Ini ialah arahan glam2-purge yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
glam2-purge - Mengeluarkan jujukan berlebihan daripada fail FASTA
SINOPSIS
glam2-purge fail Perincian [pilihan]
DESCRIPTION
glam2-purge ialah versi diubah suai Andrew Neuwald's membersihkan program yang membuang berlebihan
jujukan daripada fail FASTA. Ini disyorkan untuk mengelakkan sangat serupa
urutan memesongkan pencarian motif. Pembersihan berfungsi dengan sama ada DNA atau protein
urutan dan mencipta fail keluaran supaya tiada dua jujukan mempunyai setempat (tanpa celah).
skor penjajaran lebih besar daripada ambang yang ditentukan oleh pengguna. Fail output dinamakan
. . Skor penjajaran adalah berdasarkan matriks BLOSUM62 untuk protein, dan pada a
+5/-1 skema pemarkahan untuk DNA. Pembersihan juga boleh digunakan untuk menutup ulangan tandem. Ia menggunakan
program XNU untuk tujuan ini.
PILIHAN
-n
Jujukan ialah DNA (lalai: protein).
-b
Gunakan kaedah heuristik letupan (lalai untuk protein).
-e
Gunakan kaedah yang lengkap (lalai untuk DNA).
-q
Simpan urutan pertama dalam set.
-x
Gunakan xnu untuk menutup pengulangan tandem protein.
Gunakan glam2-purge dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
