macs2_bdgdiff - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

macs2_bdgdiff - ചിപ്പ്-സീക്വൻസിംഗിനായുള്ള മോഡൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിശകലനം

വിവരണം

ഉപയോഗം: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-പ്രിഫിക്സ് ഒപ്രിഫിക്സ് | -o ഫയൽ ഫയൽ ഫയൽ)

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

--t1 T1BDG
വ്യവസ്ഥയ്‌ക്കായുള്ള MACS പൈലപ്പ് ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് 1. കോൾപീക്കുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല --എസ്പിഎംആർ .ട്ട്‌പുട്ട്.
ആവശ്യമാണ്

--t2 T2BDG
വ്യവസ്ഥയ്‌ക്കായുള്ള MACS പൈലപ്പ് ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് 2. കോൾപീക്കുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല --എസ്പിഎംആർ .ട്ട്‌പുട്ട്.
ആവശ്യമാണ്

--c1 C1BDG
വ്യവസ്ഥയ്‌ക്കായുള്ള MACS നിയന്ത്രണ ലാംഡ ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് 1. കോൾപീക്കുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല --എസ്പിഎംആർ
ഔട്ട്പുട്ട്. ആവശ്യമാണ്

--c2 C2BDG
വ്യവസ്ഥയ്‌ക്കായുള്ള MACS നിയന്ത്രണ ലാംഡ ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് 2. കോൾപീക്കുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല --എസ്പിഎംആർ
ഔട്ട്പുട്ട്. ആവശ്യമാണ്

-C വിച്ഛേദിക്കുക, --വിച്ഛേദിക്കുക വിച്ഛേദിക്കുക
logLR കട്ട്ഓഫ്. ഡിഫോൾട്ട്: 3 (സാധ്യത അനുപാതം=1000)

-l മിന്ലെൻ, --മിൻ-ലെൻ മിൻലെൻ
ഡിഫറൻഷ്യൽ മേഖലയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം. ചെറിയ പ്രദേശങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ വലിയ മൂല്യം പരീക്ഷിക്കുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 200

-g MAXGAP, --പരമാവധി-വിടവ് MAXGAP
സമീപത്തുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ മേഖലകൾ ലയിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള പരമാവധി വിടവ്. വിശാലമായ ഒരു വിടവ് പരിഗണിക്കുക
മാർക്ക്. പരമാവധി വിടവ് കുറഞ്ഞ നീളത്തേക്കാൾ ചെറുതായിരിക്കണം (-g). സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100

--d1 ആഴം1, --ആഴം1 ആഴം1
വ്യവസ്ഥ 1. ഇതായിരിക്കും
കൂടെ ഒരുമിച്ച് ഉപയോഗിച്ചു --d2. എന്നതിന് വിവരണം കാണുക --d2 അവരെ എങ്ങനെ അസൈൻ ചെയ്യാം എന്നതിന് താഴെ.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1

--d2 ആഴം2, --ആഴം2 ആഴം2
വ്യവസ്ഥ 2. ഇതായിരിക്കും
കൂടെ ഒരുമിച്ച് ഉപയോഗിച്ചു --d1. സ്കെയിലിംഗ് കണക്കാക്കാൻ DEPTH1, DEPTH2 എന്നിവ ഉപയോഗിക്കും
ഓരോ സാമ്പിളിനുമുള്ള ഘടകം, ചെറിയ സാമ്പിളിന്റെ തലത്തിലേക്ക് വലിയ സാമ്പിൾ കുറയ്ക്കാൻ.
ഉദാഹരണത്തിന്, 10 ദശലക്ഷം അവസ്ഥ 1 ഉം 20 ദശലക്ഷം അവസ്ഥ 2 ഉം താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ, ഉപയോഗിക്കുക
--d1 10 --d2 20, തുടർന്ന്, അവസ്ഥ 2-നുള്ള ബെഡ്ഗ്രാഫിലെ പൈലപ്പ് മൂല്യം കൊണ്ട് ഹരിക്കും
2. ഡിഫോൾട്ട്: 1

--പുറം പുറത്ത്
വ്യക്തമാക്കിയാൽ എല്ലാ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളും ആ ഡയറക്‌ടറിയിലേക്ക് എഴുതപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: the
നിലവിലെ പ്രവർത്തന ഡയറക്ടറി

--o-പ്രിഫിക്സ് ഒപ്രിഫിക്സ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ പ്രിഫിക്സ്. യഥാർത്ഥ ഫയലുകൾക്ക് PREFIX_cond1.bed എന്ന് പേരിടും,
PREFIX_cond2.bed, PREFIX_common.bed. പരസ്പരവിരുദ്ധമായി -o/--ഓഫിൽ.

-o ഫയൽ ഫയൽ ഫയൽ, --ofile ഫയല് ഫയല് ഫയല്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽനാമങ്ങൾ. ക്രമത്തിൽ മൂന്ന് ആർഗ്യുമെന്റുകൾ നൽകണം: 1. തനത് പ്രദേശങ്ങൾക്കുള്ള ഫയൽ
വ്യവസ്ഥ 1; 2. വ്യവസ്ഥ 2-ലെ അദ്വിതീയ പ്രദേശങ്ങൾക്കുള്ള ഫയൽ; 3. സാധാരണ പ്രദേശങ്ങൾക്കുള്ള ഫയൽ
രണ്ട് വ്യവസ്ഥകളിലും. കുറിപ്പ്: പരസ്പര വിരുദ്ധമായത് --o-പ്രിഫിക്സ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് macs2_bdgdiff ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക