gmx-sasa - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-sasa - സോൾവെന്റ് ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണം കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx സാസ [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-ഒജി [<.xvg>]] [-അഥവാ [<.xvg>]] [-ഓ [<.xvg>]]
[-ടിവി [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- നിങ്ങൾ ] [-xvg ] [-[ഇല്ല]rmpbc]
[-[ഇല്ല]pbc] [-sf ] [-സെൽർപോസ് ] [- അന്വേഷണം ]
[-കുത്തുകൾ ] [-[ഇല്ല]പ്രൊട്ട്] [-dgs ]
[- ഉപരിതലം ] [- ഔട്ട്പുട്ട് ]

വിവരണം

gmx സാസ സോൾവെന്റ് ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ഉപരിതല പ്രദേശങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നു. Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos കാണുക
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. കെം. ഉപയോഗിച്ച അൽഗോരിതത്തിന് 16, 273-284. കൂടെ
-q, കനോലി ഉപരിതലം a-യിലും സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും .പിഡിബി നോഡുകൾ ഉള്ള ഫയൽ
ആറ്റങ്ങളായും അടുത്തുള്ള നോഡുകളെ ബന്ധിപ്പിക്കുന്ന അരികുകളും CONECT റെക്കോർഡുകളായി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു. -ഒജി
ഓരോ ആറ്റത്തിനും സോൾവേഷൻ എനർജികളിൽ നിന്ന് സോൾവേഷൻ ഫ്രീ എനർജി കണക്കാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
തുറന്ന ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണം.

പ്രോഗ്രാമിന് ഉപരിതല കണക്കുകൂട്ടലിനായി ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ആവശ്യമാണ്
- ഉപരിതലം. ഇത് എല്ലായ്പ്പോഴും സിസ്റ്റത്തിലെ എല്ലാ നോൺ-സോൾവെന്റ് ആറ്റങ്ങളും അടങ്ങിയിരിക്കണം. പ്രദേശം
ഈ ഗ്രൂപ്പ് എല്ലായ്പ്പോഴും കണക്കാക്കുന്നു. ഓപ്ഷണലായി, - ഔട്ട്പുട്ട് അധിക തിരഞ്ഞെടുപ്പുകൾ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും,
കണക്കുകൂട്ടൽ ഗ്രൂപ്പിന്റെ ഉപവിഭാഗങ്ങൾ ആയിരിക്കണം. ഇവയ്ക്കുള്ള ലായക-ആക്സസ്സബിൾ ഏരിയകൾ
ഗ്രൂപ്പുകളും മുഴുവൻ ഉപരിതലത്തിൽ നിന്നും വേർതിരിച്ചെടുക്കുന്നു.

പാതയ്ക്ക് മുകളിലുള്ള പ്രദേശത്തിന്റെ ശരാശരിയും സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷനും ഓരോന്നായി കണക്കാക്കാം
അവശിഷ്ടവും ആറ്റവും (ഓപ്ഷനുകൾ -അഥവാ ഒപ്പം -ഓ).

കൂടെ -ടിവി ഐച്ഛികം തന്മാത്രയുടെ ആകെ വോളിയവും സാന്ദ്രതയും കണക്കാക്കാം. കൂടെ
-pbc (സ്ഥിരസ്ഥിതി), നിങ്ങളുടെ തന്മാത്ര/ഉപരിതല ഗ്രൂപ്പ് വിഭജിച്ചിട്ടില്ലെന്ന് ഉറപ്പാക്കണം
പി.ബി.സി. അല്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് നോൺ-സെൻസിക്കൽ ഫലങ്ങൾ ലഭിക്കും. എന്നതും പരിഗണിക്കുക
ഈ സാഹചര്യത്തിൽ സാധാരണ പ്രോബ് ആരം ഉചിതമാണ് അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതാണോ, ഉദാ, 0.
വോളിയത്തിന്റെയും സാന്ദ്രതയുടെയും ഫലങ്ങൾ വളരെ ഏകദേശമാണെന്ന് ഓർമ്മിക്കുന്നത് നല്ലതാണ്.
ഉദാഹരണത്തിന്, ഐസ് Ih-ൽ, സുഷിരങ്ങളിൽ ജല തന്മാത്രകളെ എളുപ്പത്തിൽ ഉൾക്കൊള്ളാൻ കഴിയും, അത് ഫലം നൽകുന്നു
വോളിയം വളരെ കുറവാണ്, കൂടാതെ ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണവും സാന്ദ്രതയും വളരെ കൂടുതലാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ഓപ്ഷണൽ)
ഇൻപുട്ട് പാത അല്ലെങ്കിൽ ഒറ്റ കോൺഫിഗറേഷൻ: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഇൻപുട്ട് ഘടന: ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
അധിക സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകൾ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമായി മൊത്തം ഏരിയ

-ഒജി [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമെന്ന നിലയിൽ ഏകദേശ പരിഹാരം സൗജന്യ ഊർജ്ജം

-അഥവാ [<.xvg>] (resarea.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ശരാശരി ഏരിയ

-ഓ [<.xvg>] (atomarea.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
ഒരു ആറ്റത്തിന് ശരാശരി ഏരിയ

-ടിവി [<.xvg>] (volume.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമെന്ന നിലയിൽ ആകെ വോളിയവും സാന്ദ്രതയും

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
കനോലി പ്രതലത്തിനായുള്ള PDB ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt == ആദ്യമായി (ps) ആണെങ്കിൽ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

- നിങ്ങൾ (സങ്കീ)
സമയ മൂല്യങ്ങൾക്കുള്ള യൂണിറ്റ്: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (എക്സ്എംഗ്രേസ്)
പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: ഒന്നുമില്ല, xmgrace, xmgr

-[ഇല്ല]rmpbc (അതെ)
ഓരോ ഫ്രെയിമിനും തന്മാത്രകൾ മുഴുവനായി ഉണ്ടാക്കുക

-[ഇല്ല]pbc (അതെ)
ദൂരം കണക്കാക്കാൻ ആനുകാലിക അതിർത്തി വ്യവസ്ഥകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-sf
ഫയലുകളിൽ നിന്ന് തിരഞ്ഞെടുക്കലുകൾ നൽകുക

-സെൽർപോസ് (ആറ്റം)
തിരഞ്ഞെടുക്കൽ റഫറൻസ് സ്ഥാനങ്ങൾ: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

- അന്വേഷണം (0.14)
ലായക അന്വേഷണത്തിന്റെ ആരം (nm)

-കുത്തുകൾ (24)
ഓരോ ഗോളത്തിലും ഡോട്ടുകളുടെ എണ്ണം, കൂടുതൽ ഡോട്ടുകൾ എന്നാൽ കൂടുതൽ കൃത്യത എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്

-[ഇല്ല]പ്രൊട്ട് (അതെ)
കനോലിയിലേക്ക് പ്രോട്ടീൻ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക .പിഡിബി ഫയലും

-dgs (0)
ഓരോ ഏരിയയിലും സോൾവേഷൻ ഫ്രീ എനർജിയുടെ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം (kJ/mol/nm^2)

- ഉപരിതലം
ഉപരിതല കണക്കുകൂട്ടൽ തിരഞ്ഞെടുപ്പ്

- ഔട്ട്പുട്ട്
ഔട്ട്‌പുട്ട് തിരഞ്ഞെടുക്കൽ(ങ്ങൾ)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-sasa ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക