Ini ialah arahan gmx-insert-molekul yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
gmx-insert-molekul - Masukkan molekul ke dalam kekosongan sedia ada
SINOPSIS
gmx sisipan-molekul [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ini [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-kotak ]
[-nmol ] [-cuba ] [-benih ]
[-jejari ] [-skala ] [-dr ]
[-busuk ]
DESCRIPTION
gmx sisipan-molekul sisipan -nmol salinan sistem yang dinyatakan dalam -ini fail input.
Sisipan berlaku sama ada ke dalam ruang kosong dalam bentuk zat terlarut yang diberikan dengan
-f, atau ke dalam kotak kosong yang diberikan oleh -kotak. Menentukan kedua-duanya -f and -kotak berkelakuan seperti -f, Tetapi
letakkan kotak baharu di sekeliling bahan terlarut sebelum dimasukkan. Sebarang halaju yang hadir adalah
dibuang.
Secara lalai, kedudukan sisipan adalah rawak (dengan benih awal ditentukan oleh -benih). The
program berulang sehingga -nmol molekul telah dimasukkan ke dalam kotak. Molekul tidak
disisipkan di mana jarak antara mana-mana atom yang sedia ada dan mana-mana atom yang dimasukkan
molekul kurang daripada jumlah berdasarkan jejari van der Waals kedua-dua atom. Sebuah pangkalan data
(vdwradii.dat) daripada jejari van der Waals dibaca oleh atur cara, dan jejari yang terhasil
skala oleh -skala. Jika jejari tidak ditemui dalam pangkalan data, atom-atom tersebut diberikan
jarak (pra-skala). -jejari.
Sejumlah -nmol * -cuba percubaan memasukkan dilakukan sebelum berputus asa. Meningkat -cuba jika anda
mempunyai beberapa lubang kecil untuk diisi. Pilihan -busuk menentukan sama ada molekul sisipan
berorientasikan secara rawak sebelum percubaan memasukkan.
Sebagai alternatif, molekul boleh dimasukkan hanya pada kedudukan yang ditentukan dalam kedudukan.dat
(-ip). Fail itu harus mempunyai 3 lajur (x,y,z), yang memberikan anjakan berbanding dengan
kedudukan molekul masukan (-ini). Oleh itu, jika fail itu harus mengandungi mutlak
kedudukan, molekul mesti berpusat pada (0,0,0) sebelum digunakan gmx sisipan-molekul
(cth dari gmx editconf -pusat). Komen dalam fail itu bermula dengan # diabaikan.
Lebih Baik -dr mentakrifkan anjakan maksimum yang dibenarkan semasa percubaan sisipan. -cuba and
-busuk berfungsi seperti dalam mod lalai (lihat di atas).
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Pilihan)
Konfigurasi sedia ada untuk dimasukkan ke dalam: hebat g96 pdb brk ent esp tpr
-ini [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Konfigurasi untuk memasukkan: hebat g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (jawatan.dat) (Pilihan)
Kedudukan percubaan sisipan yang dipratakrifkan
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Konfigurasi output selepas dimasukkan: hebat g96 pdb brk ent esp
Pilihan lain:
-kotak (0 0 0)
Saiz kotak (dalam nm)
-nmol (0)
Bilangan molekul tambahan untuk dimasukkan
-cuba (10)
Cuba masukkan -nmol kali -cuba kali
-benih (1997)
Benih penjana rawak
-jejari (0.105)
Jarak van der Waals lalai
-skala (0.57)
Faktor skala untuk mendarab jejari Van der Waals daripada pangkalan data dalam
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Nilai lalai 0.57 menghasilkan kepadatan hampir kepada
1000 g/l untuk protein dalam air.
-dr (0 0 0)
Anjakan yang dibenarkan dalam x/y/z daripada kedudukan dalam -ip fail
-busuk
Putar molekul yang dimasukkan secara rawak: xyz, z, tiada
Gunakan gmx-insert-molekul dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
