Ini ialah arahan gmx-spol yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-spol - Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekeliling zat terlarut
SINOPSIS
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[tidak]w]
[-xvg ] [-[no]com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [-celup ] [-bw ]
DESCRIPTION
gmx seks menganalisis dipol di sekeliling zat terlarut; ia amat berguna untuk air yang boleh dipolarisasi.
Sekumpulan atom rujukan, atau pusat rujukan jisim (pilihan -com) dan sekumpulan
atom pelarut diperlukan. Program ini membahagikan kumpulan atom pelarut kepada molekul.
Bagi setiap molekul pelarut jarak ke atom terdekat dalam kumpulan rujukan atau ke
COM ditentukan. Taburan kumulatif jarak ini diplotkan. Untuk setiap
jarak antara -rmin and -rmax hasil darab dalam bagi vektor jarak dan dipol
molekul pelarut ditentukan. Untuk molekul pelarut dengan cas bersih (ion), yang
cas bersih ion ditolak sama rata daripada semua atom dalam pemilihan setiap ion.
Purata komponen dipol ini dicetak. Perkara yang sama dilakukan untuk polarisasi,
di mana dipol purata ditolak daripada dipol serta-merta. Magnitud daripada
dipol purata ditetapkan dengan pilihan -celup, arah ditakrifkan oleh vektor dari
atom pertama dalam kumpulan pelarut terpilih ke titik tengah antara kedua dan
atom ketiga.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-[no]com (tidak)
Gunakan pusat jisim sebagai kedudukan rujukan
-refat (1)
Atom rujukan molekul pelarut
-rmin (0)
Jarak maksimum (nm)
-rmax (0.32)
Jarak maksimum (nm)
-celup (0)
Purata dipol (D)
-bw (0.01)
Lebar tong
Gunakan gmx-spol dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
