exonerate-server - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

exonerate-server - pelayan perbandingan jujukan untuk exonerate

SINOPSIS

membebaskan-pelayan [ pilihan ] <indeks jalan>

DESCRIPTION

membebaskan-pelayan ialah pelayan berbilang benang untuk program penjajaran jujukan exonerate.

Ia menggunakan satu set jujukan dan fail indeks yang sepadan untuk membolehkan set data yang besar dengan pantas.

TINJAUAN

Pertama, sebuah .esd fail mesti dibuat daripada fail urutan. The .esd fail ialah Exonerate
Fail Set Data Jujukan, dan boleh digunakan untuk mengumpulkan mana-mana set jujukan di mana setiap satu
jujukan yang mengandungi pengecam unik. Ini dilakukan dengan menggunakan fasta2esd utiliti.

fasta2esd genom.fasta genom.esd

Seterusnya, an .esi failkan saya dibuat daripada .esd fail. The .esi fail ialah Urutan Exonerate
Fail indeks, dan mengandungi indeks atau set indeks yang sepadan dengan set data tertentu.
Ini dilakukan dengan menggunakan esd2esi utiliti.

esd2esi genom.esd genom.esi

Sebaik sahaja .esi fail telah dijana, pelayan exonerate boleh dimulakan.

membebaskan-pelayan genom.esi

Semasa pelayan sedang berjalan, exonerate boleh digunakan untuk menanyakan pelayan dengan menggantikan
urutan sasaran dalam baris arahan dengan nama pelayan dan nombor port. The
nombor port lalai untuk exonerate-server ialah 12886.

melepaskan diri pertanyaan.fasta localhost: 12886

PILIHAN

Beberapa pilihan baris arahan untuk exonerate-server adalah sama seperti untuk
membebaskan pelanggan, dan ini didokumenkan dalam halaman manual untuk membebaskan. .
pilihan lain yang khusus untuk membebaskan-pelayan didokumenkan di sini.

--pelabuhan
Tentukan port di mana pelayan harus mendengar. Secara lalai, membebaskan-pelayan
akan mendengar pada port 12886, tetapi port alternatif mungkin ditentukan dengan pilihan ini.

--input <indeks fail>
Tentukan fail indeks yang akan digunakan apabila pelayan dimulakan. Pilihan ini adalah
wajib. Fail indeks ialah a .esi fail yang dihasilkan oleh esd2esi utiliti.

--pramuat
Secara lalai indeks yang terkandung dalam .esi fail, dan urutan yang dirujuk dalam
yang sepadan .esd fail dimuatkan ke dalam memori apabila pelayan dimulakan.
Ini adalah perlu untuk mencapai prestasi pantas yang sebaliknya akan dihalang oleh
akses cakera yang kerap. Pilihan ini membenarkan pramuat indeks dan jujukan menjadi
dimatikan, yang membolehkan pelayan berjalan dengan lebih perlahan, tetapi dengan lebih pantas
permulaan dan jejak memori yang lebih kecil. Ia tidak dinasihatkan untuk mematikan pramuat
melainkan menguji atau menyahpepijat pelayan.

--sambungan maksimum
Pelayan adalah berbilang benang. Pilihan ini menetapkan proses pelanggan nombor yang
dibenarkan untuk menyambung ke pelayan secara serentak. Untuk prestasi yang baik, ia
tidak boleh ditetapkan kepada lebih daripada bilangan CPU pada mesin yang
pelayan sedang berjalan.

--verbosity
Tetapkan tahap verbositi untuk pelayan. Jika sifar, pelayan akan senyap,
dan semakin tinggi bilangannya, semakin banyak mesej yang dilaporkan oleh pelayan tentang apa
sedang berlaku.

INTERFACE

Bahagian ini mendokumenkan antara muka komunikasi antara
klien dan pelayan. Antara muka didokumenkan untuk orang yang ingin menulis
pelayan tersuai mereka sendiri untuk duduk di belakang exonerate - untuk kegunaan biasa exonerate, it
tidak perlu mengetahui perkara ini.

Antara muka berfungsi oleh pelanggan menghantar baris arahan mudah dan penghantaran pelayan
baris balasan ringkas di atas soket. Semua arahan dan balasan adalah baris mudah ASCII
teks, jadi adalah mungkin untuk menggunakan telnet sebagai klien untuk menguji pelayan.

Sebarang arahan ialah satu baris teks, tetapi balasan mungkin mengandungi banyak baris teks. The
balasan adalah dalam bentuk :

Sebarang balasan boleh memasukkan baris dengan teg amaran: or ralat: Ini amaran: and ralat: tags
digemakan oleh pelanggan, dan pelanggan akan keluar selepas menerima apa-apa ralat: balas.

Apabila pelayan mengembalikan balasan berbilang talian, baris pertama mesti menunjukkan bilangan
baris dalam keseluruhan balasan sebagai: kiraan baris: Untuk contoh, lihat balasan daripada mendapatkan
hsps arahan dalam sesi contoh di bawah.

Pelanggan hanya akan membuka satu sambungan ke mana-mana pelayan, walaupun berbilang benang
pelayan jelas diperlukan untuk membenarkan berbilang pelanggan menyambung secara serentak.

arahan and balasannya digunakan in Untuk yang antara muka pengguna.
Command: versi
Balas: versi

Command: keluar
Balas: ( tiada balasan - pelayan menutup sambungan )

Command: dbinfo
Balas: dbinfo:

. dbinfo arahan mengembalikan maklumat tentang pangkalan data yang dimuatkan pada pelayan.
Medan yang dikembalikan ialah:

sama ada DNA atau protein
sama ada bertopeng lembut atau tidak bertopeng
bilangan jujukan dalam pangkalan data
panjang jujukan terpanjang dalam pangkalan data
jumlah panjang semua jujukan dalam pangkalan data

Command: pencarian
Balas: cari:

Perintah carian digunakan untuk memetakan pengecam luaran kepada dalaman
pengecam.

Command: mendapatkan maklumat
Balas: seqinfo: [ ]

Perintah get info mengembalikan maklumat tentang urutan dalam pangkalan data. The
medan yang dikembalikan ialah:

panjang jujukan
checksum format gcg (lihat di bawah)
id luaran (cth. daripada pengepala fasta)
baris keterangan untuk jujukan (juga daripada fasta
header), medan ini adalah pilihan dan boleh ditinggalkan.

Command: mendapatkan seq
Balas: seq:

Perintah get seq mengembalikan keseluruhan urutan pada satu baris.

Command: mendapatkan subseq
Balas: subseq:

Perintah get subseq mengembalikan sebahagian daripada urutan. Permulaan urutan ialah
kedudukan sifar. cth. get subseq 0 0 10 akan mengembalikan 10 asas pertama
urutan pertama dalam pangkalan data.

Command: menetapkan pertanyaan
Balas: ok:

Perintah pertanyaan seq digunakan untuk menghantar urutan pertanyaan ke pelayan. Ia
mengembalikan panjang jujukan dan gcg checksum

Command: revcomp
Balas: ok: helaian

Perintah pertanyaan revcomp menjadikan pelayan terbalik melengkapkan pertanyaan. ini
adalah untuk menyimpan lebar jalur menghantar pertanyaan dua kali.

Perintah sasaran revcomp adalah untuk memberitahu pelayan untuk menganggap pangkalan data sebagai pangkalan datanya
pelengkap terbalik. Pelanggan hanya menghantar arahan ini apabila mencari a
pangkalan data diterjemahkan, jadi tidak perlu dilaksanakan untuk kebanyakan jenis carian.

Command: menetapkan param
Balas: ok:

Perintah parameter set menghantar parameter daripada baris arahan exonerate ke
pelayan. Perintah ini semua boleh diabaikan oleh klien untuk asas
pelaksanaan, tetapi tidak boleh diabaikan untuk prestasi optimum.

Command: mendapatkan hsps
Balas: hspset: { }
Atau: hspset: kosong

Perintah get hsps ialah arahan utama untuk mendapatkan set hsps. Pelayan
boleh mengembalikan berbilang hspset. Medan yang dikembalikan ialah:

Id dalaman jujukan sasaran untuk HSPset ini.
Kedudukan permulaan pertanyaan hsp
Kedudukan permulaan sasaran hsp
Panjang hsp

Tiga medan terakhir mewakili HSP, dan mungkin diulang berkali-kali pada satu
hspset: baris balas.

A mudah contoh pelanggan server dialog.
% telnet localhost 12886
Mencuba 127.0.0.1...
Disambungkan ke localhost.localdomain.
Watak melarikan diri ialah '^]'.
% versi
versi: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna bertopeng lembut 100000 1701 38113579
% carian AA159529.1
carian: 88065
% mendapat maklumat 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Pankreas stratagen (#937208) Homo sapiens cDNA
% mendapat seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% dapatkan subseq 88065 10 20
seterusnya: TTTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% set pertanyaan NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ok: 62 2028
% mendapat hsps
bilangan baris: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% pertanyaan revcomp
ok: query strand revcomp
% mendapat hsps
bilangan baris: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% keluar
Sambungan ditutup oleh tuan rumah asing.

PERSEKITARAN

Belum didokumenkan lagi.

CONTOH

1. Contoh mencipta indeks yang diterjemahkan dan menjalankan carian protein2genome yang pantas menggunakan
membebaskan-pelayan

fasta2esd manusia.genomik.fasta manusia.genomik.esd esd2esi --terjemah yes human.genomic.esd
manusia.genomik.trans.esi membebaskan-pelayan --port 1234 human.genomic.trans.esi melepaskan diri
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

Dokumentasi ini disertakan dengan versi 2.2.0 pakej exonerate.

Gunakan pelayan exonerate dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net