Ini ialah arahan gmx-dyndom yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
gmx-dyndom - Interpolasi dan ekstrapolasi putaran struktur
SINOPSIS
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-sudut pertama ] [-tahan lama ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-trans ] [-kepala ]
[-ekor ]
DESCRIPTION
gmx dyndom membaca a .pdb output fail daripada DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Ia
membaca koordinat, koordinat paksi putaran, dan fail indeks yang mengandungi
domain tersebut. Tambahan pula, ia mengambil atom pertama dan terakhir fail anak panah sebagai arahan
argumen baris (kepala dan ekor) dan akhirnya ia mengambil vektor terjemahan (diberikan dalam
Fail maklumat DynDom) dan sudut putaran (juga sebagai argumen baris arahan). Jika sudut
ditentukan oleh DynDom diberikan, seseorang harus dapat memulihkan struktur kedua yang digunakan untuk
menjana output DynDom. Kerana ketepatan berangka yang terhad ini sepatutnya
disahkan dengan mengira RMSD semua atom (menggunakan gmx confrms) dan bukannya dengan perbandingan fail
(menggunakan diff).
Tujuan program ini adalah untuk menginterpolasi dan mengekstrapolasi putaran seperti yang ditemui oleh
DynDom. Akibatnya struktur tidak fizikal dengan ikatan panjang atau pendek, atau atom bertindih
boleh dihasilkan. Pemeriksaan visual, dan pengecilan tenaga mungkin diperlukan untuk mengesahkan
struktur.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Fail bank data protein
-n [<.ndx>] (domains.ndx)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (diputar.xtc)
Trajektori: xtc trr hebat g96 pdb tng
Pilihan lain:
-sudut pertama (0)
Sudut putaran tentang vektor putaran
-tahan lama (0)
Sudut putaran tentang vektor putaran
-nframe (11)
Bilangan langkah di laluan
-maxangle (0)
DymDom menentukan sudut putaran tentang vektor putaran
-trans (0)
Terjemahan (Angstrom) sepanjang vektor putaran (lihat fail maklumat DynDom)
-kepala (0 0 0)
Atom pertama vektor anak panah
-ekor (0 0 0)
Atom terakhir vektor anak panah
Gunakan gmx-dyndom dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
