Ini ialah arahan exactSNP yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
exactSNP - pemanggil SNP yang menemui SNP dengan menguji isyarat terhadap latar belakang tempatan
bunyi bising
PENGGUNAAN
exactSNP [pilihan] -i input -g reference_genom -o output
Hujah yang diperlukan:
-i
Tentukan nama fail input termasuk hasil pemetaan baca. The
[-b jika BAM] format fail input boleh menjadi SAM atau BAM (-b perlu dinyatakan
jika fail BAM disediakan).
-g
Nyatakan nama fail termasuk semua urutan rujukan. Hanya satu FASTA
fail format perlu disediakan.
-o
Nyatakan nama fail output. Program ini mengeluarkan fail format VCF yang
termasuk SNP yang ditemui.
Hujah pilihan:
-a
Sediakan satu set SNP beranotasi (cth SNP disertakan dalam pangkalan data dbSNP). The
fail yang dibekalkan hendaklah dalam format VCF. Menyediakan SNP yang diketahui kepada program harus
meningkatkan prestasi panggilan SNPnya. Ambil perhatian bahawa SNP yang disediakan mungkin atau mungkin tidak
dipanggil.
-b Nyatakan fail input yang disediakan melalui -i adalah dalam format BAM.
-Q
Tentukan pemotongan nilai q untuk panggilan SNP pada kedalaman penjujukan 50X. 12 oleh
lalai. Potongan nilai p yang sepadan ialah 10^(-1*Q). Perhatikan bahawa program ini
melaraskan pemotongan nilai q secara automatik mengikut kedalaman penjujukan pada setiap satu
lokasi kromosom.
-f Nyatakan pecahan minimum asas yang tidak padan yang mengandungi SNP
lokasi mesti ada. Nilainya mestilah antara 0 dan 1. 0 secara lalai.
-n
Nyatakan bilangan minimum pangkalan yang tidak sepadan yang mesti dimiliki oleh lokasi yang mengandungi SNP
mempunyai. 1 secara lalai.
-r
Nyatakan bilangan minimum bacaan dipetakan yang mesti ada pada lokasi yang mengandungi SNP (cth.
perlindungan minimum). 1 secara lalai.
-x
Nyatakan bilangan maksimum bacaan dipetakan yang dimiliki oleh lokasi yang mengandungi SNP.
3000 secara lalai. Mana-mana lokasi yang mempunyai lebih daripada bilangan ambang bacaan akan
tidak dipertimbangkan untuk panggilan SNP. Pilihan ini berguna untuk mengalih keluar PCR
artifak.
-s
Nyatakan skor kualiti asas minimum (skor Phred) yang mesti dipenuhi oleh asas bacaan
digunakan untuk panggilan SNP. 13 secara lalai. Baca asas dengan skor kualiti kurang daripada 13
akan dikecualikan daripada analisis.
-t
Nyatakan bilangan tapak yang dipotong daripada setiap hujung bacaan. 3 secara lalai.
-T
Nyatakan bilangan utas. 1 secara lalai.
-v versi keluaran program.
Contoh:
exactSNP -i my-alignment.sam -g mm10.fa -o my-SNPs.txt
Gunakan exactSNP dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
