Ini ialah arahan fastaq-filter yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fastaq_filter - Tapis jujukan untuk mendapatkan subset daripadanya
DESCRIPTION
penggunaan: fastaq_filter [pilihan]
Menapis fail jujukan mengikut panjang jujukan dan/atau mengikut nama yang sepadan dengan ungkapan biasa
kedudukannya hujah:
infile Nama fail input untuk ditapis
fail luar
Nama fail output
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
--min_panjang INT
Panjang jujukan minimum untuk disimpan [0]
--panjang maksimum INT
Panjang jujukan maksimum untuk disimpan [inf]
--regex Regex
Jika diberikan, hanya bacaan dengan nama yang sepadan dengan ungkapan biasa akan disimpan
--ids_file NAMA FAIL
Jika diberikan, hanya bacaan yang IDnya dalam fail yang diberikan akan digunakan. Satu ID setiap baris
fail.
-v, --terbalikkan
Hanya simpan urutan yang tidak sepadan dengan penapis
Mate fail Untuk membaca pasangan pilihan yang berikut:
--mate_in NAMA FAIL
Nama fail input rakan. Jika digunakan, mesti juga menyediakan --mate_out
--mate_out NAMA FAIL
Nama fail keluaran pasangan
--dua_kawan_lulus
Secara lalai, jika salah satu pasangan melepasi penapis, maka kedua-duanya membaca output. Gunakan bendera ini untuk
memerlukan kedua-dua bacaan pasangan melepasi penapis
Gunakan penapis fastaq dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
