gmx-sasa - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gmx-sasa - Kira luas permukaan boleh diakses pelarut

SINOPSIS

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-Atau [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-awak ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-[no]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-siasat ]
[-titik ] [-[no]prot] [-dgs ]
[-permukaan ] [-pengeluaran ]

DESCRIPTION

gmx sasa mengira kawasan permukaan boleh diakses pelarut. Lihat Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Kimia. 16, 273-284 untuk algoritma yang digunakan. Dengan
-q, permukaan Connolly boleh dijana juga dalam a .pdb fail di mana nod berada
diwakili sebagai atom dan tepi yang menghubungkan nod terdekat sebagai rekod CONECT. -odg
membenarkan penganggaran tenaga bebas pelarutan daripada tenaga pelarutan per-atom per
luas permukaan terdedah.

Program ini memerlukan pemilihan untuk pengiraan permukaan yang akan ditentukan
-permukaan. Ini hendaklah sentiasa terdiri daripada semua atom bukan pelarut dalam sistem. Kawasan di
kumpulan ini sentiasa dikira. Secara pilihan, -pengeluaran boleh menentukan pilihan tambahan,
yang sepatutnya menjadi subset kumpulan pengiraan. Kawasan yang boleh diakses pelarut untuk ini
kumpulan juga diekstrak dari permukaan penuh.

Purata dan sisihan piawai bagi kawasan ke atas trajektori boleh dikira setiap
sisa dan atom (pilihan -Atau and -oa).

Dengan -tv pilihan jumlah isipadu dan ketumpatan molekul boleh dikira. Dengan
-pbc (lalai), anda mesti memastikan bahawa molekul/kumpulan permukaan anda tidak terpecah
PBC. Jika tidak, anda akan mendapat hasil yang tidak masuk akal. Sila pertimbangkan juga sama ada
jejari probe normal adalah sesuai dalam kes ini atau sama ada anda lebih suka menggunakan, cth, 0.
Adalah baik untuk diingat bahawa keputusan untuk isipadu dan ketumpatan adalah sangat anggaran.
Sebagai contoh, dalam ais Ih, seseorang boleh memuatkan molekul air dengan mudah di dalam liang-liang yang akan menghasilkan
isipadu yang terlalu rendah, dan luas permukaan serta ketumpatan yang kedua-duanya terlalu tinggi.

PILIHAN

Pilihan untuk menentukan fail input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Pilihan)
Trajektori input atau konfigurasi tunggal: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Pilihan)
Struktur input: tpr hebat g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Kumpulan indeks tambahan

Pilihan untuk menentukan fail output:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
Jumlah kawasan sebagai fungsi masa

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Pilihan)
Anggaran tenaga bebas pelarutan sebagai fungsi masa

-Atau [<.xvg>] (resarea.xvg) (Pilihan)
Purata kawasan setiap sisa

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Pilihan)
Purata kawasan per atom

-tv [<.xvg>] (volume.xvg) (Pilihan)
Jumlah isipadu dan ketumpatan sebagai fungsi masa

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Pilihan)
Fail PDB untuk permukaan Connolly

Pilihan lain:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori

-dt (0)
Hanya gunakan bingkai jika t MOD dt == kali pertama (ps)

-awak (ps)
Unit untuk nilai masa: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Pemformatan plot: tiada, xmgrace, xmgr

-[no]rmpbc (ya)
Jadikan molekul keseluruhan untuk setiap bingkai

-[no]pbc (ya)
Gunakan syarat sempadan berkala untuk pengiraan jarak

-sf
Sediakan pilihan daripada fail

-selrpos (atom)
Kedudukan rujukan pilihan: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-siasat (0.14)
Jejari kuar pelarut (nm)

-titik (24)
Bilangan titik setiap sfera, lebih banyak titik bermakna lebih ketepatan

-[no]prot (ya)
Keluarkan protein kepada Connolly .pdb fail juga

-dgs (0)
Nilai lalai untuk tenaga bebas pelarutan setiap kawasan (kJ/mol/nm^2)

-permukaan
Pemilihan pengiraan permukaan

-pengeluaran
Pilihan keluaran

Gunakan gmx-sasa dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net