ഇത്രയും സെക്കൻഡ് കാത്തിരിക്കുക (ഉറങ്ങുക) (സ്ഥിരസ്ഥിതി 2)

-c, --വൃത്താകൃതി=സ്ട്രിംഗ്
വൃത്താകൃതിയിലുള്ള ക്രോമസോമുകൾ (ഒന്നുകിൽ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ക്രോമസോമുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ്, അല്ലെങ്കിൽ a
വൃത്താകൃതിയിലുള്ള ക്രോമസോമുകൾ അടങ്ങിയ ഫയലിന്റെ പേര്, ഓരോ വരിയിലും ഒന്ന്). നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ --പേരുകൾ
സവിശേഷത, അപ്പോൾ നിങ്ങൾ ക്രോമസോമിന്റെ യഥാർത്ഥ പേര് ഉപയോഗിക്കണം, അല്ലാതെ
ഈ ഓപ്‌ഷനു പകരമുള്ള പേര്.

-e, --nmessages=INT
റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാനുള്ള പരമാവധി സന്ദേശങ്ങൾ (മുന്നറിയിപ്പുകൾ, കോൺടിഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ) (സ്ഥിരസ്ഥിതി 50)

--ബിൽഡ്-സർറേ=INT
സഫിക്സ് അറേ നിർമ്മിക്കണമോ എന്ന്: 0=ഇല്ല, 1=അതെ (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

കാലഹരണപ്പെട്ടു ഓപ്ഷനുകൾ:
-T സ്ട്രിംഗ്
താൽകാലിക ബിൽഡ് ഡയറക്‌ടറി (നിങ്ങളുടെ ഇടം തീർന്നാൽ അത് വ്യക്തമാക്കേണ്ടതായി വന്നേക്കാം
നിലവിലെ ഡയറക്ടറി) gmap_build ഇപ്പോൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനാൽ ഇത് ഇനി ആവശ്യമില്ല
നേരിട്ട് ലക്ഷ്യസ്ഥാനത്ത് (അല്ലെങ്കിൽ -D) ഡയറക്ടറി.

GMAP സ്യൂട്ടിന്റെ മറ്റ് ഉപകരണങ്ങൾ /usr/lib/gmap-ൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmap_build ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക