Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന കമാൻഡ് സുമാക്ലസ്റ്റ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
sumaclust - ജനിതക ശ്രേണികളുടെ നക്ഷത്രസമൂഹം
സിനോപ്സിസ്
സുമാക്ലസ്റ്റ് [ഓപ്ഷനുകൾ]
വിവരണം
അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിംഗ് വികസിപ്പിക്കുന്നതിനൊപ്പം, കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കാര്യക്ഷമമായ ഉപകരണങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്
ന്യായമായ സമയങ്ങളിൽ ദശലക്ഷക്കണക്കിന് സീക്വൻസുകൾ. വികസിപ്പിച്ച ഒരു പ്രോഗ്രാമാണ് Sumaclust
LECA. വേഗത്തിലും കൃത്യമായും ഒരേ രീതിയിൽ ക്ലസ്റ്റർ സീക്വൻസുകളാണ് സുമാക്ലസ്റ്റ് ലക്ഷ്യമിടുന്നത്
സമയം. ഡിഎൻഎ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഡാറ്റയുടെ തരവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന തരത്തിലാണ് ഈ ഉപകരണം വികസിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നത്
മെറ്റാബാർകോഡിംഗ്, അതായത് പൂർണ്ണമായി ക്രമീകരിച്ച, ഹ്രസ്വ മാർക്കറുകൾ. സുമാക്ലസ്റ്റ് ക്ലസ്റ്ററുകൾ സീക്വൻസുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
UCLUST, CD-HIT എന്നിവയുടെ അതേ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് അൽഗോരിതം. ഈ അൽഗോരിതം പ്രധാനമായും ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ആംപ്ലിഫിക്കേഷനും സീക്വൻസിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോളുകളും സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ സൃഷ്ടിച്ച 'തെറ്റായ' സീക്വൻസുകൾ കണ്ടെത്തുക,
'ട്രൂ' സീക്വൻസുകളിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞത്.
ഓപ്ഷനുകൾ
-h [H]സഹായം - പ്രിന്റ് സഹായം
-l : റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം ഏറ്റവും ചെറുതാണ്.
-L റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം ഏറ്റവും വലുതാണ്.
-a റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം വിന്യാസ ദൈർഘ്യമാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി).
-n റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം (ഡിഫോൾട്ട്) ഉപയോഗിച്ച് സ്കോർ നോർമലൈസ് ചെയ്യുന്നു.
-r : റോ സ്കോർ, നോർമലൈസ് ചെയ്തിട്ടില്ല.
-d : സ്കോർ ദൂരത്തിൽ പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട്: സ്കോർ സമാനതയിൽ പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു).
-t ##.## : ക്ലസ്റ്ററിങ്ങിനുള്ള സ്കോർ പരിധി. സ്കോർ നോർമലൈസ് ചെയ്ത് പ്രകടിപ്പിക്കുകയാണെങ്കിൽ
സമാനത (സ്ഥിരസ്ഥിതി),
ഇത് ഒരു ഐഡന്റിറ്റിയാണ്, ഉദാ 0.95 95% ഐഡന്റിറ്റിക്ക്. സ്കോർ സാധാരണ നിലയിലാണെങ്കിൽ ഒപ്പം
ദൂരത്തിൽ പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു, അത് (1.0 - ഐഡന്റിറ്റി), ഉദാ 0.05 95% ഐഡന്റിറ്റിക്ക്.
സ്കോർ നോർമലൈസ് ചെയ്യുകയും സമാനതയിൽ പ്രകടിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തില്ലെങ്കിൽ, അത് ന്റെ ദൈർഘ്യമാണ്
ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ പൊതുവായ ഉപക്രമം. സ്കോർ നോർമലൈസ് ചെയ്ത് പ്രകടിപ്പിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ
ദൂരം, അത് (റഫറൻസ് ദൈർഘ്യം - LCS ദൈർഘ്യം). സാമ്യമുള്ള സീക്വൻസുകൾ മാത്രം
മുകളിലുള്ള ##.## ഒരു ക്ലസ്റ്ററിന്റെ കേന്ദ്ര ശ്രേണിയിൽ ആ ക്ലസ്റ്ററിലേക്ക് അസൈൻ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.97.
-e കൃത്യമായ ഓപ്ഷൻ: കേന്ദ്ര ശ്രേണിയിലുള്ള ക്ലസ്റ്ററിലേക്ക് ഒരു സീക്വൻസ് നൽകിയിരിക്കുന്നു
ഡിഫോൾട്ടിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി ഉയർന്ന സാമ്യത സ്കോർ > ത്രെഷോൾഡ് അവതരിപ്പിക്കുന്നു
ഒരു കേന്ദ്രത്തിനൊപ്പം കണ്ടെത്തിയ ആദ്യ ക്ലസ്റ്ററിലേക്ക് ഒരു സീക്വൻസ് അസൈൻ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന 'ഫാസ്റ്റ്' ഓപ്ഷൻ
ഒരു സ്കോർ> ത്രെഷോൾഡ് അവതരിപ്പിക്കുന്ന ക്രമം.
-R ## രണ്ട് സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പരമാവധി അനുപാതം, അങ്ങനെ കുറവുള്ള ഒരാൾക്ക് കഴിയും
കൂടുതൽ സമൃദ്ധമായ ഒന്നിന്റെ ഒരു വകഭേദമായി കണക്കാക്കാം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.0.
-p ## ഓപ്പൺഎംപി ഉപയോഗിച്ച് ## ത്രെഡുകളുള്ള മൾട്ടിത്രെഡിംഗ്.
-s ####
#### പ്രകാരം അടുക്കുന്നു. അടുക്കാത്തതിന് 'ഒന്നുമില്ല' അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ ഹെഡറിലെ ഒരു കീ ആയിരിക്കണം
ഓരോ ക്രമവും, കണക്കുകൂട്ടാൻ കഴിയുന്ന എണ്ണം ഒഴികെ (ഡിഫോൾട്ട്: സോർട്ടിംഗ് പ്രകാരം
എണ്ണുക).
-o സോർട്ടിംഗ് ആരോഹണ ക്രമത്തിലാണ് (ഡിഫോൾട്ട് : അവരോഹണം).
-g n-കൾക്ക് പകരം a-കൾ നൽകുന്നു (ഡിഫോൾട്ട്: n-കളുള്ള സീക്വൻസുകൾ നിരസിക്കപ്പെട്ടു).
-B BIOM ഫോർമാറ്റിലുള്ള OTU ടേബിളിന്റെ ### ഔട്ട്‌പുട്ട് സജീവമാക്കി, ### എന്ന ഫയലിലേക്ക് എഴുതിയിരിക്കുന്നു.
-O ### OTU മാപ്പിന്റെ ഔട്ട്‌പുട്ട് (നിരീക്ഷണ ഭൂപടം) സജീവമാക്കി, ### ഫയലിലേക്ക് എഴുതുന്നു.
-F ### ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്‌പുട്ടിന് പകരം ### എന്ന ഫയലിലേക്കാണ് എഴുതിയിരിക്കുന്നത്.
-f ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് നിർജ്ജീവമാക്കി.
വാദം: ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഡാറ്റാസെറ്റ് ക്ലസ്റ്ററിലേക്ക്
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സുമാക്ലസ്റ്റ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
