Ini ialah arahan gmx-saltbr yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-saltbr - Kira jambatan garam
SINOPSIS
gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-t ] [-[no]sep]
DESCRIPTION
gmx garambr memplot jarak antara semua gabungan kumpulan bercas sebagai fungsi
masa. Kumpulan digabungkan dengan cara yang berbeza. Jarak minimum boleh diberikan (iaitu a
cut-off), supaya kumpulan yang tidak pernah lebih dekat daripada jarak itu tidak akan diplot.
Output akan berada dalam beberapa nama fail tetap, min-min.xvg, tambah-min.xvg and
tambah-tambah.xvg, atau fail untuk setiap pasangan ion individu jika -sep pilihan dipilih. Dalam
kes ini, fail dinamakan sebagai sb-(Nama semula)(Resnr)-(Atomnr). Mungkin ada banyak fail sedemikian.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-t (1000)
Kumpulan yang tidak pernah lebih dekat daripada jarak ini tidak diplot
-[no]sep (tidak)
Gunakan fail berasingan untuk setiap interaksi (mungkin BANYAK)
Gunakan gmx-saltbr dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
