faidx - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

faidx - Ambil jujukan daripada FASTA

SINOPSIS

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--versi] cepat
[kawasan [kawasan ...]]

DESCRIPTION

Ambil jujukan daripada FASTA. Jika tiada kawasan ditentukan, semua entri dalam fail input adalah
dikembalikan. Fail FASTA input mesti dibalut baris secara konsisten, dan pembalut baris keluaran
adalah berdasarkan panjang baris input.

PILIHAN

Kedudukan hujah
fail fasta FASTA

kawasan
ruang yang memisahkan kawasan urutan untuk diambil cth chr1:1-1000

Pilihan hujah
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar

-b KATIL, --katil BED
fail katil kawasan

-o KELUAR, --keluar OUT
nama fail keluaran (lalai: stdout)

-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}, --mengubah
{katil, saiz kromo, nukleotida, tertukar}
mengubah kawasan yang diminta kepada format lain. lalai: Tiada

-c, --pelengkap
melengkapkan urutan. lalai: Palsu

-r, --terbalik
terbalikkan urutannya. lalai: Palsu

-n, --tiada-nama
abaikan nama jujukan daripada output. lalai: Palsu

-f, --nama-penuh
keluarkan nama penuh termasuk penerangan. lalai: Palsu

-x, --split-files
tulis setiap rantau ke fail berasingan (nama diperoleh daripada wilayah)

-l, --malas
isikan --default-seq untuk julat yang hilang. lalai: Palsu

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
pangkalan lalai untuk kedudukan yang hilang dan penyamaran. lalai: N

-d DELIMITER, --pembatas DELIMITER
pembatas untuk memisahkan nama kepada berbilang nilai (nama pendua akan menjadi
dibuang). lalai: Tiada

-g REGEX, --regex Regex
ungkapan biasa untuk menapis nama jujukan yang tidak sepadan. lalai: .*

-m, --topeng-dengan-lalai-seq
menutup fail FASTA menggunakan --default-seq lalai: Palsu

-M, --topeng demi kes
menutup fail FASTA dengan menukar kepada huruf kecil. lalai: Palsu

--versi
cetak nombor versi pyfaidx

Gunakan faidx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net