Ini ialah dsimulator arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
dsimulator - menjana bacaan sintetik untuk genom rawak
SINOPSIS
dsimulator genlen:berganda [-cdua kali ganda(20.)] [-bdua kali ganda(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edua kali ganda(.15)][-Mfail]
DESCRIPTION
dsimulator mula-mula menghasilkan genom palsu bersaiz genlen*1Mb panjang, yang mempunyai bias AT sebanyak
-b. Ia kemudian menjana bacaan sampel dengan panjang min -m daripada panjang log-normal
taburan dengan sisihan piawai -s, tetapi mengabaikan bacaan yang panjangnya kurang daripada -x. ia
mengumpul bacaan yang mencukupi untuk menutup genom -c kali dan memperkenalkan -e ralat pecahan ke
setiap bacaan di mana nisbah sisipan, pemadaman dan penggantian ditetapkan oleh yang ditakrifkan
pemalar INS_RATE (lalai 73%) dan DEL_RATE (lalai 20%) dalam jana.c. Satu boleh
juga mengawal kadar bacaan yang dipilih daripada helai hadapan dan belakang oleh
menetapkan pemalar yang ditetapkan FLIP_RATE (lalai 50/50). The -r benih pilihan secara rawak
penjana nombor untuk penjanaan genom supaya seseorang boleh menjana semula
genom asas yang sama untuk dijadikan sampel. Jika parameter ini tiada, maka id kerja
daripada benih doa penjana nombor rawak. Output dihantar ke standard
output (iaitu ia adalah paip UNIX). Output adalah dalam format Pacbio .fasta sesuai sebagai input
kepada fasta2DB(1). Akhirnya, yang -M pilihan meminta bahawa koordinat dari mana setiap membaca
telah dijadikan sampel ditulis pada fail yang ditunjukkan, satu baris setiap bacaan, ASCII dikodkan.
Fail "peta" ini pada dasarnya memberitahu satu di mana setiap bacaan berada dalam perhimpunan dan sangat
berguna untuk tujuan penyahpepijatan dan ujian. Jika pasangan baca katakan b,e maka jika b < e itu
bacaan telah diambil sampel daripada [b,e] ke arah hadapan, dan jika b > e daripada [e,b] dalam
arah terbalik.
Gunakan dsimulator dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
