bp_revtrans-motifp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bp_revtrans-motif - Terjemah songsang motif protein seperti Profam

VERSION

Versi 0.01

SINOPSIS

Daripada fail:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

Menggunakan paip:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

Menggunakan secara interaktif pada prompt arahan:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

DESCRIPTION

Skrip ini mengambil motif protein sebagai input dan mengembalikan oligonukleotida yang merosot
urutan yang sepadan dengannya. Sebab utama untuk melakukan ini adalah untuk mereka bentuk merosot
primer yang menguatkan corak jujukan tertentu.

Motif input terdiri daripada rentetan sisa satu huruf, dengan mana-mana yang berikut
unsur sintaksis:

[...] : Kedudukan berlebihan.
Kedudukan di mana lebih daripada satu residu dibenarkan. Contoh:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : Kedudukan ditolak.
Kedudukan di mana apa-apa sisa dibenarkan, disimpan untuk mereka di antara kurungan. Contoh:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : Motif berulang.
Motif yang berulang n or m kali. Ia boleh mempunyai mana-mana sintaksis sebelumnya
elemen. Contoh:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^

Huruf yang dibenarkan adalah yang sepadan dengan 20 asid amino semulajadi, ditambah:

B = N + D
Z = Q + E
X = Semua

PILIHAN

-i fail input:
Fail dengan senarai motif untuk menterjemah terbalik.

-h
Paparkan mesej bantuan ini.

Gunakan bp_revtrans-motifp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net