genome-music-survivalp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

survival muzik genom - Cipta plot survival dan nilai P untuk klinikal dan mutasi
fenotip.

VERSION

Dokumen ini menerangkan kelangsungan hidup muzik genom versi 0.04 (2016-01-01 pada 23:10:18)

SINOPSIS

kelangsungan hidup muzik genom --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--langkau-senyap]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--langkau-bukan-pengekodan]

... survival muzik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... survival muzik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... survival muzik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--fenotaip-untuk-termasuk 'Kaum, Jantina,TP53' \
--output-dir /path/output_directory

DIKEHENDAKI HUJAH

senarai-bam teks
Senarai nama sampel yang akan disertakan dalam analisis. (Lihat Penerangan)

output-dir teks
Direktori tempat fail output akan ditulis

PILIHAN HUJAH

fail maf teks
Senarai mutasi dalam format MAF

ponteng-senyap Boolean
Langkau mutasi senyap daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-senyap Boolean
Jadikan langkau-senyap 'salah'

jenis data genetik teks
Kaitkan data klinikal dengan data peringkat "gen" atau "varian".

Nilai lalai 'gen' jika tidak dinyatakan

fail-data-klinikal-numerik teks
Jadual sampel (y) lwn. kategori data klinikal berangka (x)

fail-data-klinikal-kategori teks
Jadual sampel (y) lwn. kategori data klinikal kategori (x)

glm-clinical-data-file teks
Ciri klinikal, profil mutasi, data klinikal bercampur lain (Lihat DESKRIPSI).

fenotip-untuk-termasuk teks
Sertakan hanya gen dan/atau fenotip ini dalam anlaysis. (DIHAD KOMA)

penempatan legenda teks
Pilih salah satu daripada 'kiri bawah', 'kiri atas', 'kanan atas' atau 'kanan bawah'.

Nilai lalai 'kiri bawah' jika tidak dinyatakan

langkau-bukan pengekodan Boolean
Langkau mutasi bukan pengekodan daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan langkau-bukan pengekodan 'salah'

DESCRIPTION

Perintah ini menjalankan analisis kemandirian dan memplot keluk kemandirian untuk data mutasi, sebagai
serta sebarang ciri klinikal yang diminati seperti yang dinyatakan melalui input --phenotypes-to-include
parameter. Analisis yang dilakukan termasuk penganggar Kaplan-Meier diikuti oleh Cox
Model Bahaya Berkadar. Output untuk setiap gen/sifat klinikal yang dianalisis termasuk kelangsungan hidup
lengkung, nisbah bahaya (dengan selang keyakinan), dan nilai-P dan FDR yang menerangkan
kepentingan perbezaan antara yang terselamat dan yang tidak terselamat.

Semua fail data klinikal dicari untuk "status_vital" yang diperlukan (tidak peka huruf besar-kecil).
dan lajur "days_to_last_followup" yang digandingkan dengan fenotip melalui ID sampel untuk
analisis survival. Lajur pertama semua fail data klinikal MESTI mengandungi sampel
ID, sama seperti dalam alatan MuSiC yang lain. Secara lalai, analisis dilakukan pada setiap gen yang ada
dalam MAF. Secara pilihan, analisis mungkin terhad kepada gen tertentu sahaja dengan menyenaraikannya
(dibataskan koma) selepas parameter input --phenotypes-to-include. Analisis kelangsungan hidup mungkin
juga dilakukan pada lajur lain dalam fail data klinikal dengan menambahkan pengepala lajur
kepada senarai entri yang ditentukan selepas parameter input --phenotypes-to-include.

Berikut ialah beberapa garis panduan umum untuk mencipta fail input data klinikal:

· Pengepala diperlukan.

· Lajur pertama setiap fail data klinikal mesti mengandungi ID sampel yang sepadan dengannya
dalam kedua-dua --bam-list dan senarai varian MAF (dalam MAF, ini ialah
Tumor_Sample_Barcode lajur, khususnya).

· Dalam sekurang-kurangnya satu input fail data klinikal, lajur dengan pengepala "vital_status"
dan "days_to_last_followup" (tidak sensitif huruf besar-besaran) mesti wujud. "status_vital" mestilah
ditandakan dengan 1 dan 0, di mana 0 menandakan 'hidup', dan 1 menandakan 'mati'.

Ambil perhatian bahawa semua fail input mesti diasingkan tab.

HUJAH

--bam-senarai
Sediakan fail yang mengandungi nama sampel dan lokasi BAM normal/tumor untuk setiap satu. guna
format yang dibataskan tab [sample_name normal_bam tumor_bam] setiap baris. Alat ini sahaja
memerlukan sample_name, jadi semua lajur lain boleh dilangkau. Contoh_nama mestilah
sama seperti nama sampel tumor yang digunakan dalam fail MAF (lajur ke-16, dengan pengepala
Tumor_Sample_Barcode).

Gunakan genome-music-survivalp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net