dcm2xml - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

dcm2xml - Tukar fail DICOM dan set data kepada XML

SINOPSIS

dcm2xml [pilihan] dcmfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

. dcm2xml utiliti menukar kandungan fail DICOM (format fail atau set data mentah) kepada
XML (Bahasa Penanda Boleh Diperluas). Terdapat dua format output. Yang pertama adalah khusus
kepada DCMTK dengan DTD (Definisi Jenis Dokumen) yang diterangkan dalam fail dcm2xml.dtd. Yang
yang kedua merujuk kepada 'Model DICOM Asli' yang ditetapkan untuk Aplikasi DICOM
Perkhidmatan pengehosan terdapat dalam DICOM bahagian 19.

If dcm2xml membaca set data mentah (data DICOM tanpa pengepala meta format fail) ia akan
cuba meneka sintaks pemindahan dengan memeriksa beberapa bait pertama fail. Ia adalah
tidak selalu mungkin untuk meneka sintaks pemindahan dengan betul dan lebih baik untuk menukar a
set data kepada format fail apabila boleh (menggunakan dcmconv utiliti). Ia juga
mungkin untuk menggunakan -f and -t[ieb] pilihan untuk memaksa dcm2xml untuk membaca set data dengan a
sintaks pemindahan tertentu.

PARAMETER

nama fail input DICOM dcmfile-in untuk ditukar

xmlfile-out nama fail keluaran XML (lalai: stdout)

PILIHAN

umum pilihan
-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar

--versi
maklumat versi cetakan dan keluar

--hujah
cetak argumen baris perintah yang dikembangkan

-q --senyap
mod senyap, tiada cetak amaran dan ralat

-v --verbose
mod verbose, butiran pemprosesan cetakan

-d --debug
mod nyahpepijat, cetak maklumat nyahpepijat

-ll --log-level [l]evel: pemalar rentetan
(maut, ralat, amaran, maklumat, nyahpepijat, jejak)
gunakan tahap l untuk pembalak

-lc --log-config [f]ilename: string
gunakan fail konfigurasi f untuk pembalak

input pilihan
format fail input:

+f --read-file
baca format fail atau set data (lalai)

+fo --baca-fail-sahaja
baca format fail sahaja

-f --baca-set data
baca set data tanpa maklumat meta fail

sintaks pemindahan input:

-t= --read-xfer-auto
gunakan pengecaman TS (lalai)

-td --read-xfer-detect
abaikan TS yang dinyatakan dalam pengepala meta fail

-te --baca-xfer-sedikit
baca dengan TS endian kecil VR eksplisit

-tb --baca-xfer-besar
baca dengan eksplisit VR big endian TS

-ti --baca-xfer-tersirat
baca dengan TS endian kecil VR tersirat

nilai tag panjang:

+M --muat-semua
muatkan nilai teg yang sangat panjang (cth. data piksel)

-M --muat-pendek
jangan muatkan nilai yang sangat panjang (lalai)

+R --max-read-length [k]bait: integer (4..4194302, lalai: 4)
tetapkan ambang untuk nilai panjang kepada k kbait

pemprosesan pilihan
set watak tertentu:

+Cr --charset-require
memerlukan pengisytiharan charset lanjutan (lalai)

+Ca --charset-assume [c]harset: string
anggap charset c jika tiada charset lanjutan diisytiharkan

+Cc --charset-check-semua
semak semua elemen data dengan nilai rentetan
(lalai: hanya PN, LO, LT, SH, ST dan UT)

# pilihan ini hanya digunakan untuk pemetaan kepada yang sesuai
# Pengekodan aksara XML, tetapi bukan untuk penukaran kepada UTF-8

+U8 --tukar-ke-utf8
menukar semua nilai elemen yang terjejas
oleh Set Aksara Khusus (0008,0005) kepada UTF-8

# memerlukan sokongan daripada libiconv toolkit

output pilihan
format XML umum:

-dtk --dcmtk-format
output dalam format khusus DCMTK (lalai)

-nat --format asli
output dalam format Model DICOM Asli (bahagian 19)

+Xn --use-xml-namespace
tambahkan pengisytiharan ruang nama XML pada elemen akar

Format khusus DCMTK (bukan dengan --native-format):

+Xd --tambah-dtd-rujukan
tambah rujukan kepada definisi jenis dokumen (DTD)

+Xe --embed-dtd-content
benamkan definisi jenis dokumen ke dalam dokumen XML

+Xf --use-dtd-file [f]ilename: string
gunakan fail DTD yang ditentukan (hanya dengan +Xe)
(lalai: /usr/local/share/dcmtk/dcm2xml.dtd)

+Wn --tulis-nama-elemen
tulis nama elemen data DICOM (lalai)

-Wn --tiada-unsur-nama
jangan tulis nama elemen data DICOM

+Wb --write-binary-data
tulis data binari unsur OB dan OW
(lalai: mati, berhati-hati dengan --muat-semua)

pengekodan data binari:

+Eh --encode-hex
mengekod data binari sebagai nombor hex
(lalai untuk format khusus DCMTK)

+Eu --encode-uuid
mengekod data binari sebagai rujukan UUID
(lalai untuk Model DICOM Asli)

+Eb --encode-base64
mengekod data binari sebagai Base64 (RFC 2045, MIME)

DCMTK format

Struktur asas output XML khusus DCMTK yang dicipta daripada fail DICOM kelihatan seperti
yang berikut:



<fail-format xmlns="http://dicom.offis.de/dcmtk">

<element tag="0002,0000" vr="UL" vm="1" len="4"
name="MetaElementGroupLength">
166

...
<element tag="0002,0013" vr="SH" vm="1" len="16"
name="ImplementationVersionName">
OFFIS_DCMTK_353



<element tag="0008,0005" vr="CS" vm="1" len="10"
name="SpecificCharacterSet">
ISO_IR 100

...


<element tag="0028,3002" vr="xs" vm="3" len="6"
name="LUTDescriptor">
256 \ 0 \ 8

...

...

...
<element tag="7fe0,0010" vr="OW" vm="1" len="262144"
name="PixelData" dimuatkan="no" binary="hidden">




Teg 'format-fail' dan 'meta-header' tiada untuk set data DICOM.

XML Pengekodan
Atribut dengan medan nilai yang sangat besar (cth. data piksel) tidak dimuatkan secara lalai. mereka
boleh dikenal pasti dengan atribut tambahan 'dimuatkan' dengan nilai 'tidak' (lihat contoh
atas). Pilihan baris arahan --muat-semua memaksa untuk memuatkan semua medan nilai termasuk
yang sangat panjang.

Tambahan pula, maklumat binari atribut OB dan OW tidak ditulis pada output XML
fail secara lalai. Unsur-unsur ini boleh dikenal pasti dengan atribut tambahan 'binary'
dengan nilai 'tersembunyi' (lalai ialah 'tidak'). Pilihan baris arahan --tulis-data-binari
menyebabkan medan nilai binari juga dicetak (nilai atribut ialah 'ya' atau 'base64'). Tetapi,
berhati-hati apabila menggunakan pilihan ini bersama-sama dengan --muat-semua kerana jumlah yang banyak
data piksel yang mungkin dicetak ke output. Sila ambil perhatian bahawa dalam elemen konteks ini
nilai dengan VR OD atau OF tidak dianggap sebagai 'maklumat binari'.

Berbilang nilai (iaitu di mana kepelbagaian nilai DICOM lebih besar daripada 1) diasingkan
dengan garis miring ke belakang '\' (kecuali untuk data berkod Base64). Atribut 'len' menunjukkan
bilangan bait untuk medan nilai tertentu seperti yang disimpan dalam set data DICOM, iaitu ia
mungkin menyimpang daripada panjang nilai yang dikodkan XML cth. kerana padding yang tidak ketara
yang telah dikeluarkan. Jika atribut ini tiada dalam teg permulaan 'jujukan' atau 'item',
elemen DICOM yang sepadan telah disimpan dengan panjang yang tidak ditentukan.

Asli DICOM model format

Perihalan format Model DICOM Asli boleh didapati dalam standard DICOM, bahagian
19 ('Penghosan Aplikasi').

Pukal Tarikh
Data binari, iaitu nilai elemen DICOM dengan Perwakilan Nilai (VR) OB atau OW, sebagai
serta nilai OD, OF dan UN secara lalai tidak ditulis pada output XML kerana nilainya
saiz. Sebaliknya, untuk setiap elemen, Pengecam Unik Sejagat (UUID) baharu sedang dibuat
dijana dan ditulis sebagai atribut elemen XML . Setakat ini, tidak ada
kemungkinan untuk menulis fail tambahan untuk menyimpan data binari bagi setiap binari
ketulan data. Ini tidak diperlukan oleh standard, bagaimanapun, ia mungkin berguna untuk
melaksanakan antara muka Pengehosan Aplikasi; oleh itu ciri ini mungkin tersedia dalam
versi masa hadapan dcm2xml.

Selain itu, Tambahan 163 (Simpan Melalui Web melalui Pemindahan Negeri Perwakilan
Services) memperkenalkan elemen XML baharu yang membenarkan pengekodan data binari
sebagai Base64. Pada masa ini, pilihan baris arahan --encode-base64 membolehkan pengekodan ini untuk
VR berikut: OB, OD, OF, OW dan UN.

Diketahui Isu
Sebagai tambahan kepada apa yang ditulis dalam bahagian di atas tentang 'Data Pukal', terdapat lagi
isu yang diketahui dengan pelaksanaan semasa format Model DICOM Asli. Untuk
contoh, nilai elemen besar dengan VR selain OB, OD, OF, OW atau UN pada masa ini
tidak pernah ditulis sebagai data pukal, walaupun ia mungkin berguna, mis. untuk elemen teks yang sangat panjang
(terutamanya UT) atau medan angka yang sangat panjang (daripada pelbagai VR).

NOTA

Watak Pengekodan
Pengekodan XML ditentukan secara automatik daripada atribut DICOM (0008,0005)
'Set Aksara Khusus' menggunakan pemetaan berikut:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Cyrillic "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Bahasa Arab "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Greek "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Ibrani "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

Jika atribut DICOM ini tiada dalam fail input, walaupun diperlukan, pilihan --charset-
anggap boleh digunakan untuk menentukan set aksara yang sesuai secara manual (menggunakan salah satu daripada
istilah yang ditakrifkan DICOM).

Set berbilang aksara menggunakan teknik sambungan kod tidak disokong. Jika diperlukan,
pilihan --tukar-ke-utf8 boleh digunakan untuk menukar fail DICOM atau set data kepada UTF-8
pengekodan sebelum penukaran kepada format XML. Ini juga berguna untuk fail DICOMDIR
di mana setiap rekod direktori boleh mempunyai set aksara yang berbeza.

MASUK

Tahap output pengelogan pelbagai alatan baris arahan dan perpustakaan asas boleh
ditentukan oleh pengguna. Secara lalai, hanya ralat dan amaran ditulis kepada standard
aliran ralat. Menggunakan pilihan --verbose juga mesej maklumat seperti butiran pemprosesan
dilaporkan. Pilihan --nyahpepijat boleh digunakan untuk mendapatkan butiran lanjut tentang aktiviti dalaman,
cth untuk tujuan penyahpepijatan. Tahap pembalakan lain boleh dipilih menggunakan pilihan --log-
tahap. dalam --senyap mod hanya ralat maut dilaporkan. Dalam kejadian ralat yang sangat teruk,
permohonan biasanya akan ditamatkan. Untuk butiran lanjut tentang tahap pembalakan yang berbeza,
lihat dokumentasi modul 'oflog'.

Sekiranya output pembalakan harus ditulis ke fail (sebagai pilihan dengan putaran fail log),
kepada syslog (Unix) atau pilihan log peristiwa (Windows). --log-config boleh digunakan. ini
fail konfigurasi juga membenarkan untuk mengarahkan hanya mesej tertentu ke output tertentu
strim dan untuk menapis mesej tertentu berdasarkan modul atau aplikasi di mana ia
dijana. Contoh fail konfigurasi disediakan dalam /logger.cfg.

COMMAND LINE

Semua alatan baris arahan menggunakan tatatanda berikut untuk parameter: kurungan segi empat sama sertakan
nilai pilihan (0-1), tiga titik mengekor menunjukkan bahawa berbilang nilai dibenarkan
(1-n), gabungan kedua-duanya bermakna 0 hingga n nilai.

Pilihan baris arahan dibezakan daripada parameter dengan tanda '+' atau '-' terkemuka,
masing-masing. Biasanya, susunan dan kedudukan pilihan baris arahan adalah sewenang-wenangnya (iaitu mereka
boleh muncul di mana-mana). Walau bagaimanapun, jika pilihan adalah saling eksklusif penampilan paling kanan
digunakan. Tingkah laku ini mematuhi peraturan penilaian standard cengkerang Unix biasa.

Selain itu, satu atau lebih fail arahan boleh ditentukan menggunakan tanda '@' sebagai awalan kepada
nama fail (cth @command.txt). Hujah arahan sedemikian digantikan dengan kandungan
fail teks yang sepadan (berbilang ruang putih dianggap sebagai pemisah tunggal melainkan
ia muncul di antara dua tanda petikan) sebelum sebarang penilaian selanjutnya. Sila ambil perhatian bahawa
fail arahan tidak boleh mengandungi fail arahan lain. Pendekatan yang mudah tetapi berkesan ini
membolehkan seseorang meringkaskan gabungan biasa pilihan/parameter dan mengelakkan longish dan
baris arahan yang mengelirukan (contoh disediakan dalam fail /dumppat.txt).

PERSEKITARAN

. dcm2xml utiliti akan cuba memuatkan kamus data DICOM yang dinyatakan dalam
DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Secara lalai, iaitu jika DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
tidak ditetapkan, fail /dicom.dic akan dimuatkan melainkan kamus dibina
ke dalam aplikasi (lalai untuk Windows).

Tingkah laku lalai harus diutamakan dan DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran sahaja
digunakan apabila kamus data alternatif diperlukan. The DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran
mempunyai format yang sama seperti cangkerang Unix PATH pembolehubah dalam itu titik bertindih (':') memisahkan
entri. Pada sistem Windows, koma bertitik (';') digunakan sebagai pemisah. Kamus data
kod akan cuba memuatkan setiap fail yang dinyatakan dalam DCMDICTPATH pembolehubah persekitaran. Ia
adalah ralat jika tiada kamus data boleh dimuatkan.

Gunakan dcm2xml dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net