hmmalign - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmalign - ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM-ലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

hmmalign [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

എല്ലാ സീക്വൻസുകളുടെയും മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് വിന്യാസം നടത്തുക അവയെ വിന്യസിച്ചുകൊണ്ട്
പ്രൊഫൈലിലേക്ക് വ്യക്തിഗതമായി HMM . പുതിയ അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ആണ് stdout in
സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്.

ദി ഒരൊറ്റ പ്രൊഫൈൽ മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കണം. അതിൽ കൂടുതൽ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ആദ്യത്തേത് മാത്രം
ഫയലിലെ പ്രൊഫൈൽ ഉപയോഗിക്കും.

ഒന്നുകിൽ or (എന്നാൽ രണ്ടും അല്ല) '-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതായത് ഇത് വായിക്കുക
നിന്ന് ഇൻപുട്ട് stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി.

ലെ സീക്വൻസുകൾ unihit ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് മോഡിൽ വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നു. അതിനാൽ അവർ
ഒരൊറ്റ ഡൊമെയ്‌ൻ (അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നിന്റെ ഒരു ഭാഗം) മാത്രമേ ഉള്ളൂവെന്ന് ഇതിനകം അറിഞ്ഞിരിക്കണം. ദി
ഒപ്റ്റിമൽ വിന്യാസം ചില അവശിഷ്ടങ്ങളെ നോൺഹോമോലോജസ് (N, C അവസ്ഥകൾ) ആയി നൽകിയേക്കാം, അതിൽ
ഈ അവശിഷ്ടങ്ങൾ തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന വിന്യാസത്തിൽ ഇപ്പോഴും ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്, പക്ഷേ പുറംഭാഗത്തേക്ക് നീക്കി
അറ്റങ്ങൾ. ഫലത്തിൽ നിന്ന് ഈ അലൈൻ ചെയ്യാത്ത ഹോമോലോജസ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ ട്രിം ചെയ്യാൻ, കാണുക --ട്രിം
ഓപ്ഷൻ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-o ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസം ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക , എന്നതിലുപരി stdout.

--മാപാലി
ഫയലിൽ നിലവിലുള്ള വിന്യാസം ലയിപ്പിക്കുക ഫലത്തിലേക്ക്, എവിടെ കൃത്യമായി ആണ്
മോഡൽ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിച്ച അതേ വിന്യാസം . എ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത്
ൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്ന സമവായ പ്രൊഫൈൽ സ്ഥാനങ്ങളിലേക്കുള്ള വിന്യാസ നിരകളുടെ മാപ്പ്
. ഒന്നിലധികം വിന്യാസം അതിൽ കൃത്യമായി പുനർനിർമ്മിക്കും
സമവായ നിരകൾ (പ്രൊഫൈൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ), എന്നാൽ പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന വിന്യാസം
ഒരു പ്രൊഫൈലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഇൻസേർഷനുകൾ ആയതിനാൽ തിരുകൽ നിരകൾ മാറ്റപ്പെട്ടേക്കാം
കൺവെൻഷൻ പ്രകാരം വിന്യസിക്കാത്ത ഡാറ്റയായി കണക്കാക്കുന്നു.

--ട്രിം ഹോമോലോജസ് അല്ലാത്ത അവശിഷ്ടങ്ങൾ ട്രിം ചെയ്യുക (ഒപ്റ്റിമൽ അലൈൻമെന്റുകളിൽ N, C സ്റ്റേറ്റുകൾക്ക് നൽകിയിരിക്കുന്നു)
ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ഒന്നിലധികം അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്ന്.

--അമിനോ
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക പ്രോട്ടീനുകളാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, അക്ഷരമാല തരം
അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ ഘടന നോക്കുന്നതിൽ നിന്ന് സ്വയം കണ്ടെത്തി.

--ഡിഎൻഎ എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക ഡിഎൻഎ ആണ്.

--rna എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക RNAകളാണ്.

--വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട് എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുക ഫോർമാറ്റിലാണ് . സ്വീകരിച്ച സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, SELEX എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് ആണ്
ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയം കണ്ടെത്തുക.

--ഔട്ട് ഫോർമാറ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക . നിലവിൽ ഇത്
സ്വീകാര്യമായ മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റ് സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം, സെലെക്സ് എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmalign ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക