blast2 - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Alat Carian Penjajaran Tempatan Asas

SINOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "permulaan berhenti"] [-J "permulaan berhenti"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nama fail] [-d N] [-e X] [-g F] -i nama fail
-j nama fail [-m] [-o nama fail] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

letupan2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "permulaan berhenti"]
[-J "permulaan berhenti"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nama fail]
[-j nama fail] [-k str] [-m N] [-n] [-o nama fail] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

letupan [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L mula, berhenti] [-M str] [-O nama fail] [-P N] [-Q N] [-R nama fail] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama fail]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nama fail] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L mula, berhenti] [-M str] [-O nama fail] [-P N] [-Q N] [-R nama fail] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama fail] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nama fail] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L mula, berhenti]
[-M str] [-O nama fail] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama fail] [-m N] [-n] [-o nama fail] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B nama fail] [-C nama fail] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nama fail] [-P N] [-Q nama fail] [-R nama fail] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nama fail] [-j N] [-k nama fail] [-l str] [-m N] [-o nama fail] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nama fail] [-P nama fail]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nama fail] [-j N] [-m N] [-o nama fail]
[-v N] [-y X] [-z N]

letupan mega [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L mula, berhenti] [-M N]
[-N N] [-O nama fail] [-P N] [-Q nama fail] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nama fail] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nama fail] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L mula, berhenti] [-N X] [-O nama fail] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nama fail [-e X] [-i nama fail] [-l nama fail] [-m N]
[-o nama fail] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

bahagian atas biji benih [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nama fail]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nama fail] [-k nama fail] [-o nama fail] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIPTION

Halaman manual ini mendokumentasikan secara ringkas arahan bl2seq, letupan, letupan, blastcl3,
blastpgp, impala, letupan mega, rpsblast, dan bahagian atas biji benih. Perintah ini didokumenkan
bersama-sama kerana mereka mempunyai banyak pilihan biasa.

bl2seq melakukan perbandingan antara dua jujukan menggunakan sama ada blastn atau blastp
algoritma. Kedua-dua jujukan mestilah sama ada nukleotida atau protein.

letupan2 membandingkan jujukan dengan sama ada pangkalan data tempatan atau jujukan kedua; ia
menggabungkan kebanyakan fungsi kedua-duanya bl2seq and letupan, tetapi menggunakan separuh
enjin dalaman baharu eksperimen.

letupan and blastall_old cari padanan terbaik dalam pangkalan data tempatan untuk urutan.
letupan menggunakan enjin yang lebih baru daripada blastall_old secara lalai, tetapi menyokong menggunakan yang lebih lama
enjin juga (apabila dipanggil dengan pilihan -V F).

blastcl3 mengakses enjin carian NCBI BLAST terbaru (versi 2.0). Perisian di belakang
BLAST versi 2.0 telah ditulis dari awal untuk membolehkan BLAST mengendalikan cabaran baharu
ditimbulkan oleh pangkalan data jujukan pada tahun-tahun akan datang. Kemas kini kepada perisian ini akan
diteruskan pada tahun-tahun akan datang.

blastpgp melakukan carian blastp bergap dan boleh digunakan untuk melakukan carian berulang dalam
mod psi-blast dan phi-blast.

impala mencari pangkalan data matriks skor, disediakan oleh copymat(1), menghasilkan seperti BLAST
output.

letupan mega menggunakan algoritma tamak Webb Miller et al. untuk jujukan nukleotida
pencarian penjajaran dan menggabungkan banyak pertanyaan untuk menjimatkan masa yang dihabiskan untuk mengimbas pangkalan data.
Program ini dioptimumkan untuk menjajarkan jujukan yang berbeza sedikit akibat daripada
penjujukan atau "kesilapan" lain yang serupa. Ia adalah sehingga 10 kali lebih cepat daripada yang biasa
atur atur cara persamaan dan oleh itu boleh digunakan untuk membandingkan dua set besar dengan pantas
urutan terhadap satu sama lain.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) mencari urutan pertanyaan terhadap pangkalan data profil.
Ini adalah bertentangan dengan PSI-BLAST yang mencari profil terhadap pangkalan data jujukan,
maka `Terbalik'. rpsblast menggunakan algoritma seperti BLAST, mencari perkataan tunggal atau ganda
hits dan kemudian melakukan sambungan yang tidak diguna pakai pada perlawanan calon ini. Sekiranya
penjajaran tidak tergap berskor tinggi yang mencukupi dihasilkan, sambungan bergap dilakukan
dan penjajaran (jurang) dengan nilai jangkaan yang cukup rendah dilaporkan. ini
prosedur adalah berbeza dengan IMPALA yang melakukan pengiraan Smith-Waterman antara
pertanyaan dan setiap profil, dan bukannya menggunakan pendekatan kata-kata untuk mengenal pasti padanan itu
hendaklah dipanjangkan.

bahagian atas biji benih menjawab dua soalan yang agak mudah:
1. Diberi urutan dan pangkalan data corak, corak mana yang berlaku dalam jujukan
dan di mana?
2. Diberi corak dan pangkalan data jujukan, jujukan yang mengandungi corak dan
di mana?

Beberapa arahan ini menyokong pelbagai jenis perbandingan, dikawal oleh -p
("program") bendera:

blastp membandingkan jujukan pertanyaan asid amino dengan pangkalan data jujukan protein.

blastn membandingkan jujukan pertanyaan nukleotida dengan pangkalan data jujukan nukleotida.

blastx membandingkan produk terjemahan konsep enam bingkai bagi pertanyaan nukleotida
jujukan (kedua-dua helai) terhadap pangkalan data jujukan protein. Untuk bl2seq, yang
nukleotida sepatutnya menjadi urutan pertama yang diberikan.

psitblastn membandingkan jujukan pertanyaan protein dengan pangkalan data jujukan nukleotida
diterjemahkan secara dinamik dalam kesemua enam bingkai bacaan (kedua-dua helai) menggunakan a
matriks khusus kedudukan yang dicipta oleh PSI-BLAST.

tblastn membandingkan jujukan pertanyaan protein dengan pangkalan data jujukan nukleotida
diterjemahkan secara dinamik dalam kesemua enam bingkai bacaan (kedua-dua helai). Untuk bl2seq,
nukleotida haruslah urutan kedua yang diberikan.

tblastx membandingkan terjemahan enam bingkai bagi urutan pertanyaan nukleotida terhadap
terjemahan enam bingkai pangkalan data jujukan nukleotida.

PILIHAN

Ringkasan pilihan disertakan di bawah.

- Cetak mesej penggunaan

-A (bl2seq)
Urutan input dalam bentuk kesertaan.versi

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Saiz tetingkap Pelbagai Hits; biasanya lalai kepada 0 (untuk sambungan tekan tunggal), tetapi
lalai kepada 40 apabila menggunakan templat tidak bersebelahan.

-B N (letupan2)
Menghasilkan output on-the-fly:
0 tiada (lalai)
1 jadual ofset dan nilai kualiti
2 menambah data jujukan
3 teks ASN.1
4 binari ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
Bilangan pertanyaan bercantum, dalam mod blastn atau tblastn

-B nama fail (blastpgp)
Fail Penjajaran Input untuk Mulakan Semula PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gunakan statistik berasaskan komposisi untuk blastp atau tblastn:
T, t, D atau d
Lalai (bersamaan dengan 1 Untuk letupan2 and blastall_old dan 2 Untuk letupan
and blastcl3)
0, F atau f
Tiada statistik berasaskan komposisi
1 Statistik berasaskan komposisi seperti dalam DELIMA 29:2994-3005, 2001
2 Pelarasan skor berasaskan komposisi seperti dalam Bioinformatik 21:902-911, 2005,
dikondisikan pada sifat jujukan
3 Pelarasan skor berasaskan komposisi seperti dalam Bioinformatik 21:902-911, 2005,
tanpa syarat
Apabila mendayakan statistik dalam blastall, blastall_old, atau blastcl3 (iaitu, bukan letupan2),
menambah u (tidak peka huruf besar-kecil) kepada mod membolehkan penggunaan nilai-p bersatu
menggabungkan penjajaran dan nilai p gubahan dalam pusingan 1 sahaja.

-C nama fail (blastpgp)
Fail Output untuk PSI-BLAST Checkpointing

-C N (atas benih)
Skor sahaja atau tidak (lalai = 1)

-D N (bl2seq)
Format output:
0 tradisional (lalai)
1 jadual

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Terjemah urutan dalam pangkalan data mengikut kod genetik N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (lalai ialah 1; hanya digunakan pada tblast*)

-D N (megablast)
Jenis keluaran:
0 titik akhir penjajaran dan markah
1 semua titik akhir segmen yang tidak ditangkap
2 output BLAST tradisional (lalai)
3 tab dengan format satu baris
4 teks tambahan ASN.1
5 perduaan tambahan ASN.1

-D N (atas benih)
Penurunan kos untuk diselaraskan (lalai = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Memanjangkan kos jurang N (-1 memanggil tingkah laku lalai)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Memanjangkan kos jurang N (-1 memanggil tingkah laku lalai: bukan afine jika tamak, 2
sebaliknya)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Memanjangkan kos jurang N (lalai ialah 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Pilihan penapis untuk DUST atau SEG; lalai kepada
T untuk bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 dan megablast, dan untuk F Untuk
blastpgp, impala, dan rpsblast.

-F (atas benih)
Turutan penapis dengan SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Membuka jurang kos N (-1 memanggil tingkah laku lalai)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Membuka jurang kos N (-1 memanggil tingkah laku lalai: bukan afine jika tamak, 5 jika
menggunakan pengaturcaraan dinamik)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Membuka jurang kos N (lalai ialah 11)

-H (letupan2)
Menghasilkan output HTML

-H N (blastpgp)
Tamat rantau yang diperlukan dalam pertanyaan (-1 menunjukkan tamat pertanyaan)

-H (impala)
Cetak bantuan (berbeza daripada mesej penggunaan)

-H N (megablast)
Bilangan maksimum HSP untuk disimpan bagi setiap urutan pangkalan data (lalai ialah 0, tidak terhad)

-I "permulaan berhenti" (bl2seq, blast2)
Lokasi pada urutan pertama (pertanyaan) (hanya digunakan jika fail dinyatakan dengan -i mengandungi
satu urutan)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Tunjukkan GI dalam deflines

-J "permulaan berhenti" (bl2seq, blast2)
Lokasi pada urutan kedua (subjek) (hanya digunakan jika fail dinyatakan dengan -j
mengandungi satu urutan)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Percaya defline pertanyaan

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Bilangan hits terbaik dari rantau untuk disimpan. Mati secara lalai. Jika digunakan nilai 100
adalah disyorkan. Nilai yang sangat tinggi -v or -b juga dicadangkan.

-K N (atas benih)
Pengganda saiz penimbal hit dalaman (panjang pertanyaan wrt; lalai = 2)

-L (letupan2)
Gunakan jadual carian (Mega BLAST klasik) dengan lebar 12

-L mula, berhenti (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Lokasi pada urutan pertanyaan (untuk rpsblast, hanya sah dalam mod blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Gunakan matriks str (lalai = BLOSUM62)

-M N (megablast)
Jumlah panjang maksimum pertanyaan untuk satu carian (lalai = 5000000)

-N (letupan2)
Tunjukkan hanya aksesi untuk ID jujukan dalam output jadual

-N X (blastpgp, rpsblast)
Bilangan bit untuk mencetuskan gapping (lalai = 22.0)

-N N (megablast)
Jenis templat perkataan tidak bersebelahan:
0 pengekodan (lalai)
1 optimum
2 dua serentak

-O nama fail (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, atas biji) Tulis (ASN.1) penjajaran jujukan
kepada nama fail; hanya sah untuk blastpgp, impala, rpsblast dan seedtop dengan -J, dan
hanya sah untuk megablast dengan -D2.

-P X (letupan2)
Potongan peratusan identiti

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Tetapkan kepada 1 untuk mod satu pukulan atau 0 untuk mod berbilang pukulan (lalai). tidak terpakai
untuk blastn.

-P nama fail (impala)
Baca profil matriks daripada pangkalan data nama fail

-P N (megablast)
Bilangan maksimum kedudukan untuk nilai cincang (ditetapkan kepada 0 [lalai] untuk diabaikan)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Terjemah pertanyaan mengikut kod genetik N dalam /usr/share/ncbi/data/gc.prt (default
adalah 1)

-Q nama fail (blastpgp)
Fail Output untuk Matriks PSI-BLAST dalam ASCII

-Q nama fail (megablast)
Output pertanyaan bertopeng; memerlukan -D 2

-R (letupan2)
Kira penjajaran Smith-Waterman optimum setempat. (Pilihan ini hanya tersedia
untuk tblastn celah.)

-R nama fail (blastall, blastall_old)
Baca fail pusat pemeriksaan PSI-TBLASTN nama fail

-R (blastcl3)
Carian RPS Blast

-R nama fail (blastpgp)
Fail Input untuk Mulakan Semula PSI-BLAST

-R (megablast)
Laporkan maklumat log pada akhir output

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Helaian pertanyaan untuk mencari terhadap pangkalan data untuk blastn, blastx, tblastx:
1 teratas
2 bahagian bawah
3 kedua-duanya (lalai)

-S N (blastpgp)
Permulaan wilayah yang diperlukan dalam pertanyaan (lalai = 1)

-S N (atas benih)
Kos pemotongan (lalai = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Menghasilkan output HTML

-T N (letupan2)
Jenis templat perkataan tidak bersebelahan:
0 pengekodan (lalai)
1 optimum
2 dua serentak

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Gunakan penapisan huruf kecil untuk urutan pertanyaan

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Paksa menggunakan enjin lama

-V (letupan2)
Gunakan pendekatan saiz perkataan berubah-ubah untuk pengimbasan pangkalan data

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Gunakan perkataan bersaiz N (panjang padanan sempurna terbaik;
sifar memanggil tingkah laku lalai, kecuali dengan megablast, yang lalai kepada 28, dan
blastpgp, yang lalai kepada 3. Nilai lalai untuk arahan lain berbeza dengan
"program": 11 untuk blastn, 28 untuk megablast, dan 3 untuk semua yang lain.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Nilai dropoff X untuk penjajaran celah (dalam
bit) (sifar memanggil tingkah laku lalai, kecuali dengan megablast, yang lalai kepada 20,
dan rpsblast dan seedtop, yang lalai kepada 15. Nilai lalai untuk yang lain
arahan berbeza dengan "program": 30 untuk blastn, 20 untuk megablast, 0 untuk tblastx, dan
15 untuk semua yang lain.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Panjang berkesan ruang carian (gunakan sifar untuk
saiz sebenar)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X nilai dropoff untuk akhir [pengaturcaraan dinamik?] bergap
penjajaran dalam bit (lalai ialah 100 untuk blastn dan megablast, 0 untuk tblastx, 25 untuk
yang lain)

-a nama fail (bl2seq)
Tulis teks output ASN.1 ke nama fail

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilangan benang untuk digunakan (lalai ialah satu)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilangan jujukan pangkalan data untuk menunjukkan penjajaran
(B) (lalai ialah 250)

-c (letupan2)
Topeng huruf kecil

-c N (impala)
Malar dalam pseudocounts untuk versi multipass; 0 (lalai) menggunakan kaedah entropi;
jika tidak, nilai hampir 30 disyorkan

-c N (impala)
Malar dalam pseudocounts untuk versi berbilang laluan (lalai ialah 10)

-d N (bl2seq)
Gunakan saiz DB teoritikal bagi N (sifar bermaksud saiz sebenar)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Pangkalan data untuk digunakan (lalai ialah nr untuk semua boleh laku
kecuali blast2, yang memerlukan urutan FASTA kedua jika ini tidak ditetapkan)

-d nama fail (rpsblast)
Pangkalan Data RPS BLAST

-e X Nilai jangkaan (E) (lalai = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Ambang untuk melanjutkan pukulan, lalai jika sifar: 0 untuk blastn dan megablast, 11 untuk
blastp, 12 untuk blastx, dan 13 untuk tblasn dan tblastx.

-f N (blastpgp)
Ambang untuk melanjutkan hits (lalai 11)

-f (megablast)
Tunjukkan ID penuh dalam output (lalai: hanya GI atau aksesi)

-f (atas benih)
Paksa mencari corak walaupun ia terlalu mungkin

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Jangan lakukan penjajaran bergap (N/A untuk tblastx)

-g (letupan2)
Gunakan algoritma tamak untuk sambungan celah

-g F (megablast)
Jadikan megablast terputus menjana perkataan untuk setiap pangkalan pangkalan data
(wajib dengan enjin BLAST semasa)

-h N (letupan2)
Penalti anjakan bingkai untuk jurang luar bingkai (blastx, tblastn sahaja; lalai ialah
sifar)

-h X (blastpgp, impala)
ambang e-nilai untuk dimasukkan dalam model berbilang laluan (lalai = 0.002 untuk blastpgp,
0.005 untuk impala)

-i nama fail
Baca (pertama, pertanyaan) urutan atau tetapkan daripada nama fail (lalai ialah stdin; tidak diperlukan untuk
blastpgp jika dimulakan semula dari scoremat)

-j nama fail (bl2seq, blast2)
Baca urutan kedua (subjek) atau tetapkan daripada nama fail

-j N (blastpgp)
Bilangan maksimum pas untuk digunakan dalam versi berbilang pas (lalai = 1)

-k str (letupan2)
Corak untuk PHI-BLAST

-k nama fail (blastpgp, seedtop)
Masukkan fail hit untuk PHI-BLAST (lalai = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Hadkan carian pangkalan data kepada senarai [String] GI

-l nama fail (rpsblast)
Log mesej ke nama fail bukannya ralat piawai.

-m (bl2seq)
Gunakan Mega Blast untuk carian

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) pilihan paparan penjajaran:
0 berpasangan (lalai)
1 berlabuh pertanyaan menunjukkan identiti
2 berlabuh pertanyaan, tiada identiti
3 berlabuh pertanyaan rata, menunjukkan identiti
4 pertanyaan rata berlabuh, tiada identiti
5 berlabuh pertanyaan, tiada identiti dan hujung yang tumpul
6 berlabuh pertanyaan rata, tiada identiti dan hujung yang tumpul
7 Keluaran XML Blast (tidak tersedia untuk impala)
8 jadual (tidak tersedia untuk impala)
9 jadual dengan baris ulasan (tidak tersedia untuk impala)
10 teks ASN.1 (tidak tersedia untuk impala atau rpsblast)
11 ASN.1 binari (tidak tersedia untuk impala atau rpsblast)

-n (letupan2)
Tunjukkan GI dalam ID jujukan

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Carian MegaBlast

-n (megablast)
Gunakan sambungan tidak tamak (pengaturcaraan dinamik) untuk skor jurang afin

-o nama fail
Tulis laporan penjajaran akhir kepada nama fail bukannya stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gunakan "program" (jenis perbandingan) str. Yang DESCRIPTION bahagian merangkumi perkara ini
pilihan dengan lebih terperinci.

-p str (blastpgp)
pilihan program untuk PHI-BLAST (lalai = blastpgp)

-p X (megablast)
Potongan peratusan identiti (lalai = 0)

-p F (rpsblast)
Urutan pertanyaan ialah nukleotida, bukan protein

-p str (atas benih)
nama program:
patmatchp menunjukkan corak mana yang berlaku dalam urutan
patternp menunjukkan urutan yang mengandungi corak

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, atas biji) Penalti untuk ketidakpadanan nukleotida (blastn sahaja) (lalai = -10
untuk seedtop, -3 untuk semua yang lain)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Input Scoremat data pusat pemeriksaan:
0 tiada input penjaring (lalai)
1 mulakan semula daripada fail pusat pemeriksaan scoremat ASCII
2 mulakan semula daripada fail pusat pemeriksaan scoremat binari

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, atas biji) Ganjaran untuk perlawanan nukleotida (blastn sahaja) (lalai = 10 untuk
seedtop, -10 untuk semua yang lain)

-s (letupan2)
No-op (dahulunya diminta menjana perkataan untuk setiap pangkalan pangkalan data)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Kira penjajaran Smith-Waterman optimum setempat. Untuk blastall, blastall_old, dan
blastcl3, ini hanya tersedia dalam mod tblastn bergap.

-s N (megablast)
Skor hit minimum untuk dilaporkan (0 untuk tingkah laku lalai)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Panjang templat perkataan tidak bersebelahan (intron terbesar yang dibenarkan dalam terjemahan
jujukan nukleotida apabila memautkan berbilang tugasan yang berbeza; lalai = 0;
nilai negatif melumpuhkan pemautan untuk blastall, blastall_old dan blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Pelarasan skor berasaskan komposisi. Watak pertama ditafsirkan seperti berikut:
0, F atau f
tiada statistik berasaskan komposisi
1 statistik berasaskan komposisi seperti dalam DELIMA 29:2994-3005, 2001
2, T atau t
pelarasan skor berasaskan komposisi seperti dalam Bioinformatik 21:902-911, 2005,
dikondisikan pada sifat jujukan dalam pusingan 1 (lalai)
3 pelarasan skor berasaskan komposisi seperti dalam Bioinformatik 21:902-911, 2005,
tanpa syarat dalam pusingan 1

Apabila statistik berasaskan komposisi sedang digunakan, tambahkan u (tidak sensitif huruf besar-besaran) kepada
hujah meminta nilai p bersatu yang menggabungkan nilai p penjajaran dan p- gubahan
nilai dalam pusingan 1 sahaja.

-t N (megablast)
Panjang templat perkataan tak bersebelahan (kata bersebelahan jika 0 [lalai])

-u (letupan2)
Lakukan hanya penjajaran yang tidak tersusun (sentiasa BENAR untuk tblastx)

-u str (blastcl3)
Hadkan carian pangkalan data kepada hasil carian Entrez2

-u N (blastpgp)
ASN.1 Output Scoremat data pusat pemeriksaan:
0 tiada output scoremat (lalai)
1 output fail titik pemeriksaan scoremat ASCII (memerlukan -J)
2 output fail pusat pemeriksaan penjaring perduaan (memerlukan -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Bilangan perihalan satu baris untuk ditunjukkan (V) (lalai =
500)

-w N (letupan2)
Saiz tetingkap (jarak maksimum yang dibenarkan antara sepasang hits awal; 0 panggilan
tingkah laku lalai, -1 mematikan berbilang hits)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Penalti anjakan bingkai (algoritma OOF untuk blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff untuk sambungan yang tidak digunakan dalam bit (0.0 memanggil lalai
tingkah laku: 20 untuk blastn, 10 untuk megablast, dan 7 untuk semua yang lain.)

-y N (megablast)
Nilai keciciran X untuk sambungan yang tidak digunakan (lalai ialah 10)

-z N (letupan2)
Panjang intron terpanjang untuk jurang tidak sekata pemautan HSP (tblastn sahaja; lalai ialah 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Panjang berkesan pangkalan data (gunakan sifar untuk saiz sebenar)

Gunakan blast2 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net