gmx-tcaf - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-tcaf - ദ്രാവകങ്ങളുടെ വിസ്കോസിറ്റി കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-അല്ല [<.xvg>]] [-ഓ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-ഓഫ് [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ഓവ് [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-[ഇല്ല] മോൾ] [-[no]k34]
[-wt ] [-അക്ഫ്ലെൻ ] [-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക] [-P ]
[-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ ] [-ആരംഭിക്കുക ] [- endfit ]

വിവരണം

gmx tcaf ട്രാൻവേഴ്സ് കറന്റ് ഓട്ടോകോറിലേഷനുകൾ കണക്കാക്കുന്നു. ഇവ കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
കത്രിക വിസ്കോസിറ്റി, എറ്റ. വിശദാംശങ്ങൾക്ക് കാണുക: പാമർ, ഫിസി. റവ. ഇ 49 (1994) പേജ് 359-366.

കെ-വെക്‌ടറുകൾ (1,0,0), (2,0,0) എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് തിരശ്ചീന വൈദ്യുതധാരകൾ കണക്കാക്കുന്നു.
The y- ഒപ്പം z-ദിശ, (1,1,0) കൂടാതെ (1,-1,0) ഓരോന്നും മറ്റ് 2 വിമാനങ്ങളിലും (ഇവ
വെക്‌ടറുകൾ സ്വതന്ത്രമല്ല) കൂടാതെ (1,1,1) കൂടാതെ മറ്റ് 3 ബോക്‌സ് ഡയഗണലുകളും (അല്ല
സ്വതന്ത്ര). ഓരോ കെ-വെക്‌ടറിനും സൈനും കോസൈനും സംയോജിപ്പിച്ച് ഉപയോഗിക്കുന്നു
2 ലംബ ദിശകളിലുള്ള വേഗത. ഇത് ആകെ 16*2*2=64 തിരശ്ചീനം നൽകുന്നു
പ്രവാഹങ്ങൾ. ഓരോ കെ-വെക്‌ടറിനും ഒരു ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു, അത് 16 നൽകുന്നു
ടിസിഎഎഫുകൾ. ഈ TCAF-കളിൽ ഓരോന്നും f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), ഇത് tau, eta എന്നിവയുടെ 16 മൂല്യങ്ങൾ നൽകുന്നു. അനുയോജ്യം
സമയ സ്ഥിരതയുള്ള w (കൂടെ നൽകിയത്) ഉപയോഗിച്ച് ഭാരം ക്രമാതീതമായി ക്ഷയിക്കുന്നു -wt) exp(-t/w), കൂടാതെ
TCAF ഉം ഫിറ്റും 5*w സമയം വരെ കണക്കാക്കുന്നു. eta മൂല്യങ്ങൾ 1 - a ആയി ഘടിപ്പിക്കണം
eta(k) k^2, അതിൽ നിന്ന് ഒരാൾക്ക് ഷിയർ വിസ്കോസിറ്റി k=0 ആയി കണക്കാക്കാം.

പെട്ടി ക്യൂബിക് ആകുമ്പോൾ, ഒരാൾക്ക് ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കാം -oc, ഇത് TCAF-കളുടെ ശരാശരിയെ കണക്കാക്കുന്നു
ഒരേ നീളമുള്ള കെ-വെക്റ്ററുകൾ. ഇത് കൂടുതൽ കൃത്യമായ ടിസിഎഎഫുകൾക്ക് കാരണമാകുന്നു. രണ്ടും ക്യൂബിക്
ടിസിഎഎഫുകളും ഫിറ്റുകളും എഴുതിയിരിക്കുന്നു -oc ക്യൂബിക് എറ്റ എസ്റ്റിമേറ്റുകളും എഴുതിയിട്ടുണ്ട് -ഓവ്.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -മോൾ, തിരശ്ചീന വൈദ്യുതധാര ആറ്റങ്ങൾക്ക് പകരം തന്മാത്രകളെ നിർണ്ണയിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇൻ
ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, ഇൻഡെക്സ് ഗ്രൂപ്പിൽ ആറ്റം നമ്പറുകൾക്ക് പകരം തന്മാത്രാ സംഖ്യകൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം.

ലെ കെ-ആശ്രിത വിസ്കോസിറ്റികൾ -ഓവ് ഫയൽ eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) എന്നതിലേക്ക് ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കണം
അനന്തമായ തരംഗദൈർഘ്യത്തിൽ വിസ്കോസിറ്റി ലഭിക്കുന്നതിന്.

കുറിപ്പ്: നിങ്ങൾ കോർഡിനേറ്റുകളും വേഗതകളും ആവശ്യത്തിന് എഴുതുന്നുണ്ടെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക. പ്രാരംഭ,
നോൺ-എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ, ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ ഒരു ഭാഗം ലഭിക്കുന്നതിന് വളരെ പ്രധാനമാണ്
നല്ല ഫിറ്റ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-അല്ല [<.xvg>] (transcur.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓഫ് [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓവ് [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[ഇല്ല] മോൾ (അല്ല)
തന്മാത്രകളുടെ TCAF കണക്കാക്കുക

-[no]k34 (അല്ല)
k=(3,0,0), k=(4,0,0) എന്നിവയും ഉപയോഗിക്കുക

-wt (5)
TCAF ഫിറ്റ് വെയ്റ്റുകളുടെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഡീകേ ടൈം

-അക്ഫ്ലെൻ (-ക്സനുമ്ക്സ)
ACF-ന്റെ ദൈർഘ്യം, ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ പകുതിയാണ് ഡിഫോൾട്ട്

-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക (അതെ)
ACF നോർമലൈസ് ചെയ്യുക

-P (0)
ACF-നുള്ള ലെജൻഡ്രെ പോളിനോമിയലിന്റെ ക്രമം (0 ഒന്നുമല്ലെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു): 0, 1, 2, 3

-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ (ഒന്നുമില്ല)
ഫിറ്റ് ഫംഗ്‌ഷൻ: ഒന്നുമില്ല, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-ആരംഭിക്കുക (0)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് ആരംഭിക്കേണ്ട സമയം

- endfit (-ക്സനുമ്ക്സ)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് എവിടെ അവസാനിപ്പിക്കണം, -1 എന്നത് വരെ
അവസാനിക്കുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-tcaf ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക