gmx-make_ndx - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

gmx-make_ndx - സൂചിക ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[- natoms ] [-[ഇല്ല] ഇരട്ട]

വിവരണം

മിക്കവാറും എല്ലാ GROMACS പ്രോഗ്രാമുകൾക്കും സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകൾ ആവശ്യമാണ്. ഈ പ്രോഗ്രാമുകൾക്കെല്ലാം കഴിയും
സ്ഥിരസ്ഥിതി സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക. നിങ്ങൾ മാത്രം ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട് gmx make_ndx നിങ്ങൾക്ക് പ്രത്യേകം ആവശ്യമുള്ളപ്പോൾ
സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകൾ. മുഴുവൻ സിസ്റ്റത്തിനും ഒരു ഡിഫോൾട്ട് ഇൻഡക്സ് ഗ്രൂപ്പ് ഉണ്ട്, 9 ഡിഫോൾട്ട് ഇൻഡക്സ് ഗ്രൂപ്പുകൾ
പ്രോട്ടീനുകൾക്കായി, മറ്റെല്ലാ അവശിഷ്ട പേരുകൾക്കും ഒരു ഡിഫോൾട്ട് ഇൻഡക്സ് ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു.

ഒരു സൂചിക ഫയലും നൽകാത്തപ്പോൾ, ഇതും gmx make_ndx സ്ഥിരസ്ഥിതി ഗ്രൂപ്പുകൾ സൃഷ്ടിക്കും. കൂടെ
ആറ്റം, അവശിഷ്ടം, ചെയിൻ പേരുകൾ, സംഖ്യകൾ എന്നിവയിൽ നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാവുന്ന സൂചിക എഡിറ്റർ. എപ്പോൾ ഒരു ഓട്ടം
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ നൽകിയിട്ടുണ്ട്, നിങ്ങൾക്ക് ആറ്റം തരത്തിലും തിരഞ്ഞെടുക്കാം. നിങ്ങൾക്ക് NOT, AND കൂടാതെ OR എന്നിവ ഉപയോഗിക്കാം
ഗ്രൂപ്പുകളെ ചങ്ങലകളോ അവശിഷ്ടങ്ങളോ ആറ്റങ്ങളോ ആയി വിഭജിക്കാൻ കഴിയും. നിങ്ങൾക്ക് ഗ്രൂപ്പുകൾ ഇല്ലാതാക്കാനും പേരുമാറ്റാനും കഴിയും.

എഡിറ്ററിലും ഇൻഡക്സ് ഫയലിലുമുള്ള ആറ്റം നമ്പറിംഗ് 1-ൽ ആരംഭിക്കുന്നു.

ദി -ഇരട്ട സ്വിച്ച് ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് എല്ലാ സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകളും ഓഫ്‌സെറ്റിനൊപ്പം - natoms, ഉപയോഗപ്രദമാണ്
കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ ഇലക്ട്രോഫിസിയോളജി ഡബിൾ-ലെയർ മെംബ്രൺ സജ്ജീകരണങ്ങൾക്കായി.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

- natoms (0)
ആറ്റങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: കോർഡിനേറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഇൻഡെക്സ് ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കുക)

-[ഇല്ല] ഇരട്ട (അല്ല)
-natoms-ന്റെ ഓഫ്‌സെറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് എല്ലാ സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകളും ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് ചെയ്യുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-make_ndx ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക