Ini ialah perintah digeste yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
pencernaan - Laporan mengenai enzim proteolitik protein atau tapak belahan reagen
SINOPSIS
digest -seqall seqall -mwdata fail data -menu senarai -mono boolean -tidak disenangi boolean
-bercapuk boolean -termini senarai -bertindih boolean -semua separa boolean
-fail luar melaporkan
digest -membantu
DESCRIPTION
digest ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Protein:Motif".
PILIHAN
Input seksyen
-seqall seqall
-mwdata fail data
Data berat molekul untuk asid amino Nilai lalai: Emolwt.dat
diperlukan seksyen
-menu senarai
Nilai lalai: 1
-mono boolean
Nilai lalai: N
Maju seksyen
-tidak disenangi boolean
Trypsin biasanya tidak akan dipotong selepas 'KR' jika ia diikuti oleh mana-mana 'KRIFLP'.
Lys-C biasanya tidak akan memotong selepas 'K' jika ia diikuti dengan 'P'. Arg-C tidak akan
biasanya dipotong selepas 'R' jika diikuti dengan 'P'. V8-bicarb biasanya tidak akan dipotong selepas itu
'E' jika ia diikuti oleh mana-mana 'KREP'. V8-phosph biasanya tidak akan dipotong selepas 'DE' jika
mereka diikuti oleh 'P'. Chymotrypsin biasanya tidak akan dipotong selepas 'FYWLM' jika ia
diikuti dengan 'P'. Menentukan tidak digemari menunjukkan pemotongan tidak digemari ini serta
yang digemari.
-bercapuk boolean
Membolehkan penghadaman separa spesifik dan tidak spesifik. Pilihan ini amat berguna
untuk menjana senarai jujukan peptida untuk pengenalan protein menggunakan
spektrometri jisim.
-termini senarai
Nilai lalai: 1
Output seksyen
-bertindih boolean
Digunakan untuk penghadaman separa. Menunjukkan semua potongan dari tapak potong yang disukai ditambah 1..3, 2..4,
3..5 dll tetapi tidak (cth) 2..5. Oleh itu, pertindihan adalah serpihan dengan tepat satu
tapak pemotongan berpotensi di dalamnya.
-semua separa boolean
Bagi pertindihan tetapi serpihan yang mengandungi lebih daripada satu tapak pemotongan berpotensi disertakan.
-fail luar melaporkan
Gunakan digeste dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
