hmm2search - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmm2search - ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM ഉപയോഗിച്ച് ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയുക

സിനോപ്സിസ്

hmm2search [ഓപ്ഷനുകൾ] hmmfile seqfile

വിവരണം

hmm2search നിന്ന് ഒരു എച്ച്എംഎം വായിക്കുന്നു hmmfile തിരയലുകളും seqfile കാര്യമായി സമാനമായതിന്
സീക്വൻസ് പൊരുത്തങ്ങൾ.

seqfile ആദ്യം നിലവിലുള്ള വർക്കിംഗ് ഡയറക്‌ടറിയിലും പിന്നീട് ഒരു ഡയറക്‌ടറിയിലും തിരയപ്പെടും
പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ നാമകരണം ചെയ്തു BLASTDB. നിലവിലുള്ള BLAST ഡാറ്റാബേസുകൾ ഉപയോഗിക്കാൻ ഇത് ഉപയോക്താക്കളെ അനുവദിക്കുന്നു,
സൈറ്റിനായി BLAST ക്രമീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ.

hmm2search സീക്വൻസിന്റെ വലുപ്പമനുസരിച്ച് പ്രവർത്തിക്കാൻ മിനിറ്റുകളോ മണിക്കൂറുകളോ എടുത്തേക്കാം
ഡാറ്റാബേസ്. ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു ഫയലിലേക്ക് റീഡയറക്ട് ചെയ്യുന്നത് നല്ലതാണ്.

ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ നാല് വിഭാഗങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു: മികച്ച സ്‌കോറിംഗ് സീക്വൻസുകളുടെ റാങ്ക് ചെയ്ത ലിസ്റ്റ്, a
മികച്ച സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നുകളുടെ റാങ്ക് ചെയ്‌ത പട്ടിക, എല്ലാ മികച്ച സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നുകൾക്കുമുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ, കൂടാതെ
സ്കോറുകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം. ഒരു ഡൊമെയ്‌ൻ സ്‌കോറിനേക്കാൾ സീക്വൻസ് സ്‌കോർ കൂടുതലായിരിക്കാം
ക്രമത്തിൽ ഒന്നിൽ കൂടുതൽ ഡൊമെയ്‌നുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ ഒരേ ക്രമം; സീക്വൻസ് സ്കോർ എടുക്കും
എല്ലാ ഡൊമെയ്‌നുകളും കണക്കിലെടുക്കുക. എല്ലാ സീക്വൻസുകളും മുകളിൽ സ്കോർ ചെയ്യുന്നു -E ഒപ്പം -T കട്ട്ഓഫുകൾ കാണിക്കുന്നു
ആദ്യ പട്ടികയിൽ, പിന്നെ ഓരോ ഈ ലിസ്റ്റിൽ കാണുന്ന ഡൊമെയ്‌ൻ രണ്ടാമത്തെ ലിസ്റ്റിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു
ഡൊമെയ്ൻ ഹിറ്റുകൾ. വേണമെങ്കിൽ, ഇ-മൂല്യം, ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകളും പ്രയോഗിച്ചേക്കാം
ഉപയോഗിക്കുന്ന ഡൊമെയ്ൻ ലിസ്റ്റ് --domE ഒപ്പം --domT ഓപ്ഷനുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h പ്രിന്റ് ഹ്രസ്വ സഹായം; പതിപ്പ് നമ്പറും ഉൾപ്പെടെ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും സംഗ്രഹവും ഉൾപ്പെടുന്നു
വിദഗ്ധ ഓപ്ഷനുകൾ.

-A എന്നതിലേക്ക് അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു മികച്ച സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നുകൾ. -അ 0 ഓഫ് ചെയ്യുന്നു
അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട്, ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളുടെ വലിപ്പം കുറയ്ക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിക്കാം.

-E ഓരോ സീക്വൻസും റാങ്ക് ചെയ്ത ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിനായി ഇ-വാല്യൂ കട്ട്ഓഫ് സജ്ജീകരിക്കുക , എവിടെ ഒരു ആണ്
പോസിറ്റീവ് യഥാർത്ഥ സംഖ്യ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 10.0 ആണ്. ഇ-മൂല്യങ്ങളുള്ള ഹിറ്റുകൾ (കുറവ്
അധികം) ഈ പരിധി കാണിക്കും.

-T ഓരോ സീക്വൻസും റാങ്ക് ചെയ്ത ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിനായി ബിറ്റ് സ്കോർ കട്ട്ഓഫ് സജ്ജമാക്കുക , എവിടെ is
ഒരു യഥാർത്ഥ സംഖ്യ. സ്ഥിരസ്ഥിതി നെഗറ്റീവ് ഇൻഫിനിറ്റിയാണ്; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ത്രെഷോൾഡ് ആണ്
ഇ-മൂല്യത്താൽ നിയന്ത്രിക്കപ്പെടുന്നു, ബിറ്റ് സ്‌കോറിലല്ല. ബിറ്റ് സ്‌കോറുകളുള്ള ഹിറ്റുകൾ ഇതിലും മികച്ചതാണ്
(അതിനേക്കാൾ വലുത്) ഈ പരിധി കാണിക്കും.

-Z ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് നമ്മൾ കണ്ടത് പോലെ ഇ-വാല്യൂ സ്കോറുകൾ കണക്കാക്കുക
ക്രമങ്ങൾ. നിങ്ങളുടെ ഡാറ്റാബേസ് ഫയലിൽ കാണുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണമാണ് ഡിഫോൾട്ട്
.

പരീക്ഷണം ഓപ്ഷനുകൾ

--compat
2.1.1-1998 പൊതു പതിപ്പായ HMMER 2001-ന്റെ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുക; അങ്ങനെ നൽകി
2.1.1 പാഴ്‌സറുകൾ മാറ്റിയെഴുതേണ്ടതില്ല.

--സിപിയു
പ്രോഗ്രാം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന പരമാവധി സിപിയുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് ഉപയോഗിക്കുക എന്നതാണ്
മെഷീനിലെ എല്ലാ CPU-കളും. HMMER_NCPU എൻവയോൺമെന്റ് വേരിയബിളിനെ അസാധുവാക്കുന്നു. മാത്രം
HMMER-ന്റെ ത്രെഡ് പതിപ്പുകളെ ബാധിക്കുന്നു (മിക്ക സിസ്റ്റങ്ങളിലെയും സ്ഥിരസ്ഥിതി).

--കട്ട്_ഗാ
Pfam GA (Gathering threshold) സ്കോർ കട്ട്ഓഫുകൾ ഉപയോഗിക്കുക. --globT -ന് തുല്യം
--domT , എന്നാൽ GA2, GA1 കട്ട്ഓഫുകൾ HMM ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു. hmm2build
അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഒരു Pfam-ഫ്രണ്ട്ലിയിൽ വ്യാഖ്യാനിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ ഈ കട്ട്ഓഫുകൾ അവിടെ ഇടുന്നു
അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റ് (വിപുലീകരിച്ച സെലെക്സ് അല്ലെങ്കിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്) കൂടാതെ ഓപ്ഷണൽ GA
വ്യാഖ്യാന വരി ഉണ്ടായിരുന്നു. HMM ഫയലിൽ ഈ കട്ട്ഓഫുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ, --കട്ട്_ഗാ
പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല.

--കട്ട്_ടിസി
Pfam TC (ട്രസ്റ്റഡ് കട്ട്ഓഫ്) സ്കോർ കട്ട്ഓഫുകൾ ഉപയോഗിക്കുക. --globT --domT ന് തുല്യം
, എന്നാൽ TC2, TC1 കട്ട്ഓഫുകൾ HMM ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു. hmm2build ഇവ ഇടുന്നു
അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഒരു Pfam-സൗഹൃദ അലൈൻമെന്റിൽ വ്യാഖ്യാനിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ അവിടെ കട്ട്ഓഫുകൾ ഉണ്ടാകും
ഫോർമാറ്റ് (വിപുലീകരിച്ച സെലെക്സ് അല്ലെങ്കിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്) കൂടാതെ ഓപ്ഷണൽ TC വ്യാഖ്യാന ലൈൻ ആയിരുന്നു
വർത്തമാന. HMM ഫയലിൽ ഈ കട്ട്ഓഫുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ, --കട്ട്_ടിസി പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല.

--cut_nc
Pfam NC (നോയിസ് കട്ട്ഓഫ്) സ്കോർ കട്ട്ഓഫുകൾ ഉപയോഗിക്കുക. --globT --domT -ന് തുല്യം,
എന്നാൽ NC1, NC2 കട്ട്ഓഫുകൾ HMM ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു. hmm2build ഇവ ഇടുന്നു
അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഒരു Pfam-സൗഹൃദ അലൈൻമെന്റിൽ വ്യാഖ്യാനിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ അവിടെ കട്ട്ഓഫുകൾ ഉണ്ടാകും
ഫോർമാറ്റ് (വിപുലീകരിച്ച സെലെക്സ് അല്ലെങ്കിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്) കൂടാതെ ഓപ്ഷണൽ NC വ്യാഖ്യാന ലൈൻ ആയിരുന്നു
വർത്തമാന. HMM ഫയലിൽ ഈ കട്ട്ഓഫുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ, --cut_nc പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല.

--domE
ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും റാങ്ക് ചെയ്‌ത ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിനായി ഇ-വാല്യൂ കട്ട്ഓഫ് സജ്ജീകരിക്കുക , എവിടെ ഒരു ആണ്
പോസിറ്റീവ് യഥാർത്ഥ സംഖ്യ. ഡിഫോൾട്ട് അനന്തമാണ്; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, എല്ലാ ഡൊമെയ്‌നുകളും
ആദ്യ ത്രെഷോൾഡ് കടന്ന സീക്വൻസുകൾ രണ്ടാമത്തെ ലിസ്റ്റിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യും
ഓരോ സീക്വൻസ് ലിസ്‌റ്റിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്‌ത ഡൊമെയ്‌നുകളുടെ എണ്ണം എന്നതുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു
ഓരോ ഡൊമെയ്‌ൻ ലിസ്റ്റിൽ ദൃശ്യമാകുന്ന നമ്പർ.

--domT
ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും റാങ്കുള്ള ഹിറ്റ് ലിസ്റ്റിനായി ബിറ്റ് സ്‌കോർ കട്ട്ഓഫ് സജ്ജീകരിക്കുക , എവിടെ ഒരു ആണ്
യഥാർത്ഥ സംഖ്യ. സ്ഥിരസ്ഥിതി നെഗറ്റീവ് ഇൻഫിനിറ്റിയാണ്; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, എല്ലാ ഡൊമെയ്‌നുകളും
ആദ്യ ത്രെഷോൾഡ് കടന്ന സീക്വൻസുകൾ രണ്ടാമത്തെ ലിസ്റ്റിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യും
ഓരോ സീക്വൻസ് ലിസ്‌റ്റിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്‌ത ഡൊമെയ്‌നുകളുടെ എണ്ണം എന്നതുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു
ഓരോ ഡൊമെയ്‌ൻ ലിസ്റ്റിൽ ദൃശ്യമാകുന്ന നമ്പർ. പ്രധാനം റേറ്റിംഗ്: a-യിൽ ഒരു ഡൊമെയ്‌ൻ മാത്രം
ഈ പരാമീറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ വഴിയാണ് ക്രമം പൂർണ്ണമായും നിയന്ത്രിക്കുന്നത് --domT. രണ്ടാമത്തേതും
ഒരു സീക്വൻസിലുള്ള തുടർന്നുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾക്ക് 0 ന്റെ യഥാർത്ഥ ബിറ്റ് സ്‌കോർ ത്രെഷോൾഡ് ഉണ്ട്
HMMER എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു എന്നതിന്റെ വിശദാംശങ്ങൾ. HMMER-ന് കുറഞ്ഞത് ഒരു പാസ് എങ്കിലും ആവശ്യമാണ്
ഓരോ ശ്രേണിയിലും പ്രധാന മോഡൽ; ഒന്നിൽ കൂടുതൽ പാസ് ചെയ്യാൻ (ഒന്നിൽ കൂടുതൽ ഡൊമെയ്‌നുകൾ) the
മൾട്ടിഡൊമെയ്ൻ വിന്യാസത്തിന് സിംഗിൾ ഡൊമെയ്ൻ വിന്യാസത്തേക്കാൾ മികച്ച സ്കോർ ഉണ്ടായിരിക്കണം,
അതിനാൽ അധിക ഡൊമെയ്‌നുകൾ പോസിറ്റീവ് സ്‌കോർ സംഭാവന ചെയ്യണം. ഉപയോക്താക്കളുടെ ഗൈഡ് കാണുക
കൂടുതൽ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്.

--മുന്നോട്ട്
വിറ്റെർബി അൽഗോരിതത്തിന് പകരം ഫോർവേഡ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് ഓരോ-ഉം നിർണ്ണയിക്കുക
സീക്വൻസ് സ്കോറുകൾ. ഓരോ ഡൊമെയ്‌ൻ സ്‌കോറുകളും ഇപ്പോഴും വിറ്റെർബി അൽഗോരിതം കൊണ്ടാണ് നിർണ്ണയിക്കുന്നത്.
റിമോട്ട് കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള കൂടുതൽ സെൻസിറ്റീവ് അൽഗോരിതം ഫോർവേഡ് ആണെന്ന് ചിലർ വാദിക്കുന്നു
സീക്വൻസ് ഹോമോലോഗുകൾ; HMMER-ലെ എന്റെ പരീക്ഷണങ്ങൾ ഇത് സ്ഥിരീകരിച്ചിട്ടില്ല.

--വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട് എന്ന് ഉറപ്പിക്കുക seqfile ഫോർമാറ്റിലാണ് ; Babelfish ഫോർമാറ്റ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കരുത്
സ്വയം കണ്ടെത്തൽ. ഇത് പ്രോഗ്രാമിന്റെ വിശ്വാസ്യതയെ ഒരു പരിധിവരെ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, കാരണം
ബാബെൽഫിഷിന് തെറ്റുകൾ വരുത്താം; പ്രത്യേകിച്ച് ശ്രദ്ധിക്കപ്പെടാത്ത, ഉയർന്ന-
HMMER-ന്റെ ത്രൂപുട്ട് റണ്ണുകൾ. സാധുവായ ഫോർമാറ്റ് സ്ട്രിംഗുകളിൽ ഫാസ്റ്റ, ജെൻബാങ്ക്, ഇഎംബിഎൽ, ജിസിജി,
പിആർ, സ്റ്റോക്ക്ഹോം, സെലെക്സ്, എംഎസ്എഫ്, ക്ലസ്റ്റൽ, ഫിലിപ്. എ എന്നതിനായി ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക
പൂർണ്ണമായ ലിസ്റ്റ്.

--null2
പോസ്റ്റ് ഹോക്ക് സെക്കൻഡ് നൾ മോഡൽ ഓഫ് ചെയ്യുക. ഡിഫോൾട്ടായി, ഓരോ വിന്യാസവും വീണ്ടെടുക്കുന്നു
ഒന്നുകിൽ സാധ്യമായ പക്ഷപാതപരമായ ഘടന കണക്കിലെടുക്കുന്ന ഒരു പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗ് ഘട്ടം
HMM അല്ലെങ്കിൽ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ്. ഡാറ്റാബേസ് തിരയലുകളിൽ ഇത് ഏറെക്കുറെ അത്യാവശ്യമാണ്,
പ്രത്യേകിച്ച് പ്രാദേശിക വിന്യാസ മോഡലുകൾക്കൊപ്പം. അതിനുള്ള സാധ്യത വളരെ കുറവാണ്
പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗ് യഥാർത്ഥ പൊരുത്തങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്തേക്കാം, ഈ സന്ദർഭങ്ങളിൽ --null2 മെച്ചപ്പെട്ടേക്കാം
പക്ഷപാതപരമായ കോമ്പോസിഷൻ അനുവദിച്ചുകൊണ്ട് പ്രത്യേകത കുറയ്ക്കുന്നതിന്റെ ചെലവിൽ സംവേദനക്ഷമത
വഴി അടിക്കുന്നു.

--pvm ഒരു പാരലൽ വെർച്വൽ മെഷീനിൽ (PVM) പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക. PVM ഇതിനകം തന്നെ പ്രവർത്തിക്കണം. ദി
ക്ലയന്റ് പ്രോഗ്രാം hmm2search-pvm എല്ലാ PVM നോഡുകളിലും ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിരിക്കണം. ഓപ്ഷണൽ PVM
പിന്തുണ HMMER-ലേക്ക് കംപൈൽ ചെയ്തിരിക്കണം.

--xnu ടാർഗെറ്റ് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകളുടെ XNU ഫിൽട്ടറിംഗ് ഓണാക്കുക. ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിനെ ബാധിക്കുന്നില്ല
ക്രമങ്ങൾ. പരീക്ഷണ പരീക്ഷണങ്ങളിൽ, --xnu എന്നതിനേക്കാൾ മികച്ച പ്രകടനം കാഴ്ചവയ്ക്കുന്നു
ഡിഫോൾട്ട് പോസ്റ്റ് ഹോക് null2 മോഡൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ hmm2search ഉപയോഗിക്കുക