Ini ialah arahan gmx-filter yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-filter - Trajektori penapis frekuensi, berguna untuk membuat filem lancar
SINOPSIS
penapis gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc/.trr/...>]] [-oh [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[tidak]w] [-nf ]
[-[tidak]semua] [-[no]nojump] [-[tidak] sesuai]
DESCRIPTION
gmx menapis melakukan penapisan frekuensi pada trajektori. Bentuk penapis ialah cos(pi t/A)
+ 1 dari -A ke +A, di mana A diberikan oleh pilihan -nf kali langkah masa dalam input
trajektori. Penapis ini mengurangkan turun naik dengan tempoh A sebanyak 85%, dengan tempoh 2*A sebanyak 50%
dan dengan tempoh 3*A sebanyak 17% untuk penapisan laluan rendah. Kedua-dua laluan rendah dan laluan tinggi ditapis
trajektori boleh ditulis.
Lebih Baik -ol menulis trajektori ditapis lulus rendah. Satu bingkai ditulis setiap -nf input
bingkai. Nisbah panjang penapis dan selang keluaran ini memastikan penindasan yang baik
penyamaran gerakan frekuensi tinggi, yang berguna untuk membuat filem lancar. Juga purata
sifat yang linear dalam koordinat dikekalkan, kerana semua bingkai input
ditimbang sama dalam output. Apabila semua bingkai diperlukan, gunakan -semua pilihan.
Lebih Baik -oh menulis trajektori ditapis laluan tinggi. Koordinat yang ditapis laluan tinggi ialah
ditambahkan pada koordinat daripada fail struktur. Apabila menggunakan penggunaan penapisan laluan tinggi -sesuai
atau pastikan anda menggunakan trajektori yang telah dipasang pada koordinat dalam struktur
fail.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Pilihan)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-ol [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr hebat g96 pdb tng
-oh [<.xtc/.trr/...>] (laluan tinggi.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr hebat g96 pdb tng
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-nf (10)
Menetapkan panjang penapis serta selang keluaran untuk penapisan laluan rendah
-[tidak]semua (tidak)
Tulis semua bingkai ditapis laluan rendah
-[no]nojump (ya)
Keluarkan lompatan atom merentasi kotak
-[tidak] sesuai (tidak)
Muatkan semua bingkai pada struktur rujukan
Gunakan penapis gmx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
