Ini ialah arahan fuzznuce yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fuzznuc - Cari corak dalam jujukan nukleotida
SINOPSIS
fuzznuc -urutan seqall -corak pola -pelengkap boolean -fail luar melaporkan
fuzznuc -membantu
DESCRIPTION
fuzznuc ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Nukleik:Motif".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqall
-corak pola
Kod satu huruf standard IUPAC untuk nukleotida digunakan. Simbol 'n' ialah
digunakan untuk kedudukan di mana mana-mana nukleotida diterima. Kekaburan ditunjukkan oleh
menyenaraikan nukleotida yang boleh diterima untuk kedudukan tertentu, antara tanda kurungan segi empat sama '[
]'. Contohnya: [ACG] bermaksud A atau C atau G. Kekaburan juga ditunjukkan oleh
menyenaraikan antara sepasang kurungan kerinting '{ }' nukleotida yang tidak diterima
pada kedudukan tertentu. Contohnya: {AG} bermaksud mana-mana nukleotida kecuali A dan G. Setiap satu
unsur dalam corak dipisahkan daripada jirannya oleh '-'. (Pilihan dalam fuzznuc).
Pengulangan unsur corak boleh ditunjukkan dengan mengikuti elemen tersebut
dengan nilai berangka atau julat berangka antara kurungan. Contoh: N(3)
sepadan dengan NNN, N(2,4) sepadan dengan NN atau NNN atau NNNN. Apabila corak adalah
terhad kepada sama ada hujung 5' atau 3' sesuatu jujukan, corak itu sama ada bermula dengan a
Simbol '<' atau masing-masing berakhir dengan simbol '>'. Satu tempoh menamatkan corak.
(Pilihan dalam fuzznuc). Contohnya, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Maju seksyen
-pelengkap boolean
Nilai lalai: N
Output seksyen
-fail luar melaporkan
Gunakan fuzznuce dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
