Ini ialah arahan gmt-music-mutation-relationp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmt music mutation-relation - Kenal pasti hubungan mutasi concurrency atau mutual
eksklusif dalam gen merentas kes.
VERSION
Dokumen ini menerangkan perhubungan mutasi muzik gmt versi 0.04 (2016-01-01 pada 23:10:19)
SINOPSIS
kaitan mutasi muzik gmt --bam-list=? --maf-file=? --output-file=?
[--mutation-matrix-file=?] [--permutation=?] [--gene-list=?] [--langkau-bukan-pengekodan]
[--langkau-senyap]
... perkaitan mutasi muzik \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--permutasi 1000 \
--output-file /path/mutation_relation.csv
DIKEHENDAKI HUJAH
senarai-bam teks
Senarai had fail BAM tab [nama_sampel, normal_bam, tumor_bam] (Lihat Penerangan)
fail maf teks
Senarai mutasi dalam format MAF
fail keluaran teks
Keputusan alat perkaitan mutasi
PILIHAN HUJAH
fail matriks mutasi teks
Simpan matriks sampel-vs-gen yang digunakan semasa pengiraan secara pilihan.
permutasi nombor
Bilangan pilih atur yang digunakan untuk menentukan nilai-P
Nilai lalai '100' jika tidak dinyatakan
senarai gen teks
Senarai gen untuk diuji, biasanya SMG. Jika tidak dinyatakan, semua gen dalam MAF diuji.
langkau-bukan pengekodan Boolean
Langkau mutasi bukan pengekodan daripada fail MAF yang disediakan
Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan
noskip-non-coding Boolean
Jadikan langkau-bukan pengekodan 'salah'
ponteng-senyap Boolean
Langkau mutasi senyap daripada fail MAF yang disediakan
Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan
noskip-senyap Boolean
Jadikan langkau-senyap 'salah'
DESCRIPTION
Modul ini menghuraikan senarai mutasi dalam format MAF dan cuba untuk menentukan
hubungan antara gen yang bermutasi. Ia menggunakan ujian korelasi untuk melihat sama ada atau tidak
dua gen bermutasi secara serentak (korelasi positif) atau saling eksklusif
(kaitan negatif). Kerana kemungkinan bilangan mutasi yang berbeza-beza
hadir dalam gen yang berbeza, nilai-P dikira menggunakan pilih atur terhad yang
mengambil kira taburan kiraan mutasi antara sampel. Dalam keluaran
fail, 'pand' ialah nilai P untuk peristiwa mutasi serentak, dan 'pexc' ialah nilai P untuk
peristiwa mutasi yang saling eksklusif.
HUJAH
--bam-senarai
Sediakan fail yang mengandungi nama sampel dan lokasi BAM normal/tumor untuk setiap satu. guna
format yang dibataskan tab [sample_name normal_bam tumor_bam] setiap baris. Alat ini sahaja
memerlukan sample_name, jadi semua lajur lain boleh dilangkau. Contoh_nama mestilah
sama seperti nama sampel tumor yang digunakan dalam fail MAF (lajur ke-16, dengan pengepala
Tumor_Sample_Barcode).
PENGARANG
Nathan D. Dees, Ph.D.
Qunyuan Zhang, Ph.D.
Gunakan gmt-music-mutation-relationp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
