Ini ialah arahan gmx-dyecoupl yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-dyecoupl - Ekstrak dinamik pewarna daripada trajektori
SINOPSIS
gmx dyecoupl [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-tidak [<.xvg>]]
[-oe [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhist [<.xvg>]]
[-khist [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-awak ]
[-[tidak]w] [-xvg ] [-[no]pbcdist] [-[tiada] norma]
[-tong sampah ] [-R0 ]
DESCRIPTION
gmx dyecoupl mengekstrak dinamik pewarna daripada fail trajektori. Pada masa ini, R dan kappa^2
antara pewarna diekstrak untuk simulasi (F)RET dengan anggapan gandingan dipolar seperti dalam
Persamaan Foerster. Ia seterusnya membolehkan pengiraan R(t) dan kappa^2(t), R dan
kappa^2 histogram dan purata, serta kecekapan FRET serta-merta E(t) untuk
ditentukan jejari Foerster R_0 (suis -R0). Pewarna input mestilah keseluruhan (lihat res dan
mol pbc pilihan dalam trjconv). Momen dipol peralihan pewarna perlu ditakrifkan oleh at
sekurang-kurangnya pasangan atom tunggal, walau bagaimanapun pasangan atom berbilang boleh disediakan dalam fail indeks.
Jarak R dikira berdasarkan COM pasangan atom yang diberikan. The
-pbcdist pilihan mengira jarak kepada imej berkala terdekat dan bukannya kepada jarak
dalam kotak. Ini hanya berfungsi, untuk sempadan berkala dalam semua 3 dimensi. The
-norma pilihan (luas-) menormalkan histogram.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-tidak [<.xvg>] (rkappa.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-oe [<.xvg>] (insteff.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (Pilihan)
Fail data generik
-rhist [<.xvg>] (rhist.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
-khist [<.xvg>] (khist.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-awak (ps)
Unit untuk nilai masa: fs, ps, ns, us, ms, s
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[no]pbcdist (tidak)
Jarak R berdasarkan PBC
-[tiada] norma (tidak)
Normalkan histogram
-tong sampah (50)
# tong histogram
-R0 (-1)
Jejari Foerster termasuk kappa^2=2/3 in nm
Gunakan gmx-dyecoupl dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
