മെറിൽ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

meryl - in- and out-of-cor kmer കൗണ്ടിംഗും യൂട്ടിലിറ്റികളും

സിനോപ്സിസ്

കണക്കാക്കുന്നു മെമ്മറി ആവശ്യകതകൾ
മെറിൽ -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

മെറിൽ -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercount

കെട്ടിടം a മേശ
മെറിൽ -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L ചെറിയ കറൻസി] [-U maxoccurrence]
[- ത്രെഡുകൾ n | {- സെഗ്മെന്റുകൾ സെഗ്മെന്റുകൾ | -ഓർമ്മ മെഗാബൈറ്റ്} [-configbatch [-sge ജോലിയുടെ പേര്]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

മെറിൽ - കൗണ്ട്ബാച്ച് അക്കം [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

മെറിൽ -മെർജ്ബാച്ച് അക്കം [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

പ്രകടനം പ്രവർത്തനങ്ങൾ on a മേശ
മെറിൽ -M ഓപ്പറേഷൻ [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o ഔട്ട്പുട്ട്

ഡംപിംഗ് a മേശ
മെറിൽ -ധ -s tblprefix

മെറിൽ -ഡി.ടി -n കുറഞ്ഞ എണ്ണം -s tblprefix

വിവരണം

മെറിൽ ജീനോമിക് സീക്വൻസുകളുടെ kmer ഉള്ളടക്കം കണക്കാക്കുന്നു. Kmer ഉള്ളടക്കം a ആയി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
കിലോമീറ്ററുകളുടെ ലിസ്റ്റും ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകളിൽ ഓരോന്നും സംഭവിക്കുന്ന തവണകളുടെ എണ്ണവും. kmer ആകാം
ഫോർവേഡ് kmer, റിവേഴ്സ് kmer, അല്ലെങ്കിൽ കാനോനിക്കൽ kmer എന്നിവയിൽ മാത്രം പരിമിതപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു
(ഓരോ ലൊക്കേഷനിലെയും ഫോർവേഡ്, റിവേഴ്സ് കിമീറിന്റെ നിഘണ്ടുവിൽ ചെറുത്). മെറിൾ കഴിയും
കണക്കുകളുടെ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, കിമീറുകളുടെ പട്ടിക, അവയുടെ എണ്ണങ്ങൾ എന്നിവ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുക, അല്ലെങ്കിൽ നിർവഹിക്കാൻ കഴിയും
പ്രോസസ്സ് ചെയ്ത ഡാറ്റ ഫയലുകളിൽ ഗണിതവും സെറ്റ് ഓപ്പറേഷനുകളും.

ന്റെ .ട്ട്‌പുട്ട് മെറിൽ മെറിൽ ഡാറ്റാബേസ് എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന രണ്ട് ബൈനറി ഫയലുകൾ ആണ്, അത് വേഗത്തിലാകാം
കണക്കുകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം അല്ലെങ്കിൽ യഥാർത്ഥ കണക്കുകൾ നൽകാൻ വലിച്ചെറിഞ്ഞു. ഒരു C++ ലൈബ്രറി നൽകിയിട്ടുണ്ട്
ഫയലുകളിലേക്കുള്ള നേരിട്ടുള്ള പ്രവേശനത്തിനായി.

ഓപ്ഷനുകൾ

-P മെമ്മറി ആവശ്യകതകൾ കണക്കാക്കുക. ഒരു സീക്വൻസ് ഫയൽ നൽകിയിരിക്കുന്നു (-s) അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഉയർന്ന പരിധി
ഫയലിലെ മെർമാരുടെ എണ്ണം (-n), പട്ടികയുടെ വലുപ്പം കണക്കാക്കുക (-t നിർമ്മാണത്തിൽ) ചെറുതാക്കാൻ
മെമ്മറി ഉപയോഗം. ഈ മോഡ് ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു:

-m # ഒരു മെറിന്റെ വലിപ്പം (ആവശ്യമാണ്)

-c # ഹോമോപോളിമർ കംപ്രഷൻ (ഓപ്ഷണൽ)

-p സ്ഥാനങ്ങൾ പ്രാപ്തമാക്കുക

-s seq.fasta
മെർസിന്റെ എണ്ണം നിർണ്ണയിക്കാൻ സീക്വൻസ് ഫയൽ സ്കാൻ ചെയ്യണം

-n # ഇത്രയും മെർസ് ഉള്ള ഫയൽ അനുമാനിക്കുന്ന പാരാമുകൾ കണക്കാക്കുക

ഒരെണ്ണം മാത്രം -s, -n വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്. രണ്ടും കൊടുത്താൽ -s മുൻഗണന എടുക്കുന്നു.

-B ഒരു സീക്വൻസ് ഫയൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന മെർ-കൗണ്ട് ടേബിളുകൾ കണക്കാക്കുക (-s) കൂടാതെ ധാരാളം പാരാമീറ്ററുകളും. എഴുതിയത്
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, രണ്ട് സ്ട്രോണ്ടുകളും പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നു.

-f ഫോർവേഡ് സ്ട്രാൻഡിനായി മാത്രം നിർമ്മിക്കുക

-r റിവേഴ്സ് സ്ട്രോണ്ടിനായി മാത്രം നിർമ്മിക്കുക

-C കാനോനിക്കൽ മെർസ് ഉപയോഗിക്കുക (രണ്ട് ഇഴകളും അനുമാനിക്കുന്നു)

-L # # തവണയിൽ താഴെ സംഭവിക്കുന്ന മെർസ് സംരക്ഷിക്കരുത്

-U # # തവണയിൽ കൂടുതൽ സംഭവിക്കുന്ന മെർസ് സംരക്ഷിക്കരുത്

-m # ഒരു മെറിന്റെ വലിപ്പം (ആവശ്യമാണ്)

-c # ഹോമോപോളിമർ കംപ്രഷൻ (ഓപ്ഷണൽ)

-p സ്ഥാനങ്ങൾ പ്രാപ്തമാക്കുക

-s seq.fasta
പട്ടിക നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള ക്രമം

-o tblprefix
ഔട്ട്പുട്ട് പട്ടിക പ്രിഫിക്സ്

-v ഉപയോക്താവിനെ രസിപ്പിക്കുക

ദി മെറിൽ പ്രക്രിയയ്ക്ക് ഒരു വലിയ മെമ്മറി ബാച്ചിൽ, പല ചെറിയ മെമ്മറി ബാച്ചുകളിൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ കഴിയും,
അല്ലെങ്കിൽ SGE നിയന്ത്രണത്തിൽ, ഒന്നിലധികം CPU കോറുകൾ ഉപയോഗിച്ചോ അല്ലാതെയോ എല്ലാം. സ്വതവേ,
ഒരു വലിയ തുടർച്ചയായ പ്രക്രിയയായാണ് കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തുന്നത്. മൾട്ടി-ത്രെഡ് പ്രവർത്തനം
അധിക മെമ്മറി ചെലവിൽ, സെഗ്മെന്റഡ് ഓപ്പറേഷൻ പോലെ, അധികമായി സാധ്യമാണ്
I/O ചെലവ്.

ത്രെഡ് ഓപ്പറേഷൻ
ഏകദേശം തുല്യ വലിപ്പമുള്ള കഷണങ്ങളായി കൗണ്ടിംഗ് വിഭജിക്കുക. ഇത് ഒരു അധിക ഉപയോഗിക്കുന്നു
h MB (നിന്ന് -P) ഓരോ ത്രെഡിലും.

- ത്രെഡുകൾ n
ഉപയോഗം n നിർമ്മിക്കാനുള്ള ത്രെഡുകൾ

വിഭജിച്ച, തുടർച്ചയായ ഓപ്പറേഷൻ
m MB-യിൽ കൂടുതൽ ചേരാത്ത കഷണങ്ങളായി കൗണ്ടിംഗ് വിഭജിക്കുക
മെമ്മറി, അല്ലെങ്കിൽ n തുല്യ വലിപ്പമുള്ള കഷണങ്ങളായി. ഓരോ ഭാഗവും ക്രമാനുഗതമായി കണക്കാക്കുന്നു,
ഫലങ്ങൾ അവസാനം ലയിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഒരെണ്ണം മാത്രം -ഓർമ്മ ഒപ്പം - സെഗ്മെന്റുകൾ is
ആവശ്യമുണ്ട്.

-ഓർമ്മ m
പരമാവധി ഉപയോഗിക്കുക m ഓരോ സെഗ്‌മെന്റിനും MB മെമ്മറി

- സെഗ്മെന്റുകൾ n
ഉപയോഗം n സെഗ്മെന്റുകൾ

വിഭജിച്ച, ബാച്ച് ചെയ്തു ഓപ്പറേഷൻ
ഓരോ സെഗ്‌മെന്റും സ്വമേധയാ എക്‌സിക്യൂട്ട് ചെയ്യാൻ ഇത് അനുവദിക്കുന്നതൊഴിച്ചാൽ സീക്വൻഷ്യലിന് സമാനമാണ്
സമാന്തരമായി. ഒരെണ്ണം മാത്രം -ഓർമ്മ ഒപ്പം - സെഗ്മെന്റുകൾ ആവശ്യമാണ്. എന്നതും കാണുക
ഉദാഹരണം ഈ പേജിലെ വിഭാഗം.

-ഓർമ്മ m
പരമാവധി ഉപയോഗിക്കുക m ഓരോ സെഗ്‌മെന്റിനും MB മെമ്മറി

- സെഗ്മെന്റുകൾ n
ഉപയോഗം n സെഗ്മെന്റുകൾ

-configbatch
ബാച്ചുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

- കൗണ്ട്ബാച്ച് n
ബാച്ച് നമ്പർ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക n

-മെർജ്ബാച്ച്
ബാച്ചുകൾ ലയിപ്പിക്കുക

ബാച്ച് മോഡ് ഗ്രിഡിൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ കഴിയും.

-sge ജോലിയുടെ പേര്
ഈ നിർവ്വഹണത്തിനുള്ള അതുല്യ ജോലി നാമം. മെറിൾ പേര് സഹിതം ജോലികൾ സമർപ്പിക്കും
mpജോലിയുടെ പേര്, എൻസിജോലിയുടെ പേര്, nmജോലിയുടെ പേര്, ഘട്ടങ്ങൾ തയ്യാറാക്കുക, എണ്ണുക, ലയിപ്പിക്കുക.

-sgebuild "ഓപ്ഷനുകൾ"

-sgemerge "ഓപ്ഷനുകൾ"
ഏതെങ്കിലും അധിക ഓപ്ഷനുകൾ qsub(1) (ഉദാ, "-പേജ് -153 -പെ ത്രെഡ് 2 -A
മെറിലാക്കൗണ്ട്") NB - -N NB അവഗണിക്കപ്പെടും - ഉദ്ധരിക്കുന്നത് ഉറപ്പാക്കുക
ഓപ്ഷനുകൾ

-M പട്ടികകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് നൽകി, ഒരു കണക്ക്, ലോജിക്കൽ അല്ലെങ്കിൽ ത്രെഷോൾഡ് പ്രവർത്തനം നടത്തുക. അല്ലാതെ
വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, എല്ലാ പ്രവർത്തനങ്ങളും എത്ര ഡാറ്റാബേസുകൾ എടുക്കുന്നു. ഗണിത പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഇവയാണ്:

എന്നോട് എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളുടെയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണമാണ് കൗണ്ട്. മെർ നിലവിലില്ലെങ്കിൽ
എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളിലും, മെറിന് പൂജ്യം എണ്ണമുണ്ട്, ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഇല്ല.

minexist
മെർ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളുടെയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണമാണ് കൗണ്ട്

പരമാവധി എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളുടെയും പരമാവധി എണ്ണമാണ് കൗണ്ട്

ചേർക്കുക എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളുടെയും എണ്ണത്തിന്റെ ആകെത്തുകയാണ് കൗണ്ട്

ഉപ എണ്ണം ആദ്യ മൈനസ് രണ്ടാമത്തേത് (ബൈനറി മാത്രം)

എബിഎസ് എണ്ണം എന്നത് ആദ്യത്തെ മൈനസ് രണ്ടാമത്തേതിന്റെ കേവല മൂല്യമാണ് (ബൈനറി മാത്രം)

ലോജിക്കൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഇവയാണ്:

ഒപ്പം എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളിലും ഇത് നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ അത് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു

nand എല്ലാ ഡാറ്റാബേസുകളിലെങ്കിലും ഇത് നിലവിലുണ്ട്

or കുറഞ്ഞത് ഒരു ഡാറ്റാബേസിലെങ്കിലും അത് നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ അത് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു

xor ഒട്ടനവധി ഡാറ്റാബേസുകളിൽ ഇത് നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ അത് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു

ത്രെഷോൾഡ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഇവയാണ്:

അതിൽ കുറവ് x
ഔട്ട്‌പുട്ട് മെർ ഇഫിന്റെ എണ്ണം < x ഉണ്ട്

കുറവ് x
ഔട്ട്‌പുട്ട് മെർ ഇഫ് അതിന്റെ എണ്ണം <= x ഉണ്ട്

വലിയ x
ഔട്ട്‌പുട്ട് മെർ ഇഫിന്റെ എണ്ണം > x ഉണ്ട്

കൂടുതൽ തുല്യമായ x
ഔട്ട്‌പുട്ട് മെർ ഇഫിന്റെ എണ്ണം >= x ഉണ്ട്

തുല്യമായ x
ഔട്ട്‌പുട്ട് മെർ ഇഫ് അതിന്റെ എണ്ണം == x ഉണ്ട്

ത്രെഷോൾഡ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ കൃത്യമായി ഒരു ഡാറ്റാബേസിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

-s tblprefix
ഉപയോഗം tblprefix ഒരു ഡാറ്റാബേസ് ആയി

-o tblprefix
ഈ ഔട്ട്പുട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക

-v ഉപയോക്താവിനെ രസിപ്പിക്കുക

-D ഡംപ് ടേബിൾ (ഇവയെല്ലാം പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല)

-തീയതി ഒരേ മെറുകൾ തമ്മിലുള്ള ദൂരത്തിന്റെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഡംപ് ചെയ്യുക.

-ഡി.ടി ഡംപ് മെർസ് >= ഒരു പരിധി. ഉപയോഗിക്കുക -n പരിധി വ്യക്തമാക്കാൻ.

-ഡിസി മെർസിന്റെ എണ്ണം, വ്യതിരിക്തമായ മെർസ്, അതുല്യ മെർസ് എന്നിവ എണ്ണുക.

-ധ മെർ കൗണ്ടുകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഡംപ് ചെയ്യുക (stdout).

-s ഇവിടെ നിന്ന് കൗണ്ട് ടേബിൾ വായിക്കുക (.mcdat അല്ലെങ്കിൽ .mcidx ഉപേക്ഷിക്കുക).

ഉദാഹരണം

ബാച്ച് സൃഷ്ടി of a മേശ
ഉപയോഗിച്ച് കമ്പ്യൂട്ട് ആരംഭിക്കുക -configbatch, ഇതിന് എല്ലാ ബിൽഡ് ഓപ്ഷനുകളും ആവശ്യമാണ്. എല്ലാം നടപ്പിലാക്കുക
- കൗണ്ട്ബാച്ച് ജോലികൾ, പിന്നെ -മെർജ്ബാച്ച് പൂർത്തിയാക്കാൻ.

മെറിൽ -configbatch -B [ഓപ്ഷനുകൾ] -o ഫയല്
മെറിൽ - കൗണ്ട്ബാച്ച് 0 -o ഫയല്
മെറിൽ - കൗണ്ട്ബാച്ച് 1 -o ഫയല്
...
മെറിൽ - കൗണ്ട്ബാച്ച് N -o ഫയല്
മെറിൽ -മെർജ്ബാച്ച് N -o ഫയല്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മെറിൽ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക