Ini ialah arahan gmod_make_gff_from_dbxref.plp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - alat untuk mencipta fail gff3 diberi senarai dbxrefs dan
fail fasta.
SINOPSIS
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
TALIAN PERINTAH PILIHAN
--fasta_dir Direktori yang mengandungi fail fasta (diperlukan)
--tmp_dir Direktori sementara (lalai: / tmp)
--type istilah SO untuk digunakan untuk ciri yang dicipta (lalai: rantau)
--sumber Lajur 2 fail GFF (lalai: .)
DESCRIPTION
Alat ini mengambil senarai pengecam dan akses db yang dipisahkan tab pada baris arahan
(seperti gmod_extract_dbxref_from_gff.pl akan menghasilkan) bersama-sama dengan direktori yang mengandungi
fail fasta dan mencipta fail GFF. Skrip mencuba beberapa pilihan untuk mengenal pasti
kesertaan dalam baris penerangan fasta. Ini adalah jenis perkara pada masa ini
cuba:
>m|5419616|mn|TC130707|
untuk mendapatkan TC130707
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
untuk mendapatkan CG180994.1
>m|12821100|mn|2_11498(1330441)|
untuk mendapatkan 2_11498.
> 123456
untuk mendapatkan 123456 (iaitu, keseluruhan baris, yang merupakan pilihan terakhir).
Jika anda mempunyai baris keterangan yang berbeza daripada ini dan ingin membantu mengubah suai
skrip ini untuk berfungsi dengan data anda, sila e-mel senarai mel skema:
[e-mel dilindungi]. Jika anda mengubah suai skrip sendiri untuk berfungsi dengan anda
data, sila poskan juga senarai mel skema untuk melaporkan perubahan anda supaya boleh
dimasukkan.
Gunakan gmod_make_gff_from_dbxref.plp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
