Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന കമാൻഡ് macs2 ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
macs2 - macs2 - ചിപ്പ്-സീക്വൻസിംഗിനായുള്ള മോഡൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിശകലനം
വിവരണം
ഉപയോഗം: macs2 [-h] [--പതിപ്പ്]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predicted,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- ചിപ്പ്-സീക്വൻസിംഗിനായുള്ള മോഡൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിശകലനം
പൊസിഷണൽ വാദങ്ങൾ:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predicted,pileup,randsample,refinepeak}
കോൾപീക്ക്
പ്രധാന MACS2 ഫംഗ്‌ഷൻ: വിന്യാസ ഫലങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള കോൾ പീക്ക്.
bdgpeakcall
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്നുള്ള കോൾ പീക്കുകൾ. ശ്രദ്ധിക്കുക: എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും ഒരേ ക്രോമസോമിൽ
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയൽ തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ MACS2-ൽ നിന്നുള്ള ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾ മാത്രമായിരിക്കും
സ്വീകാര്യമായ.
bdgbroadcall
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്ന് വിശാലമായ കൊടുമുടികൾ വിളിക്കുക. ശ്രദ്ധിക്കുക: എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും ഒരേ ക്രോമസോമിൽ
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയൽ തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ MACS2-ൽ നിന്നുള്ള ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾ മാത്രമായിരിക്കും
സ്വീകാര്യമായ.
bdgcmp ബെഡ്ഗ്രാഫിലെ രണ്ട് സിഗ്നൽ ട്രാക്കുകൾ താരതമ്യം ചെയ്തുകൊണ്ട് ശബ്ദം കുറയ്ക്കുക. ശ്രദ്ധിക്കുക: ഇതിലെ എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിലെ അതേ ക്രോമസോം തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾ മാത്രം
MACS2-ൽ നിന്നുള്ളവ സ്വീകാര്യമാണ്.
bdgopt ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിന്റെ സ്കോർ കോളത്തിലെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ. ശ്രദ്ധിക്കുക: എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും ഒരേ രീതിയിലാണ്
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിലെ ക്രോമസോം തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾ മാത്രം
MACS2 സ്വീകാര്യമാണ്.
cmbreps
പകർപ്പുകളിൽ നിന്നുള്ള സ്‌കോറുകളുടെ BEDGraphs സംയോജിപ്പിക്കുക. ശ്രദ്ധിക്കുക: എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും ഒരേ രീതിയിലാണ്
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിലെ ക്രോമസോം തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകൾ മാത്രം
MACS2 സ്വീകാര്യമാണ്.
bdgdiff
ജോടിയാക്കിയ നാല് ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ പീക്ക് ഡിറ്റക്ഷൻ. ശ്രദ്ധിക്കുക: എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളും
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിലെ അതേ ക്രോമസോമിൽ തുടർച്ചയായിരിക്കണം, അതിനാൽ ബെഡ്ഗ്രാഫ് മാത്രം
MACS2-ൽ നിന്നുള്ള ഫയലുകൾ സ്വീകാര്യമാണ്.
ഫിൽട്ടർഡപ്പ്
അതേ സ്ഥാനത്ത് ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് റീഡുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക, തുടർന്ന് സ്വീകാര്യമായ ഫോർമാറ്റ് BED ആയി പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
ഫോർമാറ്റ്.
പ്രവചിച്ചു
വിന്യാസ ഫലങ്ങളിൽ നിന്ന് ഡി അല്ലെങ്കിൽ ശകലത്തിന്റെ വലുപ്പം പ്രവചിക്കുക. *ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യില്ല*
നൽകിയിരിക്കുന്ന വിപുലീകരണ വലുപ്പത്തിനൊപ്പം പൈലപ്പ് അലൈൻ ചെയ്ത വായനകൾ (ശകലത്തിന്റെ വലുപ്പം അല്ലെങ്കിൽ MACS-ൽ d
ഭാഷ). ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് റീഡുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നതിനോ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിനോ ഒരു ഘട്ടവും ഉണ്ടാകില്ലെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഡെപ്ത് സ്കെയിലിംഗ്, അതിനാൽ നിങ്ങൾ ചില പ്രീ/പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.
റാൻഡ്സാമ്പിൾ
ക്രമരഹിതമായി സാമ്പിൾ നമ്പർ/മൊത്തം വായനയുടെ ശതമാനം.
റിഫൈൻപീക്ക്
(പരീക്ഷണാത്മകം) റോ റീഡ് അലൈൻമെന്റ് എടുക്കുക, പീക്ക് സമ്മിറ്റുകൾ പരിഷ്കരിക്കുക, സ്കോറുകൾ നൽകുക
വേസ്റ്റൺ/ക്രിക്ക് ടാഗുകളുടെ ബാലൻസ് അളക്കുന്നു. എസ്പിപിയിൽ നിന്ന് പ്രചോദനം ഉൾക്കൊണ്ടത്.
ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
--പതിപ്പ്
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പതിപ്പ് നമ്പർ കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
ഓരോ കമാൻഡിന്റെയും കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾക്കായി, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: macs2 COMMAND -h
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് macs2 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
