Ini ialah arahan ClonalFrame yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
ClonalFrame - inferens mikroevolusi bakteria menggunakan data jujukan multilocus
SINOPSIS
ClonalFrame [OPTIONS] fail input fail output
DESCRIPTION
ClonalFrame mengenal pasti hubungan klon antara ahli sampel, manakala
juga menganggar kedudukan kromosom peristiwa penggabungan semula homolog yang mempunyai
mengganggu pewarisan klon.
Pilihan:
-x NUM Menetapkan bilangan lelaran selepas burn-in (lalai ialah 50000)
-y NUM Menetapkan bilangan lelaran burn-in (lalai ialah 50000)
-z NUM Menetapkan bilangan lelaran antara sampel (lalai ialah 100)
-e NUM Menetapkan bilangan pergerakan bertukar cawangan setiap lelaran (lalai ialah separuh daripada
masa dihabiskan untuk bertukar-tukar cawangan)
-m NUM Menetapkan nilai awal theta kepada NUM (lalai ialah anggaran Watterson)
-d NUM Menetapkan nilai awal delta kepada NUM (lalai ialah 0.001)
-n NUM Menetapkan nilai awal nu kepada NUM (lalai ialah 0.01)
-r NUM Menetapkan nilai awal R kepada NUM (lalai ialah theta awal/10)
-M Kemas kini nilai theta
-D Jangan kemas kini nilai delta
-N Jangan kemas kini nilai nu
-R Jangan kemas kini nilai R
-T Jangan kemas kini topologi
-A Jangan kemas kini umur nod
-G Keluarkan semua jurang
-H Keluarkan semua jurang pada kedudukan bukan polimorfik
-t NUM Tunjukkan pepohon awal yang hendak digunakan: 0 untuk pepohon null, 1 untuk pepohon yang dipilih secara seragam
pokok gabungan dan 2 untuk pokok UPGMA (lalai)
-w FAIL
Gunakan fail Newick untuk pepohon awal
-a NUM Menetapkan parameter pertama taburan beta sebelum nu
-b NUM Menetapkan parameter kedua taburan beta sebelum nu
-U Gunakan prior seragam untuk rho, theta dan delta
-B Jalankan dalam mod BURST
-C Jalankan dalam mod UPGMA dengan prosedur bootstrap tapak demi tapak
-c Jalankan dalam mod UPGMA dengan prosedur bootstrap serpihan demi serpihan
-S NUM Menetapkan benih untuk penjana nombor rawak kepada NUM
-E NUM Menetapkan kadar pertumbuhan eksponen (lalai ialah 0)
-I Abaikan blok pertama dalam penjajaran
-L Bersihkan penjajaran sebelum menjalankan ClonalFrame
-l Jarak minimum antara dua tapak rujukan (lalai ialah 50)
-v Mod kata kerja
Gunakan ClonalFrame dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
