gmap - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

gmap - Program Pemetaan dan Penjajaran Genomik

SINOPSIS

gmap [PILIHAN...] <FASTA fail...>, or kucing | gmap [PILIHAN...]

PILIHAN

Input pilihan (mesti termasuk -d or -g)
-D, --dir=direktori
Direktori genom. Lalai (seperti yang ditentukan oleh --dengan-gmapdb ke atur cara konfigurasi)
is /var/cache/gmap

-d, --db=TALI
Pangkalan data genom. Jika hujah ialah '?' (dengan petikan), arahan ini menyenaraikan
pangkalan data yang tersedia.

-k, --kmer=INT
saiz kmer untuk digunakan dalam pangkalan data genom (nilai yang dibenarkan: 16 atau kurang). Jika tidak
dinyatakan, program ini akan mencari saiz kmer tertinggi yang tersedia dalam genom
pangkalan data

--persampelan=INT
Pensampelan untuk digunakan dalam pangkalan data genom. Jika tidak dinyatakan, program akan mencari
nilai pensampelan terkecil yang tersedia dalam pangkalan data genom dalam saiz k-mer terpilih

-G, --genomefull
Gunakan genom penuh (semua aksara ASCII dibenarkan; dibina secara eksplisit semasa persediaan), tidak
versi termampat

-g, --gseg=nama fail
Segmen genomik yang dibekalkan pengguna

-1, --selfalign
Jajarkan satu jujukan dengan dirinya dalam format FASTA melalui stdin (Berguna untuk mendapatkan
terjemahan protein bagi urutan nukleotida)

-2, --sejajarkan
Jajarkan dua jujukan dalam format FASTA melalui stdin, yang pertama adalah genomik dan kedua
satu ialah cDNA

--cmdline=TALI,TALI
Jajarkan kedua-dua jujukan ini yang disediakan pada baris arahan, yang pertama ialah genomik dan
yang kedua ialah cDNA

-q, --bahagian=INT/INT
Proses hanya ke-i daripada setiap n urutan cth, 0/100 atau 99/100 (berguna untuk
mengagihkan pekerjaan kepada ladang komputer).

--input-buffer-saiz=INT
Saiz penimbal input (program membaca banyak urutan ini pada satu masa untuk kecekapan)
(lalai 1000)

Pilihan pengiraan

-B, --batch=INT
Mod kelompok (lalai = 2)

Mod Mengimbangi Kedudukan Genom
0 lihat nota mmap mmap
1 lihat nota mmap & pramuat mmap
(lalai) 2 lihat nota mmap & pramuat mmap & pramuat
3 lihat nota memperuntukkan mmap & pramuat
4 lihat nota memperuntukkan memperuntukkan
5 mengembangkan memperuntukkan memperuntukkan

Nota: Untuk satu jujukan, semua struktur data menggunakan mmap
Jika mmap tidak tersedia dan memperuntukkan tidak dipilih, maka akan menggunakan fileio (sangat perlahan)

Nota tentang --batch dan ofset: Pengembangan ofset boleh dikawal
secara bebas oleh --kembangkan-offset bendera. The --batch=5 pilihan adalah bersamaan dengan
--batch=4 plus --kembangkan-offset=1

--kembangkan-offset=INT
Sama ada hendak mengembangkan indeks mengimbangi genomik Nilai: 0 (tidak, lalai), atau 1 (ya).
Pengembangan memberikan penjajaran yang lebih pantas, tetapi memerlukan lebih banyak memori

--nosplicing
Mematikan penyambungan (berguna untuk menjajarkan jujukan genom pada genom)

--min-intronlength=INT
Panjang min untuk satu intron dalaman (lalai 9). Di bawah saiz ini, jurang genomik
akan dianggap sebagai pemadaman dan bukannya intron.

-K, --intronlength=INT
Panjang maksimum untuk satu intron dalaman (lalai 200000)

-w, --penyelidik tempatan=INT
Panjang maksimum untuk tapak splice yang diketahui pada penghujung jujukan (lalai 2000000)

-L, --jumlah panjang=INT
Jumlah panjang intron maksimum (lalai 2400000)

-x, --chimera-margin=INT
Jumlah urutan tidak sejajar yang mencetuskan carian untuk urutan yang tinggal
(lalai 30). Mendayakan penjajaran bacaan chimeric dan boleh membantu dengan beberapa
bacaan bukan chimeric. Untuk mematikan, tetapkan kepada sifar.

--tiada-chimeras
Mematikan pencarian chimera. Kesan yang sama seperti --chimera-margin=0

-t, --benang=INT
Bilangan benang pekerja

-c, --chrsubset=rentetan
Hadkan carian kepada kromosom yang diberikan

-z, --arah=TALI
arah cDNA (daya_rasa, daya_antisense, penapis_rasa, penapis_antisense, atau
auto (lalai))

-H, --trimendekson=INT
Potong exon hujung dengan bilangan padanan yang kurang daripada yang diberikan (dalam nt, lalai 9)

--mod-kanonik=INT
Ganjaran untuk intron kanonik dan separa kanonik 0=ganjaran rendah, 1=ganjaran tinggi
(lalai), 2=ganjaran rendah untuk jujukan identiti tinggi dan ganjaran tinggi sebaliknya

--spesies silang
Gunakan carian yang lebih sensitif untuk penyambungan kanonik, yang membantu terutamanya untuk
penjajaran rentas spesies dan kes sukar lain

--benarkan-tutup-indel=INT
Benarkan sisipan dan pemadaman berdekatan antara satu sama lain (0=tidak, 1=ya (lalai), 2=sahaja
untuk penjajaran berkualiti tinggi)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Benarkan mikroekson hanya jika salah satu kebarangkalian tapak splice lebih besar daripada ini
nilai (lalai 0.95)

--cmetdir=TALI
Direktori untuk fail indeks methylcytosine (dibuat menggunakan cmetindex) (lalai ialah
lokasi fail indeks genom yang ditentukan menggunakan -D, -V, dan -d)

--atoidir=TALI
Direktori untuk fail indeks penyuntingan RNA A-to-I (dibuat menggunakan atoiindex) (lalai ialah
lokasi fail indeks genom yang ditentukan menggunakan -D, -V, dan -d)

--mod=TALI
Mod penjajaran: standard (lalai), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, or ttoc-nonstranded. Mod bukan standard memerlukan
anda telah menjalankan program cmetindex atau atoiindex sebelum ini (yang juga meliputi
mod ttoc) pada genom

-p, --paras prune
Tahap pemangkasan: 0=tiada pemangkasan (lalai), 1=seqs buruk, 2=seqs berulang, 3=seqs lemah dan
berulang-ulang

Jenis keluaran

-S, --ringkasan
Tunjukkan ringkasan penjajaran sahaja

-A, --selaraskan
Tunjukkan penjajaran

-3, --berterusan
Tunjukkan penjajaran dalam tiga baris berterusan

-4, --berterusan-oleh-ekson
Tunjukkan penjajaran dalam tiga baris setiap ekson

-Z, --mampatkan
Cetak output dalam format termampat

-E, --exon=TALI
Cetak exon ("cdna" atau "genomik")

-P, --protein_dna
Cetak jujukan protein (cDNA)

-Q, --gen_protein
Cetak urutan protein (genomik)

-f, --format=INT
Format lain untuk output (juga perhatikan -A and -S pilihan dan pilihan lain yang disenaraikan
di bawah jenis Output):
psl (atau 1) = format PSL (BLAT),
gff3_gene (atau 2) = format gen GFF3,
gff3_match_cdna (atau 3) = GFF3 cDNA_match format,
gff3_match_est (atau 4) = GFF3 EST_match format,
splicesites (atau 6) = splicesites output (untuk fail splicesite GSNAP),
intron = keluaran intron (untuk fail penyambungan GSNAP),
map_exon (atau 7) = format peta ekson IIT FASTA,
map_ranges (atau 8) = format peta julat IIT FASTA,
koordinat (atau 9) = koordinat dalam format jadual,
sampe = format SAM (menetapkan bit berpasangan_baca dalam bendera),
samse = format SAM (tanpa menetapkan bit paired_read)

Pilihan output

-n, --npaths=INT
Bilangan maksimum laluan untuk ditunjukkan (lalai 5). Jika ditetapkan kepada 1, GMAP tidak akan melaporkan
penjajaran chimeric, kerana ia membayangkan dua laluan. Jika anda mahukan satu penjajaran
tambah penjajaran chimeric, kemudian tetapkan ini menjadi 0.

--suboptimum-skor=INT
Laporkan hanya laluan yang skornya berada dalam nilai laluan terbaik ini. Secara lalai,
jika pilihan ini tidak disediakan,
program mencetak semua laluan yang ditemui.

-O, --mengarahkan
Cetak output dalam susunan yang sama seperti input (hanya berkaitan jika terdapat lebih daripada seorang pekerja
benang)

-5, --md5
Cetak MD5 checksum untuk setiap urutan pertanyaan

-o, --chimera-tindih
Bertindih untuk menunjukkan, jika ada, pada titik putus chimera

--failsonly
Cetak hanya penjajaran yang gagal, yang tiada hasil

--tidak gagal
Kecualikan pencetakan penjajaran yang gagal

-V, --snpsdir=TALI
Direktori untuk fail indeks SNP (dibuat menggunakan snpindex) (lalai ialah lokasi
fail indeks genom ditentukan menggunakan -D and -d)

-v, --gunakan-snps=TALI
Gunakan pangkalan data yang mengandungi SNP yang diketahui (dalam .iit, dibina sebelum ini menggunakan
snpindex) untuk toleransi kepada SNP

--split-output=TALI
Nama asas untuk output berbilang fail, secara berasingan untuk nomapping,
uniq, mult, (dan chimera, if --chimera-margin dipilih)

--input-gagal=TALI
Cetak penjajaran yang gagal sepenuhnya sebagai input FASTA atau format FASTQ kepada yang diberikan
fail. Sekiranya --split-output bendera juga diberikan, fail ini dijana sebagai tambahan
kepada output dalam fail .nomapping.

--tambah-keluaran
Bila --split-output or --failedinput diberikan, bendera ini akan menambah output pada
fail sedia ada. Jika tidak, lalai adalah untuk mencipta fail baharu.

--output-buffer-saiz=INT
Saiz penimbal, dalam pertanyaan, untuk benang keluaran (lalai 1000). Apabila bilangan
keputusan yang akan dicetak melebihi saiz ini, benang pekerja dihentikan sehingga
tertunggak dibersihkan

-F, --penuh
Anggap protein penuh, bermula dengan Met

-a, --cdsstart=INT
Terjemah kodon daripada nukleotida yang diberikan (berasaskan 1)

-T, --penggal
Potong penjajaran di sekeliling protein penuh, Met to Stop Menyiratkan -F bendera.

-Y, --bertolak ansur
Menterjemah cDNA dengan pembetulan untuk anjakan bingkai

Pilihan untuk output GFF3

--gff3-tambah-pemisah=INT
Sama ada untuk menambah pemisah ### selepas setiap urutan pertanyaan Nilai: 0 (tidak), 1 (ya,
lalai)

Pilihan untuk output SAM

--no-sam-headers
Jangan cetak pengepala bermula dengan '@'

--sam-guna-0M
Sisipkan 0M dalam CIGAR antara sisipan dan pemadaman bersebelahan Diperlukan oleh Picard,
tetapi boleh menyebabkan ralat dalam alatan lain

--force-xs-dir
Untuk penjajaran RNA-Seq, tidak membenarkan XS:A:? apabila arah deria tidak jelas, dan
menggantikan nilai ini sewenang-wenangnya dengan XS:A:+. Mungkin berguna untuk beberapa program, seperti
sebagai Cufflinks, yang tidak boleh mengendalikan XS:A:?. Walau bagaimanapun, jika anda menggunakan bendera ini, yang
nilai XS:A:+ yang dilaporkan dalam kes ini tidak akan bermakna.

--md-huruf kecil-snp
Dalam rentetan MD, apabila SNP yang diketahui diberikan oleh -v bendera,
mencetak perbezaan nukleotida sebagai huruf kecil apabila mereka,
berbeza daripada rujukan tetapi sepadan dengan alel ganti yang diketahui

--tindakan-jika-cerut-ralat
Tindakan yang perlu diambil jika terdapat percanggahan antara panjang CIGAR dan panjang jujukan
Nilai yang dibenarkan: abaikan, amaran (lalai), batalkan

--baca-kumpulan-id=TALI
Nilai untuk dimasukkan ke dalam medan id kumpulan baca (RG-ID).

--baca-nama-kumpulan=TALI
Nilai untuk dimasukkan ke dalam medan nama kumpulan baca (RG-SM).

--baca-kumpulan-perpustakaan=TALI
Nilai untuk dimasukkan ke dalam medan perpustakaan kumpulan baca (RG-LB).

--baca-kumpulan-platform=TALI
Nilai untuk dimasukkan ke dalam medan perpustakaan kumpulan baca (RG-PL).

Pilihan untuk skor kualiti

--protokol-kualiti=TALI
Protokol untuk skor kualiti input. Nilai yang dibenarkan: illumina (ASCII 64-126)
(bersamaan dengan -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (bersamaan dengan -J 33 -j 0)

Lalai ialah sanger (tiada anjakan cetakan berkualiti)
Fail output SAM harus mempunyai skor kualiti dalam protokol sanger

Atau anda boleh menentukan anjakan cetakan dengan bendera ini:

-j, --kualiti-cetak-anjakan=INT
Alihkan skor kualiti FASTQ dengan jumlah ini dalam output (lalai ialah 0 untuk sanger
protokol; untuk menukar input Illumina kepada output Sanger, pilih -31)

Pilihan fail peta luaran

-M, --mapdir=direktori
Direktori peta

-m, --peta=iitfile
Fail peta. Jika hujah ialah '?' (dengan petikan),
ini menyenaraikan fail peta yang tersedia.

-e, --mapekson
Petakan setiap ekson secara berasingan

-b, --mapboth
Laporkan hits daripada kedua-dua helai genom

-u, --mengapit=INT
Tunjukkan hits mengapit (lalai 0)

--cetak-komen
Tunjukkan baris ulasan untuk setiap hit

Pilihan keluaran penjajaran

-N, --nolengths
Tiada panjang intron dalam penjajaran

-I, --mod invert=INT
Mod untuk penjajaran kepada helai genomik (-): 0=Jangan terbalikkan cDNA (lalai)
1=Terbalikkan cDNA dan cetak helai genomik (-) 2=Terbalikkan cDNA dan cetak genomik (+)
helai

-i, --introngap=INT
Nukleotida untuk ditunjukkan pada setiap hujung intron (lalai 3)

-l, --panjang bungkus=INT
Panjang bungkus untuk penjajaran (lalai 50)

Menapis pilihan output

--min-trimmed-liputan=FLOAT
Jangan cetak penjajaran dengan liputan yang dipangkas kurang nilai ini (lalai=0.0, yang
bermakna tiada penapisan) Ambil perhatian bahawa penjajaran chimeric akan dikeluarkan tanpa mengira ini
menapis

--identiti min=FLOAT
Jangan cetak penjajaran dengan identiti kurang daripada nilai ini (lalai=0.0, yang bermaksud tidak
penapisan) Ambil perhatian bahawa penjajaran chimeric akan dikeluarkan tanpa mengira penapis ini
Pilihan bantuan

--semak
Semak andaian pengkompil

--versi
Tunjukkan versi

- membantu Tunjukkan mesej bantuan ini

Alat lain suite GMAP terletak di /usr/lib/gmap

Gunakan gmap dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net