macs2_callpeak - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

macs2_callpeak - ചിപ്പ്-സീക്വൻസിംഗിനായുള്ള മോഡൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിശകലനം

വിവരണം

ഉപയോഗം: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}]
[-ജി ജി സൈസ്
OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--ട്രാക്ക്‌ലൈൻ] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize
EXTSIZE] [-q QVALUE | -p മൂല്യം
[--വിത്ത് വിത്ത്] [--നൊലംബ്ദ] [--സ്ലോക്കൽ സ്മാൾലോക്കൽ] [--ലോക്കൽ ലാർജിലോക്കൽ] [--ബ്രോഡ്]
[--ബ്രോഡ്-കട്ട്ഓഫ് ബ്രോഡ്കട്ട്ഓഫ്] [--കട്ട്ഓഫ്-അനാലിസിസ്] [--കോൾ-സമ്മിറ്റുകൾ] [--ഫെ-കട്ട്ഓഫ്
FECUTOFF]

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വാദങ്ങൾ:
-t TFILE [TFILE ...], --ചികിത്സ TFILE [TFILE ...]
ചിപ്-സെക് ചികിത്സ ഫയൽ. ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ '-t A B C' ആയി നൽകിയാൽ, അവ ലഭിക്കും
എല്ലാം വായിക്കുകയും ഒരുമിച്ച് ശേഖരിക്കുകയും ചെയ്യുക. ആവശ്യമാണ്.

-c [CFILE [CFILE ...]], --നിയന്ത്രണം [CFILE [CFILE ...]]
നിയന്ത്രണ ഫയൽ. ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ '-c A B C' ആയി നൽകിയാൽ, അവ പൂൾ ചെയ്യപ്പെടും
ചിപ്-സെക് പശ്ചാത്തല ശബ്ദം കണക്കാക്കുക.

-f {ഓട്ടോ,ബാം,സാം,ബെഡ്,ഇലാൻഡ്,ഇലാൻഡ്മൾട്ടി,ഇലാൻഡെക്സ്പോർട്ട്,ബൗട്ടി,ബാംപെ}, --ഫോർമാറ്റ്
{ഓട്ടോ,ബാം,സാം,ബെഡ്,ഇലാൻഡ്,ഇലാൻഡ്മൾട്ടി,ഇലാൻഡെക്സ്പോർട്ട്,ബൗട്ടി,ബാംപെ}
ടാഗ് ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ്, "AUTO", "BED" അല്ലെങ്കിൽ "ELAND" അല്ലെങ്കിൽ "ELANDMULTI" അല്ലെങ്കിൽ "ELANDEXPORT" അല്ലെങ്കിൽ
"SAM" അല്ലെങ്കിൽ "BAM" അല്ലെങ്കിൽ "BOWTIE" അല്ലെങ്കിൽ "BAMPE". ഡിഫോൾട്ട് AUTO ഓപ്ഷൻ MACS-നെ തീരുമാനിക്കാൻ അനുവദിക്കും
ഫയൽ ഏത് ഫോർമാറ്റ് ആണ്. നിങ്ങൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുകയാണെങ്കിൽ README ഫയലിലെ നിർവചനം പരിശോധിക്കുക
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. ഡിഫോൾട്ട്: "ഓട്ടോ"

-g GSIZE, --gsize GSIZE
ഫലപ്രദമായ ജീനോം വലിപ്പം. ഇത് 1.0e+9 അല്ലെങ്കിൽ 1000000000 അല്ലെങ്കിൽ മനുഷ്യനുള്ള കുറുക്കുവഴികൾ:'hs' ആകാം
(2.7e9), മൗസിന് 'mm' (1.87e9), C. elegans-ന് 'ce' (9e7), ഫ്രൂട്ട്‌ഫ്ലൈക്ക് 'dm'
(1.2e8), ഡിഫോൾട്ട്:hs

--കീപ്പ്-ഡപ്പ് സൂക്ഷിക്കുന്നു
ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് ടാഗുകളോടുള്ള MACS സ്വഭാവം കൃത്യമായ അതേ സ്ഥലത്ത് ഇത് നിയന്ത്രിക്കുന്നു --
ഒരേ ഏകോപനവും ഒരേ ഇഴയും. 'ഓട്ടോ' ഓപ്ഷൻ MACS-നെ കണക്കുകൂട്ടാൻ പ്രേരിപ്പിക്കുന്നു
ഉപയോഗിക്കുന്ന ബൈനോമൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കി കൃത്യമായ അതേ സ്ഥലത്ത് പരമാവധി ടാഗുകൾ
pvalue cutoff ആയി 1e-5; കൂടാതെ 'എല്ലാം' ഓപ്ഷൻ എല്ലാ ടാഗുകളും സൂക്ഷിക്കുന്നു. ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ ആണെങ്കിൽ
നൽകിയിരിക്കുന്നു, പരമാവധി ഇത്രയും ടാഗുകൾ ഒരേ സ്ഥലത്ത് സൂക്ഷിക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ഒരേ സ്ഥലത്ത് ഒരു ടാഗ് സൂക്ഷിക്കുക എന്നതാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1

--ബഫർ വലിപ്പം BUFFER_SIZE
വായനകൾ സംഭരിക്കുന്നതിന് ആന്തരിക അറേ വലുപ്പം വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള ബഫർ വലുപ്പം
വിന്യാസ വിവരം. മിക്ക കേസുകളിലും, നിങ്ങൾ ഈ പരാമീറ്റർ മാറ്റേണ്ടതില്ല.
എന്നിരുന്നാലും, നിങ്ങളുടെ ശരീരത്തിൽ ധാരാളം ക്രോമസോമുകൾ/കോണ്ടിഗുകൾ/സ്കഫോൾഡുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ
വിന്യാസം, കുറയ്ക്കുന്നതിന് ഒരു ചെറിയ ബഫർ വലുപ്പം വ്യക്തമാക്കാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
മെമ്മറി ഉപയോഗം (എന്നാൽ അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾ വായിക്കാൻ കൂടുതൽ സമയമെടുക്കും). മിനിമം മെമ്മറി
ഒരു അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ വായിക്കാൻ അഭ്യർത്ഥിച്ചത് ഏകദേശം # ക്രോമോസോം * ബഫർ_സൈസ് * 2 ആണ്
ബൈറ്റുകൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100000

ഔട്ട്പുട്ട് വാദങ്ങൾ:
--പുറം പുറത്ത്
വ്യക്തമാക്കിയാൽ എല്ലാ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളും ആ ഡയറക്‌ടറിയിലേക്ക് എഴുതപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: the
നിലവിലെ പ്രവർത്തന ഡയറക്ടറി

-n NAME, --പേര് NAME
പരീക്ഷണ നാമം, ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ നാമങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: "NA"

-B, --ബിഡിജി
വിപുലീകൃത ഫ്രാഗ്മെന്റ് പൈലപ്പും ലോക്കൽ ലാംഡ ട്രാക്കുകളും (രണ്ട്
ഫയലുകൾ) ഓരോ ബിപിയിലും ഒരു ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിലേക്ക്. ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--വാക്കുകൾ വെർബോസ്
റൺടൈം സന്ദേശത്തിന്റെ വെർബോസ് ലെവൽ സജ്ജമാക്കുക. 0: നിർണായക സന്ദേശം മാത്രം കാണിക്കുക, 1: കാണിക്കുക
അധിക മുന്നറിയിപ്പ് സന്ദേശം, 2: പ്രോസസ്സ് വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുക, 3: ഡീബഗ് സന്ദേശങ്ങൾ കാണിക്കുക.
ഡിഫോൾട്ട്:2

--ട്രാക്ക്ലൈൻ
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾക്കൊപ്പം ട്രാക്ക്ലൈൻ ഉൾപ്പെടുത്താൻ MACS-നോട് പറയുന്നു. ഈ ട്രാക്ക്ലൈൻ ഉൾപ്പെടുത്താൻ
UCSC ജീനോം ബ്രൗസറിൽ ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് പ്രദർശിപ്പിക്കുമ്പോൾ, അതിന്റെ പേരും വിവരണവും കാണിക്കാനാകും
ഫയലും. എന്നിരുന്നാലും ബെഡ്‌ഗ്രാഫ് ബിഗ്‌വിഗിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക, തുടർന്ന് കാണിക്കുക എന്നതാണ് എന്റെ നിർദ്ദേശം
UCSC ജീനോം ബ്രൗസറിലെ ചെറുതും വേഗതയേറിയതുമായ ബൈനറി ബിഗ്‌വിഗ് ഫയലും
താഴത്തെ വിശകലനം. ആവശ്യമാണ് -B സജ്ജമാക്കണം. ഡിഫോൾട്ട്: ട്രാക്ക്ലൈൻ ഉൾപ്പെടുത്തരുത്.

--എസ്പിഎംആർ ശരിയാണെങ്കിൽ, ഫ്രാഗ്‌മെന്റ് പൈലപ്പ് പ്രൊഫൈലുകൾക്കായി MACS ഓരോ ദശലക്ഷത്തിനും സിഗ്നൽ സംരക്ഷിക്കും.
ആവശ്യമാണ് -B സജ്ജമാക്കണം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്

മാറുന്നു മാതൃക വാദങ്ങൾ:
-s TSIZE, --tsize TSIZE
ടാഗ് വലുപ്പം. ഇത് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തിയ ടാഗ് വലുപ്പത്തെ അസാധുവാക്കും. ഡിഫോൾട്ട്: സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല

--bw BW
ശകലത്തിന്റെ വലുപ്പം കണക്കാക്കാൻ പ്രദേശങ്ങൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള ബാൻഡ് വീതി. ഈ മൂല്യം മാത്രമാണ് ഉപയോഗിക്കുന്നത്
ഷിഫ്റ്റിംഗ് മോഡൽ നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 300

-m MFOLD MFOLD, --mfold MFOLD MFOLD
ഉയർന്ന ആത്മവിശ്വാസ സമ്പുഷ്ടീകരണ അനുപാതത്തിന്റെ MFOLD ശ്രേണിയിലുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുക
മാതൃക നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള പശ്ചാത്തലം. പ്രദേശങ്ങളിലെ ഫോൾഡ്-സമ്പുഷ്ടീകരണം മുകളിലെതിനേക്കാൾ താഴ്ന്നതായിരിക്കണം
പരിധി, താഴ്ന്ന പരിധിയേക്കാൾ ഉയർന്നത്. "-m 10 30" ആയി ഉപയോഗിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി:5 50

--fix-bimodal
ഓട്ടോ പെയർ മോഡൽ പ്രോസസ്സ് ഓണാക്കണോ. സജ്ജമാക്കിയാൽ, MACS നിർമ്മിക്കുന്നതിൽ പരാജയപ്പെടുമ്പോൾ
ജോടിയാക്കിയ മോഡൽ, ഇത് നോമോഡൽ ക്രമീകരണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കും --എക്സൈസ് വിപുലീകരിക്കാനുള്ള പരാമീറ്റർ
ഓരോന്നും 3' ദിശയിലേക്ക് ടാഗുചെയ്യുന്നു. ഈ ഓട്ടോമേറ്റ് ഫിക്സേഷൻ ഉപയോഗിക്കാതിരിക്കുന്നത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
ഇപ്പോൾ പെരുമാറ്റം. ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--നോമോഡൽ
ഷിഫ്റ്റിംഗ് മോഡൽ നിർമ്മിക്കണോ വേണ്ടയോ എന്ന്. True ആണെങ്കിൽ, MACS മോഡൽ നിർമ്മിക്കില്ല. വഴി
ഡിഫോൾട്ട്, സൈസ് = 100 ഷിഫ്റ്റിംഗ് എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്, അത് മാറ്റാൻ എക്‌സൈസ് സജ്ജീകരിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക. ഡിഫോൾട്ട്:
തെറ്റായ

--ഷിഫ്റ്റ് SHIFT
(പൈതൃകമല്ല --ഷിഫ്റ്റ് സൈസ് ഓപ്ഷൻ!) ബിപിയിലെ അനിയന്ത്രിതമായ ഷിഫ്റ്റ്. വിവേചനാധികാരം ഉപയോഗിക്കുക
ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം കൂടാതെ ഇത് സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ. NOMODEL സജ്ജമാക്കുമ്പോൾ, MACS ഇത് ഉപയോഗിക്കും
കട്ടിംഗ് അറ്റങ്ങൾ (5') 5'->3' ദിശയിലേക്ക് നീക്കാനുള്ള മൂല്യം തുടർന്ന് ഇതിലേക്ക് EXTSIZE പ്രയോഗിക്കുക
അവയെ ശകലങ്ങളിലേക്ക് നീട്ടുക. ഈ മൂല്യം നെഗറ്റീവ് ആയിരിക്കുമ്പോൾ, അറ്റങ്ങൾ നേരെ നീക്കും
3'->5' ദിശ. ChIP-Seq ഡാറ്റാസെറ്റുകൾക്ക് ഇത് സ്ഥിരസ്ഥിതി 0 ആയി നിലനിർത്താൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ -1
* EXTSIZE-ന്റെ പകുതിയും EXTSIZE ഓപ്ഷനും ചേർന്ന് സമ്പുഷ്ടമായ കട്ടിംഗ് ലോക്കി കണ്ടെത്തുന്നതിന്
ചില DNAseI-Seq ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ പോലെ. ശ്രദ്ധിക്കുക, 0 if അല്ലാതെ നിങ്ങൾക്ക് മൂല്യങ്ങൾ സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയില്ല
ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് ഡാറ്റയ്ക്കുള്ള ഫോർമാറ്റ് BAMPE ആണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.

--extsize EXTSIZE
ബിപിയിൽ അനിയന്ത്രിതമായ വിപുലീകരണ വലുപ്പം. നോമോഡൽ ശരിയാകുമ്പോൾ, MACS ഈ മൂല്യം ഉപയോഗിക്കും
ഓരോ റീഡും 3' അറ്റത്തേക്ക് നീട്ടുന്നതിന് ശകലത്തിന്റെ വലുപ്പം, തുടർന്ന് അവയെ പൈൽ ചെയ്യുക. അത്
കാലഹരണപ്പെട്ട SHIFTSIZE ന്റെ കൃത്യം ഇരട്ടി. മുമ്പത്തെ ഭാഷയിൽ, ഓരോ വായനയും
5'->3' ദിശ ശകലത്തിന്റെ മധ്യഭാഗത്തേക്ക് 1/2 d കൊണ്ട് നീക്കി, തുടർന്ന് രണ്ടിലേക്കും നീട്ടി
1/2 d ഉള്ള ദിശ. ഓരോ വായനയും വിപുലീകരിച്ചു എന്ന് പറയുന്നതിന് തുല്യമാണിത്
5'->3' ഒരു d വലുപ്പ ശകലത്തിലേക്ക്. ഡിഫോൾട്ട്: 200. EXTSIZE, SHIFT എന്നിവ എപ്പോൾ സംയോജിപ്പിക്കാം
ആവശ്യമായ. SHIFT ഓപ്ഷൻ പരിശോധിക്കുക.

പീക്ക് വിളിക്കുന്നു വാദങ്ങൾ:
-q QVALUE, --ക്വാല്യൂ QVALUE
പീക്ക് കണ്ടെത്തലിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ FDR (q-മൂല്യം) കട്ട്ഓഫ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.05. -q, ഒപ്പം -p ആകുന്നു
പരസ്പരവിരുദ്ധം.

-p PVALUE, --വില PVALUE
പീക്ക് കണ്ടെത്തലിനുള്ള Pvalue cutoff. ഡിഫോൾട്ട്: സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല. -q, ഒപ്പം -p പരസ്പരം ആകുന്നു
എക്സ്ക്ലൂസീവ്. pvalue cutoff സജ്ജമാക്കിയാൽ, qvalue കണക്കാക്കി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യില്ല
-1 അവസാന .xls ഫയലിൽ.

--വലിയ
സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, ചെറിയ സാമ്പിൾ വലിയ സാമ്പിളിലേക്ക് സ്കെയിൽ ചെയ്യുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, വലുത്
ഡാറ്റാസെറ്റ് ചെറിയ ഡാറ്റാസെറ്റിലേക്ക് സ്കെയിൽ ചെയ്യും, അത് ചെറുതിലേക്ക് നയിക്കും
p/qvalues ​​കൂടുതൽ നിർദ്ദിഷ്ട ഫലങ്ങളും. സ്കെയിൽ ഡൌൺ ചെയ്യുന്നത് കുറയ്ക്കുമെന്ന് ഓർമ്മിക്കുക
പശ്ചാത്തല ശബ്ദം കൂടുതൽ. ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--അനുപാതം അനുപാതം
സജ്ജമാക്കുമ്പോൾ, ചിപ്പ്/നിയന്ത്രണത്തിന്റെ ഇഷ്‌ടാനുസൃത സ്കെയിലിംഗ് അനുപാതം ഉപയോഗിക്കുക (ഉദാ. NCIS ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നത്)
ലീനിയർ സ്കെയിലിംഗിനായി. ഡിഫോൾട്ട്: ഇൻഗോർ

--ഡൗൺ-സാമ്പിൾ
സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, റാൻഡം സാംപ്ലിംഗ് രീതി വലിയ സാമ്പിളിനെ കുറയ്ക്കും. സ്വതവേ,
MACS ലീനിയർ സ്കെയിലിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. മുന്നറിയിപ്പ്: ഈ ഓപ്ഷൻ നിങ്ങളുടെ ഫലത്തെ അസ്ഥിരമാക്കും
ഓരോ തവണയും പുനരുൽപ്പാദിപ്പിക്കാനാവില്ല, ക്രമരഹിതമായ വായനകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടും. ഉപയോഗിക്കുന്നത് പരിഗണിക്കുക
പകരം 'റാൻഡ്സാമ്പിൾ' സ്ക്രിപ്റ്റ്. കൂടെ ഉപയോഗിച്ചാൽ --എസ്പിഎംആർ, 1
ദശലക്ഷക്കണക്കിന് അദ്വിതീയ വായനകൾ ക്രമരഹിതമായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടും.നടപ്പാക്കില്ല> ജാഗ്രത: കാരണം
നടപ്പിലാക്കൽ, തിരഞ്ഞെടുത്ത വായനകളുടെ അന്തിമ എണ്ണം നിങ്ങൾ പ്രതീക്ഷിച്ചതുപോലെ ആയിരിക്കില്ല!
ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--വിത്ത് വിത്ത്
ഡാറ്റ സാമ്പിൾ ചെയ്യുമ്പോൾ ക്രമരഹിതമായ വിത്ത് സജ്ജമാക്കുക. ഒരു നോൺ-നെഗറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യയായിരിക്കണം
ഫലപ്രദമാകാൻ ഓർഡർ. ഡിഫോൾട്ട്: സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല

--നൊലംബ്ദ
ശരിയാണെങ്കിൽ, എല്ലാ കൊടുമുടികൾക്കും ലോക്കൽ ലാംഡയായി MACS നിശ്ചിത പശ്ചാത്തല ലാംഡ ഉപയോഗിക്കും
പ്രദേശം. സാധാരണഗതിയിൽ, പ്രാദേശിക പക്ഷപാതത്തെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്നതിനായി MACS ഒരു ഡൈനാമിക് ലോക്കൽ ലാംഡ കണക്കാക്കുന്നു
സാധ്യതയുള്ള ക്രോമാറ്റിൻ ഘടന കാരണം.

--സ്ലോക്കൽ ചെറുകിട
ഡൈനാമിക് ലാംഡ കണക്കാക്കാൻ ബേസ്‌പെയറിലുള്ള സമീപത്തെ ചെറിയ പ്രദേശം. ഇത് പതിവാണ്
പീക്ക് ഉച്ചകോടി പ്രദേശത്തിനടുത്തുള്ള പക്ഷപാതം പിടിച്ചെടുക്കുക. നിയന്ത്രണ ഡാറ്റ ഇല്ലെങ്കിൽ അസാധുവാണ്.
നിങ്ങൾ ഇത് 0 ആയി സജ്ജമാക്കുകയാണെങ്കിൽ, MACS സ്ലോക്കൽ ലാംഡ കണക്കുകൂട്ടൽ ഒഴിവാക്കും. *ശ്രദ്ധിക്കുക* എന്നത് MACS ആണ്
എല്ലായ്‌പ്പോഴും ഡി-സൈസ് ലോക്കൽ ലാംഡ കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തും. അന്തിമ പ്രാദേശിക പക്ഷപാതം വേണം
d, സ്ലോക്കൽ, ലോക്കൽ സൈസ് വിൻഡോകളിൽ നിന്നുള്ള ലാംഡ മൂല്യത്തിന്റെ പരമാവധി ആകുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1000

--പ്രാദേശിക വലിയ ലോക്കൽ
ഡൈനാമിക് ലാംഡ കണക്കാക്കാൻ ബേസ്‌പെയറിലുള്ള അടുത്തുള്ള വലിയ പ്രദേശം. ഇത് പതിവാണ്
സറൗണ്ട് ബയസ് പിടിച്ചെടുക്കുക. നിങ്ങൾ ഇത് 0 ആയി സജ്ജമാക്കുകയാണെങ്കിൽ, MACS ലോക്കൽ ലാംഡ ഒഴിവാക്കും
കണക്കുകൂട്ടല്. *ശ്രദ്ധിക്കുക* MACS എല്ലായ്‌പ്പോഴും ഒരു ഡി-സൈസ് ലോക്കൽ ലാംഡ നിർവഹിക്കും
കണക്കുകൂട്ടല്. അന്തിമ പ്രാദേശിക പക്ഷപാതം d-യിൽ നിന്നുള്ള ലാംഡ മൂല്യത്തിന്റെ പരമാവധി ആയിരിക്കണം,
സ്ലോക്കൽ, ലോക്കൽ സൈസ് വിൻഡോകൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 10000.

--വിശാലം
സജ്ജീകരിച്ചാൽ, MACS സമീപത്തുള്ള ഉയർന്ന സമ്പന്നത ലിങ്ക് ചെയ്തുകൊണ്ട് വിശാലമായ കൊടുമുടികളെ വിളിക്കാൻ ശ്രമിക്കും
പ്രദേശങ്ങൾ. ലിങ്കിംഗ് മേഖല മറ്റൊരു കട്ട്ഓഫ് വഴി നിയന്ത്രിക്കപ്പെടുന്നു
--ലിങ്കിംഗ്-കട്ട്ഓഫ്. MACS-ൽ നിന്നുള്ള പരമാവധി ലിങ്കിംഗ് മേഖല ദൈർഘ്യം d യുടെ 4 മടങ്ങാണ്.
ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--ബ്രോഡ്-കട്ട്ഓഫ് ബ്രോഡ്കട്ട്ഓഫ്
വിശാലമായ മേഖലയ്ക്കുള്ള കട്ട്ഓഫ്. അല്ലാതെ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമല്ല --വിശാലം സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. എങ്കിൽ -p
സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, ഇതൊരു pvalue cutoff ആണ്, അല്ലാത്തപക്ഷം, ഇതൊരു qvalue cutoff ആണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.1

--കട്ട്ഓഫ്-വിശകലനം
സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, വിളിക്കാവുന്ന കൊടുമുടികളുടെ എണ്ണമോ മൊത്തം ദൈർഘ്യമോ MACS2 വിശകലനം ചെയ്യും
വ്യത്യസ്‌ത പി-മൂല്യം കട്ട്‌ഓഫ് തുടർന്ന് മികച്ചത് തീരുമാനിക്കാൻ ഉപയോക്താവിനെ സഹായിക്കുന്നതിന് ഒരു സംഗ്രഹ പട്ടിക ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക
വിച്ഛേദിക്കുക. പട്ടിക NAME_cutoff_analysis.txt ഫയലിൽ സംരക്ഷിക്കപ്പെടും. ശ്രദ്ധിക്കുക, minlen ഒപ്പം
maxgap ഫലങ്ങളെ ബാധിച്ചേക്കാം. മുന്നറിയിപ്പ്: പൂർത്തിയാക്കാൻ ~30 മടങ്ങ് കൂടുതൽ സമയം എടുത്തേക്കാം.
ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

നടപടിക്കു ശേഷം ഓപ്ഷനുകൾ:
--കോൾ-സമ്മിറ്റുകൾ
സജ്ജമാക്കിയാൽ, കണ്ടെത്തുന്നതിന് MACS കൂടുതൽ സങ്കീർണ്ണമായ സിഗ്നൽ പ്രോസസ്സിംഗ് സമീപനം ഉപയോഗിക്കും
ഓരോ സമ്പുഷ്ടമായ പീക്ക് മേഖലയിലും ഉപപീക്ക് ഉച്ചകോടികൾ. ഡിഫോൾട്ട്: തെറ്റ്

--fe-കട്ട്ഓഫ് ഫെക്യുടോഫ്
സജ്ജമാക്കുമ്പോൾ, കുറഞ്ഞ ഫോൾഡ്-സമ്പുഷ്ടീകരണത്തോടുകൂടിയ കൊടുമുടികൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ മൂല്യം ഉപയോഗിക്കും.
ശ്രദ്ധിക്കുക, ഫോൾഡ്-എൻറിച്ച്‌മെന്റ് കണക്കാക്കുമ്പോൾ MACS2 1.0 സ്യൂഡോകൗണ്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.0

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് macs2_callpeak ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക