gmx-dyndom - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-dyndom - ഇന്റർപോളേറ്റ്, എക്സ്ട്രാപോളേറ്റ് ഘടന ഭ്രമണങ്ങൾ

സിനോപ്സിസ്

gmx ഡൈൻഡം [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-ആദ്യം ] [-ലാസ്റ്റംഗിൾ ] [-എൻഫ്രെയിം ]
[-മാക്സാംഗിൾ ] [-ട്രാൻസ് ] [-തല ]
[-വാൽ ]

വിവരണം

gmx ഡൈൻഡം എ വായിക്കുന്നു .പിഡിബി DynDom-ൽ നിന്നുള്ള ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). അത്
കോർഡിനേറ്റുകൾ, റൊട്ടേഷൻ ആക്സിസിന്റെ കോർഡിനേറ്റുകൾ, ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു സൂചിക ഫയൽ എന്നിവ വായിക്കുന്നു
ഡൊമെയ്‌നുകൾ. കൂടാതെ, ഇത് ആരോ ഫയലിന്റെ ആദ്യത്തേയും അവസാനത്തേയും ആറ്റത്തെ കമാൻഡായി എടുക്കുന്നു
ലൈൻ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ (തലയും വാലും) ഒടുവിൽ അത് വിവർത്തന വെക്റ്റർ എടുക്കുന്നു (ഇതിൽ നൽകിയിരിക്കുന്നു
DynDom വിവര ഫയലും ഭ്രമണകോണും (കമാൻഡ് ലൈൻ ആർഗ്യുമെന്റുകളായി). കോണാണെങ്കിൽ
DynDom നിർണ്ണയിക്കുന്നത് നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഇതിനായി ഉപയോഗിച്ച രണ്ടാമത്തെ ഘടന വീണ്ടെടുക്കാൻ ഒരാൾക്ക് കഴിയണം
DynDom ഔട്ട്പുട്ട് സൃഷ്ടിക്കുന്നു. പരിമിതമായ സംഖ്യാ കൃത്യത കാരണം ഇത് ആയിരിക്കണം
ഒരു ഓൾ-ആറ്റം RMSD (ഉപയോഗിച്ച് gmx സ്ഥിരീകരിക്കുന്നു) പകരം ഫയൽ താരതമ്യം
(വ്യത്യാസം ഉപയോഗിച്ച്).

ഈ പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഉദ്ദേശം, ഭ്രമണം കണ്ടെത്തിയതുപോലെ ഇന്റർപോളേറ്റ് ചെയ്യുകയും എക്സ്ട്രാപോളേറ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുക എന്നതാണ്
ഡൈൻഡോം. തൽഫലമായി, ദൈർഘ്യമേറിയതോ ഹ്രസ്വമോ ആയ ബോണ്ടുകളോ ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന ആറ്റങ്ങളോ ഉള്ള ഭൗതികമല്ലാത്ത ഘടനകൾ
ഉത്പാദിപ്പിക്കാം. സാധൂകരിക്കുന്നതിന് വിഷ്വൽ ഇൻസ്പെക്ഷൻ, എനർജി മിനിമൈസേഷൻ എന്നിവ ആവശ്യമായി വന്നേക്കാം
ഘടന.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
പാത: xt trr വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-ആദ്യം (0)
റൊട്ടേഷൻ വെക്റ്ററിനെ കുറിച്ചുള്ള ഭ്രമണകോണം

-ലാസ്റ്റംഗിൾ (0)
റൊട്ടേഷൻ വെക്റ്ററിനെ കുറിച്ചുള്ള ഭ്രമണകോണം

-എൻഫ്രെയിം (11)
പാതയിലെ പടികളുടെ എണ്ണം

-മാക്സാംഗിൾ (0)
ഭ്രമണ വെക്‌ടറിനെക്കുറിച്ചുള്ള ഭ്രമണത്തിന്റെ ഡിംഡോം ഡിറ്റർമിനഡ് കോൺ

-ട്രാൻസ് (0)
റൊട്ടേഷൻ വെക്‌ടറിനൊപ്പം വിവർത്തനം (ആങ്‌സ്ട്രോം) (DynDom വിവര ഫയൽ കാണുക)

-തല (0 0 0)
അമ്പ് വെക്റ്ററിന്റെ ആദ്യ ആറ്റം

-വാൽ (0 0 0)
അമ്പ് വെക്റ്ററിന്റെ അവസാന ആറ്റം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-dyndom ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക