മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് - പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിയിൽ നിന്നുള്ള ജീൻ ഓന്റോളജി പദങ്ങളുടെ പ്രവചനം

സിനോപ്സിസ്

മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് -ഐ FASTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--ഡീബഗ്] [--ടെമ്പ്-ടെമ്പ്] [--സൈലന്റ്]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=എംഎഫ്ഒ or ബിപിഒ or CCO or
എംഎഫ്ഒ, ബിപിഒ or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--config=CONFIG_FILE] !!! നിങ്ങളുടെ ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ പരമാവധി 500 ഉണ്ടെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക
ക്രമങ്ങൾ !!!

വിവരണം

മോളിക്യുലാർ ഫംഗ്‌ഷൻ ഓന്റോളജിയിൽ (എംഎഫ്‌ഒ) നിന്ന് ജീൻ ഒന്റോളജി (ജിഒ) നിബന്ധനകൾ മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് പ്രവചിക്കുന്നു.
ഇൻപുട്ട് പ്രോട്ടീനിനുള്ള ബയോളജിക്കൽ പ്രോസസ് ഒന്റോളജി (ബിപിഒ), സെല്ലുലാർ കോംപോണന്റ് ഒന്റോളജി (സിസിഒ)
ഇതിനകം വ്യാഖ്യാനിച്ച പ്രോട്ടീനുകളിൽ നിന്നുള്ള ഹോമോളജി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അനുമാനങ്ങൾ.

മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റിന്റെ പ്രവർത്തനത്തിന് ആവശ്യമായ വലിയ (ആകെ 1 GB) ഡാറ്റാ ഫയലുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യപ്പെടുന്നു
പ്രോഗ്രാമിന്റെ ആദ്യ ഉപയോഗത്തിൽ സ്വയമേവ. ഡൗൺലോഡ് പുനരാരംഭിക്കാവുന്നതാണ്. നിങ്ങൾക്കും കഴിയും
ഒരു സ്പഷ്ടമായ കോൾ ചെയ്യുക
മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് ഡാറ്റ ഡാറ്റ ഫയലുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുന്നതിന് (ഡിഫോൾട്ടായി /usr/bin/metastudentdata).
ഡാറ്റ ഡയറക്‌ടറി (ഡിഫോൾട്ടായി /usr/share/metastudent-data) എഴുതാൻ കഴിയാത്ത സാഹചര്യത്തിൽ
നിങ്ങൾ റൂട്ട് അല്ല, ഓപ്പറേഷൻ ആണ്
ഉപയോഗിച്ച് വീണ്ടും ശ്രമിച്ചു സുഡോ(8).

ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്
തിരഞ്ഞെടുത്ത ഓരോ ഓന്റോളജിക്കും (കാണുക --ഓന്റോളജികൾ), ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ നിർമ്മിക്കുന്നു (കാണുക -o). ഓരോന്നും
ഓരോ ഫയലിലെയും ലൈൻ ഒരു പ്രോട്ടീനിനെ GO പദവും വിശ്വാസ്യതയുമായി ബന്ധപ്പെടുത്തുന്നു
അസോസിയേഷൻ (0.0 മുതൽ 1.0 വരെ). ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു:
ഐഡി>

അവലംബം

ഹാംപ്, ടി., കാസ്നർ, ആർ., സീമേയർ, എസ്., വൈസ്ഡോ, ഇ., ഷെഫർ, സി., അച്ചെൻ, ഡി., ... & റോസ്റ്റ്, ബി.
(2013). ഹോമോളജി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അനുമാനം പ്രോട്ടീൻ ഫംഗ്ഷൻ പ്രവചനത്തിന് ഉയർന്ന ബാർ സജ്ജമാക്കുന്നു. ബിഎംസി
ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്, 14(സപ്ലി 3), എസ്7.

ഓപ്ഷനുകൾ

-i FASTA_FILE
ഇൻപുട്ട് ഫാസ്റ്റ ഫയൽ. ഏതെങ്കിലും പ്രത്യേക ഫോർമാറ്റിംഗുകൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുക (ഉദാ: വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സുകൾ)
ഇൻപുട്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് മുമ്പുള്ള ക്രമങ്ങളിൽ. ഉയർന്ന മെമ്മറി ഉപയോഗം കാരണം, നിങ്ങളുടേത് ഉറപ്പാക്കുക
ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ പരമാവധി 500 സീക്വൻസുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

-o RESULT_FILE_PREFIX
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളുടെ ഫയൽ നാമം പ്രിഫിക്സ്. GO നിബന്ധനകൾ ഓൺടോളജികളിൽ ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.
മെറ്റാറ്റ്‌സ്റ്റുഡന്റ് ഓരോ ഓന്റോളജിയെയും വ്യത്യസ്തമായി പരിഗണിക്കുകയും ഓരോന്നിനും ഒരു ഫല ഫയൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു.
ഉദാഹരണത്തിന്, എങ്കിൽ =./myresult, MFO (മോളിക്യുലാർ ഫംഗ്‌ഷൻ ഓന്റോളജി) കൂടാതെ BPO
(ബയോളജിക്കൽ പ്രോസസ് ഓന്റോളജി) ഓന്റോളജികൾ തിരഞ്ഞെടുത്തു (ഓപ്ഷൻ കാണുക --ഓന്റോളജികൾ), പിന്നെ
മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് രണ്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു: ./myresult.MFO.txt ഒപ്പം ./myresult.BPO.txt.

--ഡീബഗ്
അധിക ഡീബഗ്ഗിംഗ് സന്ദേശങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

--താപനില നിലനിർത്തുക
മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് പൂർത്തിയായതിന് ശേഷം ടെംപ് ഡയറക്‌ടറികൾ സൂക്ഷിക്കണമോ എന്ന് (അത് ആകാം
പിശകുകൾ സംഭവിക്കുമ്പോൾ അല്ലെങ്കിൽ ഇവയുമായി സംയോജിപ്പിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ് --blast-kickstart-databases).

--നിശബ്ദത
പുരോഗതി സന്ദേശങ്ങളൊന്നുമില്ല (stdout), പിശകുകൾ മാത്രം (stderr).

--ഔട്ട്പുട്ട്-ബ്ലാസ്റ്റ്
BLAST റണ്ണുകളുടെ ഫലം ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യണോ എന്ന്. സംയോജനത്തിൽ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
--blast-kickstart-databases. ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ നെയിം ഫോർമാറ്റ് ആണ്
RESULT_FILE_PREFIX. .സ്ഫോടനം.

--സ്ഫോടനം-മാത്രം
BLAST റണ്ണുകളുടെ ഫലം മാത്രമാണോ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യേണ്ടത്, മറ്റൊന്നുമല്ല. ഓപ്ഷനുകൾ കാണുക
--ഔട്ട്പുട്ട്-ബ്ലാസ്റ്റ് ഒപ്പം --blast-kickstart-databases.

--എല്ലാ-പ്രവചനങ്ങളും
വ്യക്തിഗത പ്രവചകരുടെ പ്രവചന ഫലങ്ങൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യണോ എന്ന്. ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് . . .ടെക്സ്റ്റ്.

--പേരില്ല
ഔട്ട്‌പുട്ട് പ്രവചനത്തിലെ ഒരു കോളമായി യഥാർത്ഥ GO ടേം പേരുകൾ ഒഴിവാക്കണമോ എന്ന്
ഫയലുകൾ).

--ചിത്രങ്ങളോടൊപ്പം
പ്രവചിച്ച GO നിബന്ധനകൾ ഒരു GO ഗ്രാഫായി പ്രദർശിപ്പിക്കുന്ന ഒരു ഇമേജ് ജനറേറ്റ് ചെയ്യണമോ എന്ന്.
ഈ ഓപ്‌ഷൻ കൃത്യമായി ഒരു ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസ് ഉപയോഗിച്ച് മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാനാകൂ, കണക്റ്റുചെയ്‌തിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം
ഇന്റർനെറ്റിലേക്ക്.

--ontologies=എംഎഫ്ഒ or ബിപിഒ or CCO or എംഎഫ്ഒ, ബിപിഒ or ...
പ്രവചനങ്ങൾ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിന് കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ഓന്റോളജികളുടെ ലിസ്റ്റ്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
MFO,BPO,CCO. എന്നിവയുമായി സംയോജിപ്പിച്ച് ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ --blast-kickstart-databases, നമ്പർ ഒപ്പം
ഓന്റോളജികളുടെ ക്രമം കിക്ക്സ്റ്റാർട്ട് ഫയലുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം.

--blast-kickstart-databases=
മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റുകളിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ സമയം എടുക്കുന്ന ഭാഗമാണ് BLAST എന്നതിനാൽ, ഇത്
മുമ്പത്തെ റണ്ണിന്റെ ഔട്ട്പുട്ട് വീണ്ടും ഉപയോഗിക്കാൻ ഓപ്ഷൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു. ഇത് പരീക്ഷിക്കാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഉദാഹരണത്തിന്, വ്യത്യസ്ത പാരാമീറ്ററുകൾ അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങൾക്ക് ഒരു പ്രവചനം നഷ്‌ടപ്പെടുമ്പോൾ. എന്നതിന്റെ എണ്ണം
കിക്ക്സ്റ്റാർട്ട് ഫയലുകൾ ഓന്റോളജികളുടെ എണ്ണവുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം (ഓപ്ഷൻ കാണുക --ഓന്റോളജികൾ).
ഫയൽ പാതകൾ കോമ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിക്കുക. ഉദാഹരണത്തിന്:
--blast-kickstart-databases= , (രണ്ടിനും കിക്ക്സ്റ്റാർട്ട്
ontologies) അല്ലെങ്കിൽ --blast-kickstart-databases=, (കിക്ക്സ്റ്റാർട്ട് ബിപിഒ മാത്രം;
കോമ ശ്രദ്ധിക്കുക).

--temp-dir=DIR
tmpDir ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുള്ളതിന് പകരം ഉപയോഗിക്കേണ്ട പാരന്റ് ടെംപ് ഡയറക്ടറി
മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ.

--config=FILE
ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിലേക്കുള്ള പാത; യുടെ എല്ലാ ക്രമീകരണങ്ങളും അസാധുവാക്കുന്നു
ഈ മാൻ പേജിന്റെ FILES വിഭാഗത്തിൽ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലുകൾ കണ്ടെത്തി.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മെറ്റാസ്റ്റുഡന്റ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക