Ini ialah arahan hmmlogo yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmmlogo - diberi HMM, hasilkan data yang diperlukan untuk membina logo HMM
SINOPSIS
hmmlogo [pilihan]
DESCRIPTION
hmmlogo mengira ketinggian huruf dan parameter indel yang boleh digunakan untuk menghasilkan profil
logo HMM. Alat ini pada asasnya ialah antara muka baris arahan untuk kebanyakan data
mendasari pelayan logo Skylign (skylign.org).
Secara lalai, hmmlogo mencetak jadual ketinggian huruf setiap kedudukan (bergantung pada
kaedah ketinggian yang diminta), kemudian mencetak jadual kebarangkalian jurang setiap kedudukan.
Dalam logo biasa, jumlah ketinggian timbunan huruf untuk satu kedudukan bergantung pada
kandungan maklumat kedudukan, dan ketinggian tindanan itu dibahagikan mengikut
kebarangkalian pelepasan huruf abjad.
PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
--height_relent_all
Jumlah ketinggian = entropi relatif (aka kandungan maklumat); semua huruf diberi a
ketinggian positif. (lalai)
--tinggi_relent_abovebg
Jumlah ketinggian = entropi relatif (aka kandungan maklumat); hanya huruf dengan di atas-
kebarangkalian latar belakang diberi ketinggian positif.
--skor_tinggi
Jumlah ketinggian = jumlah markah huruf pemarkahan positif; ketinggian huruf bergantung kepada
markah surat itu pada kedudukan itu. Hanya huruf dengan latar belakang di atas
kebarangkalian (skor positif) diberi ketinggian positif. (Perhatikan bahawa hanya surat
ketinggian bermakna - ketinggian tindanan tidak mempunyai makna yang wujud).
--no_indel
Jangan cetak jadual kebarangkalian indel.
Gunakan hmmlogo dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
