Ini ialah command gap5 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gap5 - Program Perhimpunan Genom (sebahagian daripada pakej staden)
SINOPSIS
jurang5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIPTION
Gap5 ialah Program Perhimpunan Genom. Program ini mengandungi semua alat yang akan
dijangka daripada program pemasangan ditambah banyak ciri unik dan sangat mudah digunakan
antara muka. Versi asal telah diterangkan dalam Bonfield,JK, Smith,KF dan Staden,R. A
program pemasangan jujukan DNA baharu. Asid Nukleik Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 sangat besar dan berkuasa. Semua orang menggunakan subset pilihan dan mempunyai pilihan mereka
cara kegemaran untuk mengakses dan menggunakannya. Walaupun terdapat banyak, pengguna
digalakkan untuk meneliti keseluruhan dokumentasi sekali, hanya untuk mengetahui apa itu
mungkin, dan cara yang paling sesuai dengan kerja mereka sendiri. Sekurang-kurangnya, keseluruhan ini
bab pengenalan perlu dibaca, kerana dalam jangka masa panjang, ia akan menjimatkan masa.
PILIHAN
-ro Baca sahaja
-maxseq N
Jumlah panjang konsensus maksimum awal
-maxdb N
Bilangan maksimum awal contigs + bacaan
-(no_)semak
(Jangan) jalankan Semak Pangkalan Data apabila DB dibuka
-(no_)exec_notes
(Jangan) laksanakan nota OPEN/CLOS apabila pangkalan data dibuka
-(no_)rawdata_note
(Jangan) gunakan nota RAWD dan bukannya env RAWDATA. pembolehubah
-(no_)csel
(Jangan) mulakan pemilih contig apabila db dibuka
-paparan
X Paparan untuk digunakan
-saiz bit N
Menentukan saiz bit fail aux untuk pangkalan data baharu (32/64)
-segerak Gunakan mod segerak untuk pelayan paparan (nyahpepijat)
-- Tamat senarai hujah
Gunakan gap5 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
