Ini ialah arahan hmmalign yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmmalign - menjajarkan jujukan kepada profil HMM
SINOPSIS
hmmalign [pilihan]
DESCRIPTION
Lakukan penjajaran jujukan berbilang semua jujukan dalam dengan menyelaraskan mereka
secara individu ke profil HMM dalam . Penjajaran baharu dikeluarkan kepada stdout in
format Stockholm.
. hendaklah mengandungi hanya satu profil. Jika ia mengandungi lebih, hanya yang pertama
profil dalam fail akan digunakan.
Sama ada or (tetapi bukan kedua-duanya) mungkin '-' (sempang), yang bermaksud membaca ini
input daripada stdin bukannya fail.
Urutan dalam dijajarkan dalam mod penjajaran tempatan unihit. Oleh itu mereka
sepatutnya sudah diketahui mengandungi hanya satu domain (atau serpihan satu). The
penjajaran optimum boleh menetapkan beberapa sisa sebagai tidak homolog (keadaan N dan C), di mana
kes sisa ini masih termasuk dalam penjajaran yang terhasil, tetapi ditolak ke luar
tepi. Untuk memangkas sisa bukan homolog yang tidak sejajar ini daripada hasilnya, lihat --trim
pilihan.
PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
-o Arahkan penjajaran output ke fail , bukannya stdout.
--mamali
Gabungkan penjajaran sedia ada dalam fail ke dalam keputusan, di mana adalah betul-betul
penjajaran yang sama yang digunakan untuk membina model . Ini dilakukan dengan menggunakan a
peta lajur penjajaran kepada kedudukan profil konsensus yang disimpan dalam
. Penjajaran berbilang dalam akan diterbitkan semula dengan tepat di dalamnya
lajur konsensus (seperti yang ditakrifkan oleh profil), tetapi penjajaran yang dipaparkan dalam
lajur sisipan boleh diubah, kerana sisipan relatif kepada profil adalah
dianggap oleh konvensyen sebagai data tidak sejajar.
--trim Potong sisa bukan homolog (diberikan kepada keadaan N dan C dalam penjajaran optimum)
daripada output penjajaran berbilang yang terhasil.
--amino
Nyatakan bahawa semua jujukan dalam ialah protein. Secara lalai, jenis abjad ialah
dikesan secara automatik daripada melihat komposisi sisa.
--dna Nyatakan bahawa semua jujukan dalam adalah DNA.
--rna Nyatakan bahawa semua jujukan dalam ialah RNA.
--maklumat
Istiharkan bahawa input adalah dalam format . Format fail urutan yang diterima
termasuk FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm dan SELEX. Lalai ialah
autodetect format fail.
--format luar
Tentukan bahawa penjajaran berbilang output adalah dalam format . Pada masa ini,
format fail jujukan penjajaran berbilang yang diterima hanya termasuk Stockholm dan SELEX.
Gunakan hmmalign dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
