hmmsim - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmsim - ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങളിൽ സ്കോർ വിതരണങ്ങൾ ശേഖരിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

ഹ്മ്മ്സിം [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ദി ഹ്മ്മ്സിം പ്രോഗ്രാം റാൻഡം സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു, മോഡൽ (കൾ) ഉപയോഗിച്ച് അവയെ സ്കോർ ചെയ്യുന്നു ,
ഫലത്തിനായി വിവിധ തരം ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾ, പ്ലോട്ടുകൾ, ഫിറ്റ് ചെയ്ത വിതരണങ്ങൾ എന്നിവ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
സ്‌കോറുകൾ.

ഹ്മ്മ്സിം HMMER പാക്കേജിന്റെ മുഖ്യധാരാ ഭാഗമല്ല. മിക്ക ഉപയോക്താക്കൾക്കും ഒരു കാരണവുമില്ല
ഉപയോഗികുക. പി-മൂല്യങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ രീതികൾ വികസിപ്പിക്കുന്നതിനും പരിശോധിക്കുന്നതിനും ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു
HMMER3-ലെ ഇ-മൂല്യങ്ങളും. ഉദാഹരണത്തിന്, 2008-ൽ മിക്ക ഫലങ്ങളും സൃഷ്ടിക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിച്ചു
H3 യുടെ പ്രാദേശിക വിന്യാസ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കിലെ പേപ്പർ (PLoS Comp Bio 4:e1000069, 2008;
http://www.ploscompbiol.org/doi/pcbi.1000069).

ഇതൊരു റിസർച്ച് ടെസ്റ്റ് ബെഡ് ആയതിനാൽ, ഇത് മറ്റുള്ളവയെപ്പോലെ ശക്തമാകുമെന്ന് നിങ്ങൾ പ്രതീക്ഷിക്കേണ്ടതില്ല
പാക്കേജിലെ പ്രോഗ്രാമുകൾ. ഉദാഹരണത്തിന്, ഓപ്ഷനുകൾ വിചിത്രമായ രീതിയിൽ സംവദിച്ചേക്കാം; ഞങ്ങൾക്കില്ല
സാധ്യമായ എല്ലാ കോമ്പിനേഷനുകളും പരീക്ഷിക്കുകയോ പ്രതീക്ഷിക്കുകയോ ചെയ്‌തിട്ടില്ല.

വിറ്റെർബി സ്‌കോറുകൾക്ക് ഗംബെൽ വിതരണത്തിന് പരമാവധി സാധ്യത നൽകുക എന്നതാണ് പ്രധാന ദൌത്യം
ഉയർന്ന സ്‌കോറിംഗ് ഫോർവേഡ് സ്‌കോറുകളിലേക്കുള്ള പരമാവധി സാധ്യത എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ടെയിൽ, കൂടാതെ ഇവ പരീക്ഷിക്കുന്നതിനും
ഘടിപ്പിച്ച വിതരണങ്ങൾ വിറ്റെർബി ഗംബെലിനും ലാംഡ ~ ലോഗ്_2 എന്ന അനുമാനം അനുസരിക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ടെയിൽ.

ഔട്ട്പുട്ട് അക്കങ്ങളുടെ ഒരു പട്ടികയാണ്, ഓരോ മോഡലിനും ഒരു വരി. നാല് വ്യത്യസ്ത പാരാമെട്രിക് ഫിറ്റുകൾ
സ്കോർ ഡാറ്റ പരിശോധിക്കുന്നു: (1) പരമാവധി സാധ്യത രണ്ട് സ്ഥലങ്ങൾക്കും (mu/tau) യോജിക്കുന്നു
ചരിവ് (ലാംഡ) പരാമീറ്ററുകൾ; (2) ലാംഡ=ലോഗ്_2 അനുമാനിക്കുകയാണെങ്കിൽ, പരമാവധി സാധ്യത ഇതിന് അനുയോജ്യമാണ്
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ മാത്രം; (3) അതേ, എന്നാൽ കറന്റ് ഉപയോഗിച്ച് ഒരു എഡ്ജ്-കറക്റ്റഡ് ലാംഡ അനുമാനിക്കുന്നു
H3 [Eddy, 2008] ലെ നടപടിക്രമങ്ങൾ; കൂടാതെ (4) H3 ന്റെ കറന്റ് നിർണ്ണയിക്കുന്ന രണ്ട് പാരാമീറ്ററുകളും ഉപയോഗിക്കുന്നു
നടപടിക്രമങ്ങൾ. ഫിറ്റ്നസ് ഓഫ് ഫിറ്റിനുള്ള സ്റ്റാൻഡേർഡ് ലളിതവും വേഗമേറിയതും വൃത്തികെട്ടതുമായ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് 'E@10' ആണ്,
പത്താം റാങ്കുള്ള ടോപ്പ് ഹിറ്റിന്റെ കണക്കാക്കിയ ഇ-മൂല്യം, ഞങ്ങൾ ഏകദേശം 10 ആയിരിക്കുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.

വിശദമായി, ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ നിരകൾ ഇവയാണ്:

പേര് മോഡലിന്റെ പേര്.

വാൽഭാഗം വിതരണത്തിന് അനുയോജ്യമായ ഏറ്റവും ഉയർന്ന സ്‌കോറുകളുടെ അംശം. Viterbi, MSV, കൂടാതെ
ഹൈബ്രിഡ് സ്കോറുകൾ, ഇത് 1.0 ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു (എല്ലാത്തിനും ഒരു ഗംബെൽ വിതരണം ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു.
ഡാറ്റ). ഫോർവേഡ് സ്കോറുകൾക്ക്, ഇത് 0.02 ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു (ഒരു എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ടെയിൽ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു
ഏറ്റവും ഉയർന്ന 2% സ്കോറുകൾ).

mu/tau ഡാറ്റയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പരമാവധി സാധ്യതയ്ക്കുള്ള ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ.

ലാംഡ ഡാറ്റയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പരമാവധി സാധ്യതയ്ക്കുള്ള ചരിവ് പാരാമീറ്റർ.

ഇ@10 ML mu/tau ഉപയോഗിച്ച് പത്താം റാങ്കുള്ള ഉയർന്ന സ്‌കോറിന് ('E@10') കണക്കാക്കിയ ഇ-മൂല്യം
ലാംഡയും. നിർവചനം അനുസരിച്ച്, ഇ-മൂല്യം കണക്കാക്കിയാൽ ഇത് ഏകദേശം 10 ആയിരിക്കുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു
കൃത്യം.

mufix ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ, ഒരു അറിയപ്പെടുന്ന (സ്ഥിരമായ) ചരിവുള്ള പരമാവധി സാധ്യതയ്ക്കായി
log_2 (0.693) എന്ന പാരാമീറ്റർ ലാംഡ.

E@10fix
മ്യൂഫിക്സും പ്രതീക്ഷിച്ചതും ഉപയോഗിച്ച് പത്താം റാങ്ക് സ്‌കോറിനായി ഇ-മൂല്യം കണക്കാക്കുന്നു
ലാംഡ = ലോഗ്_2 = 0.693.

mufix2 ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ, ഒരു എഡ്ജ്-ഇഫക്റ്റ്-കറക്റ്റഡ് ഉള്ള പരമാവധി സാധ്യതയ്ക്കായി
ലാംഡ.

E@10fix2
mufix10, എഡ്ജ് ഇഫക്റ്റ് എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് പത്താം റാങ്ക് സ്‌കോറിനായി കണക്കാക്കിയ ഇ-മൂല്യം-
ലാംഡ തിരുത്തി.

pmu H3 ന്റെ എസ്റ്റിമേറ്റ് നടപടിക്രമങ്ങൾ വഴി നിർണ്ണയിക്കുന്ന ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ.

പ്ലാംഡ
H3 ന്റെ എസ്റ്റിമേറ്റ് നടപടിക്രമങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കുന്ന ചരിവ് പാരാമീറ്റർ.

pE@10 pmu, plambda ഉപയോഗിച്ച് പത്താം റാങ്ക് സ്‌കോറിനായി കണക്കാക്കിയ E-മൂല്യം.

ഈ പട്ടികയുടെ അവസാനം, # ൽ ആരംഭിച്ച് സംഗ്രഹിച്ച് ഒരു വരി കൂടി പ്രിന്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
സിമുലേഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന മൊത്തത്തിലുള്ള സിപിയു സമയം.

ഓപ്ഷണൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളിൽ ചിലത് xmgrace xy ഫോർമാറ്റിലാണ്. xmgrace ശക്തവും സ്വതന്ത്രവുമാണ്
ലഭ്യമായ ഗ്രാഫ് പ്ലോട്ടിംഗ് സോഫ്റ്റ്‌വെയർ.

കലാകൌമുദി ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-a ഓരോ സിമുലേറ്റഡ് സീക്വൻസിൽ നിന്നും പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന Viterbi അലൈൻമെന്റ് ദൈർഘ്യത്തിന്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ശേഖരിക്കുക.
ഇത് Viterbi സ്‌കോറുകളിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ (ഡിഫോൾട്ട്; കാണുക --vit). രണ്ട് അധിക
ഓരോ മോഡലിനും ഔട്ട്‌പുട്ട് പട്ടികയിൽ ഫീൽഡുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു: വിറ്റെർബിയുടെ ശരാശരി ദൈർഘ്യം
വിന്യാസങ്ങൾ, സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ.

-v (വാക്കുകൾ). സ്കോറുകളും പ്രിന്റ് ചെയ്യുക, ഓരോ വരിയിലും ഒരു സ്കോർ.

-L ക്രമരഹിതമായി സാമ്പിൾ ചെയ്ത (നോൺഹോമോലോജസ്) സീക്വൻസുകളുടെ ദൈർഘ്യം ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക . ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി 100 ആണ്.

-N ക്രമരഹിതമായി സാമ്പിൾ ചെയ്‌ത സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000 ആണ്.

--mpi എംപിഐ പാരലൽ മോഡിൽ റൺ ചെയ്യുക എംപിരുൺ. അയയ്‌ക്കുന്നതിന്റെ തലത്തിൽ ഇത് സമാന്തരമാണ്
ഒരു MPI വർക്കർ പ്രോസസ്സിലേക്ക് ഒരു സമയം ഒരു പ്രൊഫൈൽ, അതിനാൽ സമാന്തരവൽക്കരണം എങ്കിൽ മാത്രമേ സഹായിക്കൂ
നിങ്ങൾക്ക് ഒന്നിൽ കൂടുതൽ പ്രൊഫൈലുകൾ ഉണ്ട് , കൂടാതെ നിങ്ങൾക്ക് കുറഞ്ഞത് പോലെ ഉണ്ടായിരിക്കണം
MPI വർക്കർ പ്രോസസ്സുകളായി നിരവധി പ്രൊഫൈലുകൾ. (ഓപ്ഷണൽ MPI പിന്തുണ ഉണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ
കംപൈൽ സമയത്ത് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി.)

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഔട്ട്പ്

-o പ്രധാന ഔട്ട്പുട്ട് പട്ടിക ഒരു ഫയലിലേക്ക് സംരക്ഷിക്കുക അത് stdout-ലേക്ക് അയക്കുന്നതിനേക്കാൾ.

--ഒരു ഫയല്
വിറ്റെർബി വിന്യാസ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ശേഖരിക്കുമ്പോൾ (ദി -a ഓപ്ഷൻ), ഓരോ സാമ്പിളിനും
ക്രമം, ഒരു ഫയലിലേക്ക് ഒരു വരിയിൽ രണ്ട് ഫീൽഡുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക : ഒപ്റ്റിമലിന്റെ ദൈർഘ്യം
വിന്യാസം, വിറ്റെർബി ബിറ്റ് സ്കോർ. അത് ആവശ്യമാണ് -a ഓപ്ഷനും ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--efil
ഫയൽ ചെയ്യുന്നതിന് XMGRACE xy ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു റാങ്കും ഇ-വാല്യൂ പ്ലോട്ടും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക . x-ആക്സിസ് ആണ്
ഈ ശ്രേണിയുടെ റാങ്ക്, ഉയർന്ന സ്കോർ മുതൽ ഏറ്റവും താഴ്ന്നത് വരെ; y-അക്ഷം ഇ-മൂല്യമാണ്
ഈ ക്രമത്തിനായി കണക്കാക്കുന്നു. H3-ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് നടപടിക്രമങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നത്
(അതായത് ഔട്ട്പുട്ട് ടേബിളിലെ pmu, plambda പരാമീറ്ററുകൾ). നിങ്ങൾ ഒരു പരുക്കൻ മത്സരം പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു
ഇ-മൂല്യങ്ങൾ കൃത്യമായി കണക്കാക്കിയാൽ റാങ്കിനും ഇ-മൂല്യത്തിനും ഇടയിൽ.

--ffile
ഒരു "ഫിൽട്ടർ പവർ" ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക : ഓരോ മോഡലിനും, മൂന്ന് ഫീൽഡുകളുള്ള ഒരു ലൈൻ:
മോഡലിന്റെ പേര്, പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് കടന്നുപോകുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം, ഫ്രാക്ഷൻ
പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് കടന്നുപോകുന്ന സീക്വൻസുകൾ. കാണുക --pthresh പി-മൂല്യം സജ്ജീകരിക്കുന്നതിന്
ത്രെഷോൾഡ്, അത് 0.02 ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു (H3-ലെ ഡിഫോൾട്ട് MSV ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡ്). പി-
മൂല്യങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നത് H3 യുടെ ഡിഫോൾട്ട് നടപടിക്രമങ്ങൾ (pmu,plambda പരാമീറ്ററുകൾ
ഔട്ട്പുട്ട് പട്ടിക). എല്ലാം ശരിയാണെങ്കിൽ, ഫിൽട്ടർ പവർ തുല്യമായി കാണുമെന്ന് നിങ്ങൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു
ത്രെഷോൾഡിന്റെ പി-മൂല്യം ക്രമീകരണം പ്രവചിച്ചു.

--pfile
ഫയൽ ചെയ്യുന്നതിന് ക്യുമുലേറ്റീവ് സർവൈവൽ പ്ലോട്ടുകൾ (P(S>x)) ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക XMGRACE xy ഫോർമാറ്റിൽ. അവിടെ
മൂന്ന് പ്ലോട്ടുകളാണ്: (1) നിരീക്ഷിച്ച സ്കോർ വിതരണം; (2) പരമാവധി സാധ്യത
ഘടിപ്പിച്ച വിതരണം; (3) ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്ററിന് അനുയോജ്യമായ പരമാവധി സാധ്യത
(mu/tau) സമയത്ത്
ലാംഡ=ലോഗ്_2 അനുമാനിക്കുന്നു.

--xfile
ഇരട്ട-പ്രിസിഷൻ ഫ്ലോട്ടുകളുടെ ബൈനറി അറേ ആയി ബിറ്റ് സ്‌കോറുകൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക (ഓരോന്നിനും 8 ബൈറ്റുകൾ
സ്കോർ) ഫയൽ ചെയ്യാൻ . ഈസൽ പോലുള്ള പ്രോഗ്രാമുകൾ esl-histplot അത്തരം ബൈനറി ഫയലുകൾ വായിക്കാൻ കഴിയും.
വളരെ വലിയ സാമ്പിൾ വലുപ്പങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു മോഡൽ കോൺഫിഗറേഷൻ (മോഡ്)

H3 മൾട്ടിഹിറ്റ് ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കുന്നുള്ളൂ ( --fs മോഡ്), ഇവിടെയാണ് ഞങ്ങൾ വിശ്വസിക്കുന്നത്
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ഫിറ്റ്സ്. Unihit ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് സ്കോറുകൾ (സ്മിത്ത്/വാട്ടർമാൻ; --സ്വ മോഡ്) നമ്മുടെയും അനുസരിക്കുക
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ അനുമാനങ്ങൾ. ആഗോള വിന്യാസ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ (മൾട്ടിഹിറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ യൂണിഹിറ്റ്) ആണ്
ഇപ്പോഴും വേണ്ടത്ര മനസ്സിലാക്കിയിട്ടില്ല അല്ലെങ്കിൽ വേണ്ടത്ര ഫിറ്റ് ചെയ്തിട്ടില്ല.

--fs മൾട്ടിഹിറ്റ് ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് സ്കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി. ആയി വിന്യാസം
'ശകലം തിരയൽ മോഡ്'.

--സ്വ ഏകീകൃത പ്രാദേശിക വിന്യാസ സ്കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക. H3 J നില പ്രവർത്തനരഹിതമാണ്. ആയി വിന്യാസം
'സ്മിത്ത്/വാട്ടർമാൻ സെർച്ച് മോഡ്'.

--ല മൾട്ടിഹിറ്റ് ഗ്ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് സ്‌കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക. ആഗോള (ആഗോള/പ്രാദേശിക) വിന്യാസത്തിൽ, the
മുഴുവൻ മോഡലും ലക്ഷ്യത്തിന്റെ ഒരു തുടർച്ചയിലേക്ക് വിന്യസിക്കണം. H3 ലോക്കൽ എൻട്രി/എക്സിറ്റ്
സംക്രമണ സാധ്യതകൾ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കി. HMMER2-ന്റെ ചരിത്രത്തിൽ നിന്നാണ് 'ls' വരുന്നത്
'ലോക്കൽ സെർച്ച് മോഡ്' ആയി മൾട്ടിഹിറ്റ് ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റിനുള്ള ടെർമിനോളജി.

--s ഏകീകൃത ഗ്ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് സ്കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക. H3 J നിലയും ലോക്കൽ എൻട്രി/എക്സിറ്റും
സംക്രമണ സാധ്യതകൾ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കി. HMMER2-ന്റെ ചരിത്രത്തിൽ നിന്നാണ് 's' വരുന്നത്
ഏകീകൃത ആഗോള വിന്യാസത്തിനുള്ള പദാവലി.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു സ്കോറിംഗ് അൽഗോരിതം

--vit Viterbi പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള വിന്യാസ സ്കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--fwd ഫോർവേഡ് ലോഗ്-ഓഡ്‌സ് സാധ്യത സ്‌കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക, അലൈൻമെന്റ് എൻസെംബിളിന്റെ സംഗ്രഹം.

--ഹൈബ് യു, ഹ്വാ എന്നിവരുടെ പേപ്പറുകളിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ 'ഹൈബ്രിഡ്' സ്കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക (ഉദാഹരണത്തിന്,
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 18:864, 2002). ഫോർവേഡ് മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കുന്നതും എടുക്കുന്നതും ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
പരമാവധി സെൽ മൂല്യം. ഈ സംഖ്യ തന്നെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കനുസരിച്ച് ഒരു പരിധിവരെ പ്രചോദിപ്പിക്കാത്തതാണ്,
എന്നാൽ വിതരണം പ്രതീക്ഷിക്കുന്നത് നല്ല പെരുമാറ്റമുള്ള അങ്ങേയറ്റത്തെ മൂല്യ വിതരണമാണ്
(ഗംബെൽ).

--msv H3-ന്റെ മെയിൻ ഉപയോഗിച്ച് MSV (ഒന്നിലധികം അൺഗപ്പ്ഡ് സെഗ്‌മെന്റ് Viterbi) സ്‌കോറുകൾ ശേഖരിക്കുക
ആക്സിലറേഷൻ ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്.

--വേഗത മുകളിലുള്ള ഏതെങ്കിലും ഓപ്‌ഷനുകൾക്കായി, H3-ന്റെ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്‌ത പ്രൊഡക്ഷൻ ഇംപ്ലിമെന്റേഷൻ ഉപയോഗിക്കുക (ഉപയോഗിക്കുന്നത്
SIMD വെക്‌ടറൈസേഷൻ). നിർവ്വഹണങ്ങൾ ത്യാഗം ചെറുതായി ഉപയോഗിക്കുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
സംഖ്യാ കൃത്യതയുടെ അളവ്. ഇത് ആശയക്കുഴപ്പമുണ്ടാക്കുന്ന ശബ്ദത്തെ അവതരിപ്പിക്കും
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സിമുലേഷനുകളും ഫിറ്റുകളും, അതിനാൽ കൃത്യമായ കാര്യങ്ങളെക്കുറിച്ച് ഒരാൾക്ക് അതിയായ ഉത്കണ്ഠ ഉണ്ടാകുമ്പോൾ
വിശദാംശങ്ങളിൽ, ആ ശബ്‌ദത്തിന്റെ ഉറവിടം പുറത്തുവിടാൻ കഴിയുന്നതാണ് നല്ലത്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഫിറ്റഡ് ടെയിൽ മാസ്സ് വേണ്ടി ഫോർവേഡ്

ചില പരീക്ഷണങ്ങളിൽ, ഫോർവേഡ് സ്‌കോറുകൾ വ്യത്യസ്‌ത ടെയ്‌ൽ ശ്രേണിയിലേക്ക് ഘടിപ്പിക്കുന്നത് ഉപയോഗപ്രദമായിരുന്നു
ഒന്നല്ല, പിണ്ഡം. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ തുല്യമായി ഘടിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു സംവിധാനം നൽകുന്നു-
വ്യത്യസ്‌ത വാൽ പിണ്ഡങ്ങളുടെ അകലത്തിലുള്ള ശ്രേണി. ഓരോ വ്യത്യസ്ത വാൽ പിണ്ഡത്തിനും, ഒരു ലൈൻ ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
ഔട്ട്പുട്ടിൽ.

--ടിമിൻ
ടെയിൽ മാസ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷനിൽ ലോവർ ബൗണ്ട് സജ്ജീകരിക്കുക. (ഡിഫോൾട്ട് 0.02 ആണ്
ഡിഫോൾട്ട് സിംഗിൾ ടെയിൽ പിണ്ഡം.)

--tmax
ടെയിൽ മാസ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷനിൽ മുകളിലെ പരിധി സജ്ജമാക്കുക. (ഡിഫോൾട്ട് 0.02 ആണ്
ഡിഫോൾട്ട് സിംഗിൾ ടെയിൽ പിണ്ഡം.)

--പോയിന്റ്
മുതൽ ആരംഭിക്കുന്ന ടെയിൽ പിണ്ഡങ്ങളുടെ എണ്ണം സാമ്പിളിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക --ടിമിൻ അവസാനിക്കുന്നത് --tmax.
(ഡിഫോൾട്ട് 1 സിംഗിൾ ടെയിൽ പിണ്ഡത്തിന് ഡിഫോൾട്ട് 0.02 ആണ്.)

--ട്ലീനിയർ
യൂണിഫോം ലീനിയർ സ്‌പെയ്‌സിംഗ് ഉള്ള ടെയിൽ പിണ്ഡങ്ങളുടെ ഒരു ശ്രേണി സാമ്പിൾ ചെയ്യുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി ഉപയോഗിക്കുക എന്നതാണ്
ഏകീകൃത ലോഗരിഥമിക് സ്പേസിംഗ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു H3 പാരാമീറ്റർ എസ്റ്റിമേഷൻ രീതികൾ

ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കാൻ H3 മൂന്ന് ചെറിയ റാൻഡം സീക്വൻസ് സിമുലേഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
MSV സ്‌കോറുകൾ, വിറ്റെർബി സ്‌കോറുകൾ, ഫോർവേഡ് സ്‌കോറുകൾ എന്നിവയ്‌ക്കായി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്‌കോർ വിതരണങ്ങൾ. ഇവ
ഈ സിമുലേഷനുകൾ പരിഷ്കരിക്കാൻ ഓപ്ഷനുകൾ അനുവദിക്കുന്നു.

--എംഎൽ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--എംഎൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvL
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
വിറ്റെർബി ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvN
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
വിറ്റെർബി ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EfL
ടൗ ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 100 ആണ്.

--ഇഎഫ്എൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--ഇഫ്റ്റ്
ലൊക്കേഷൻ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ ചേരുന്നതിന് ടെയിൽ മാസ് ഫ്രാക്ഷൻ സജ്ജീകരിക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് മൂല്യനിർണ്ണയത്തിനുള്ള പരാമീറ്റർ tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.04 ആണ്.

ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഓപ്ഷനുകൾ

-- സ്റ്റാൾ
MPI മാസ്റ്റർ/വർക്കർ പതിപ്പ് ഡീബഗ്ഗ് ചെയ്യുന്നതിനായി: പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കാൻ ആരംഭിച്ചതിന് ശേഷം താൽക്കാലികമായി നിർത്തുക
റണ്ണിംഗ് മാസ്റ്ററിലേക്കും വർക്കർ(കൾ) പ്രക്രിയകളിലേക്കും ഡീബഗ്ഗറുകൾ അറ്റാച്ചുചെയ്യാൻ ഡവലപ്പർ. അയക്കുക
താൽക്കാലികമായി നിർത്താൻ SIGCONT സിഗ്നൽ. (ജിഡിബിക്ക് കീഴിൽ: (ജിഡിബി) സിഗ്നൽ അടുത്തത്) (മാത്രം
കംപൈൽ സമയത്ത് ഓപ്ഷണൽ MPI പിന്തുണ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്.)

--വിത്ത്
ക്രമരഹിത സംഖ്യ വിത്ത് സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതി 0 ആണ്, ഇത് ക്രമരഹിത സംഖ്യ ഉണ്ടാക്കുന്നു
ജനറേറ്റർ ഒരു ഏകപക്ഷീയമായ വിത്ത് ഉപയോഗിക്കുന്നു, അങ്ങനെ വ്യത്യസ്ത റണ്ണുകൾ ഹ്മ്മ്സിം ഏതാണ്ട് ചെയ്യും
തീർച്ചയായും മറ്റൊരു സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സാമ്പിൾ സൃഷ്ടിക്കുക. ഡീബഗ്ഗിംഗിന്, ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു ക്രമരഹിത സംഖ്യ വിത്ത് ഉറപ്പിച്ചുകൊണ്ട് പുനരുൽപ്പാദിപ്പിക്കാവുന്ന ഫലങ്ങൾ നിർബന്ധിതമാക്കുക.

പരീക്ഷണാത്മകം ഓപ്ഷനുകൾ

വ്യത്യസ്തമായ പര്യവേക്ഷണ പരീക്ഷണങ്ങളുടെ ഒരു ചെറിയ വൈവിധ്യത്തിൽ ഈ ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിച്ചു.

--bgflat
പശ്ചാത്തല അവശിഷ്ട വിതരണത്തെ ഒരു ഏകീകൃത വിതരണമായി സജ്ജീകരിക്കുക
സ്കോറുകൾ കണക്കാക്കുന്നതിനും, സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനും ഉപയോഗിക്കുന്ന നൾ മോഡലിന്റെ ഉദ്ദേശ്യങ്ങൾ
ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങൾ. ഒരു സാധാരണ അമിനോ ആസിഡ് പശ്ചാത്തല ആവൃത്തി ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
വിതരണ.

--bgcomp
പശ്ചാത്തല അവശിഷ്ട വിതരണത്തെ പ്രൊഫൈലിന്റെ ശരാശരി ഘടനയിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക.
പക്ഷപാതപരമായ ഘടനയുടെ ചില ഫലങ്ങൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യാൻ ഇത് ഉപയോഗിച്ചു.

--x-no-lengthmodel
H3 ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് ലെങ്ത് മോഡൽ ഓഫ് ചെയ്യുക. N,C,J എന്നതിനുള്ള സ്വയം പരിവർത്തനങ്ങൾ സജ്ജമാക്കുക
പകരം നൾ മോഡൽ 350/351 ലേക്ക്; ഇത് HMMER2 അനുകരിക്കുന്നു. ഉള്ളത് നല്ല ആശയമല്ല
പൊതുവായ. പ്രധാന H2 വേഴ്സസ് H3 വ്യത്യാസങ്ങളിൽ ഒന്ന് പ്രകടിപ്പിക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിച്ചു.

--നു
MSV അൽഗോരിതത്തിനായി nu പാരാമീറ്റർ സജ്ജമാക്കുക -- പ്രതീക്ഷിക്കാത്ത ലോക്കൽ എണ്ണം
ഓരോ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസിലും വിന്യാസം. ഡിഫോൾട്ട് 2.0 ആണ്, ഒരു E->J ന് സമാനമാണ്
സംക്രമണ സാധ്യത 0.5. വ്യത്യസ്ത nu ഉണ്ടോ എന്ന് പരിശോധിക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിച്ചു
ഫലത്തിൽ കാര്യമായ സ്വാധീനം (അത് യുക്തിസഹമായി തോന്നുന്നില്ല). ഈ ഓപ്ഷൻ മാത്രം
എങ്കിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു --msv തിരഞ്ഞെടുത്തു (ഇത് MSV-യെ മാത്രമേ ബാധിക്കുകയുള്ളൂ), അത് പ്രവർത്തിക്കില്ല --വേഗത
(കാരണം ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത നടപ്പിലാക്കലുകൾ nu=2.0 അനുമാനിക്കാൻ ഹാർഡ്‌വയർ ചെയ്തിരിക്കുന്നു).

--pthresh
ഫിൽട്ടർ പവർ ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് ഫിൽട്ടർ പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജീകരിക്കുക
--ffile. ഡിഫോൾട്ട് 0.02 ആണ് (എംഎസ്വി സ്കോറുകൾ പരിശോധിക്കുന്നതിന് ഇത് ഉചിതമായിരിക്കും,
ഇത് H3 യുടെ ആക്സിലറേഷൻ പൈപ്പ്ലൈനിലെ ഡിഫോൾട്ട് MSV ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡ് ആയതിനാൽ.)
മറ്റ് ഉചിതമായ ചോയിസുകൾ (ആക്സിലറേഷൻ പൈപ്പ്ലൈനിലെ ഡിഫോൾട്ടുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു) ആയിരിക്കും
വിറ്റെർബിക്ക് 0.001, ഫോർവേഡിന് 1e-5.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmsim ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക