ഇതാണ് TransDecoder. ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന പ്രവചനം.
പട്ടിക:
NAME
ട്രാൻസ്‌ഡികോഡർ - ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം പ്രോട്ടീൻ പ്രവചനം
USAGE
ആവശ്യമാണ്:
-ടി ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ.ഫാസ്റ്റ
സാധാരണ ഓപ്ഷനുകൾ:
--retain_long_orfs മറ്റ് തെളിവുകളില്ലെങ്കിലും ഈ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്ക് തുല്യമോ നീളമോ ഉള്ളതായി കണ്ടെത്തിയ എല്ലാ ORF-കളും നിലനിർത്തുക
ഇത് കോഡിംഗ് ആയി അടയാളപ്പെടുത്തുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits തിരയാൻ /path/to/pfam_db.hmm
hmmscan ഉപയോഗിക്കുന്നു (അത് നിങ്ങളുടെ PATH ക്രമീകരണം വഴി ആക്‌സസ് ചെയ്യാവുന്നതാണ്)
--retain_blastp_hits
വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ
--ട്രെയിൻ പ്രോട്ടീൻ ഐഡന്റിഫിക്കേഷനായി മാർക്കോവ് മോഡിനെ പരിശീലിപ്പിക്കാൻ ORF-കളുള്ള ഫാസ്റ്റ ഫയൽ; അല്ലാത്തപക്ഷം
ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ അനാവശ്യ ORF-കൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
-ടി ഇല്ലെങ്കിൽ --ട്രെയിൻ, മാർക്കോവ് മോഡൽ (ഹെക്സാമർ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ) പരിശീലിപ്പിക്കാൻ ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ ORF-കൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 500)
2015-12-28 ട്രാൻസ്‌ഡെക്കോഡർ.പ്രവചനം(1)
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് TransDecoder.Predict ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
