king-probe - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

king-probe - Menilai dan memvisualisasikan pembungkusan interatomik protein

DESCRIPTION

Sintaks: input kuar.pdb >> keluar.kin

atau: siasat [bendera] "corak src" ["corak sasaran"] pdbfiles... >> out.kin

Bendera:
-DIRI persimpangan diri: src -> src (lalai)

-Keduanya bersilang kedua-dua arah: src <=> targ

-Sekali persimpangan tunggal: src -> targ

-Keluar permukaan van der Waals luaran src (permukaan sentuhan pelarut)

-AUTObondrot nama fail
membaca dan memproses fail autobondrot

jalan pintas:

< >sama seperti: -4J -mc -Ia -diri sendiri "altA ogt33"

-LILAI
sama seperti: < >, tetapi membenarkan beberapa bendera lain

-SCSurface sama seperti: -jatuhkan -rad1.4 -keluar "bukan air"

-Terdedah
sama seperti: -jatuhkan -rad1.4 -keluar (nota: corak bekalan pengguna)

-AS permukaan
sama seperti: -jatuhkan -rad0.0 -tambah1.4 -keluar "bukan air"

-AKSES
sama seperti: -jatuhkan -rad0.0 -tambah1.4 -keluar (nota: corak bekalan pengguna)

-SCAN0 sama seperti: -4J -mc -diri sendiri "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 sama seperti: -4J -sekali "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(bukan air ogt33)"

-DUMPAtominfo
kira atom dalam pemilihan: src

(perhatikan bahawa KEDUA-DUA dan SEKALI memerlukan dua corak manakala

KELUAR, DIRI dan DUMPATOMINFO memerlukan hanya satu corak)

-Tersirat
hidrogen tersirat

-Tersurat
hidrogen eksplisit (lalai)

-Ketumpatan#
tetapkan ketumpatan titik (lalai 16 titik/sq A)

-Jejari#.#
tetapkan jejari probe (lalai 0.25 A)

-ADDvdw#.#
offset ditambahkan pada jejari Van der Waals (lalai 0.0)

-SCALEvdw#.# faktor skala untuk jejari Van der Waals (lalai 1.0)

-COSCale#.#
skala C=O karbon Van der Waals radii (lalai 0.94)

-SPike lukis spike dan bukannya titik (lalai)

-SPike#.#
tetapkan skala pancang (lalai=0.5)

-NOSpike
lukis titik sahaja

-HBBiasa#.# pertindihan maks untuk Hbonds biasa(lalai=0.6)

-HBCcaj#.# pertindihan maks untuk Hbonds yang dicas(lalai=0.8)

-Simpan kekalkan atom tidak terpilih (lalai)

-Dop menggugurkan atom tak terpilih

-Had hadkan titik benjolan kepada jarak maksimum apabila bercium (lalai)

-Tiada had
jangan hadkan titik benjolan

-LEN tambah kata kunci kanta pada fail kin

-NOLEN
jangan tambah kata kunci kanta pada fail kin (lalai)

-MC sertakan mainchain->interaksi rantai utama

-HET sertakan titik kepada kumpulan HET bukan air (lalai)

-NOHETs
kecualikan titik kepada kumpulan HET bukan air

-AIR
sertakan titik ke air (lalai)

-NOWATER
kecualikan titik pada air

-WAT2wat
menunjukkan titik di antara perairan

-DUMPH2O
termasuk air H? senarai vektor dalam output

-4J lanjutkan penyingkiran titik rantai ikatan kepada 4 untuk H (lalai)

-3 hadkan penyingkiran titik rantai ikatan kepada 3

-2 hadkan penyingkiran titik rantai ikatan kepada 2

-1 hadkan penyingkiran titik rantai ikatan kepada 1

-ABAI penurunan eksplisit "corak": abaikan atom yang dipilih mengikut corak

-DOCHO
mengenali CH..O Hbonds

-CHO#.#
faktor skala untuk skor CH..O Hbond (lalai=0.5)

-PolarH
gunakan jejari pendek hidrogen kutub (lalai)

-NOPolarH
jangan memendekkan jejari hidrogen kutub

-NOFACEhbond jangan kenal pasti HBonds kepada muka aromatik

-Name "nama" nyatakan nama kumpulan (lalai "titik")

-DOTMASTER
nama kumpulan digunakan sebagai master tambahan={name} pada senarai

-NOGroup
jangan jana pernyataan @kumpulan dalam output format .kin

-KINemage
tambahkan @kinemage 1 penyataan ke atas output format .kin

-Countdots
menghasilkan kiraan titik-bukan senarai titik

-Tidak berformat
keluarkan maklumat titik mentah

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:skor:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
maklumat titik keluaran diformatkan untuk paparan dalam O

-XVFORMAT
maklumat titik output diformatkan untuk paparan dalam XtalView

-SATU GARISAN
keluarkan satu baris :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
titik warna mengikut jumlah jurang (lalai)

-ATOMcolor
titik warna mengikut jenis atom

-warna asas
titik warna mengikut jenis asas asid nukleik

-COLORBase
titik warna mengikut jurang dan jenis asas asid nukleik

-OUTCOLor "nama" nyatakan warna titik untuk -KELUAR (lalai "kelabu")

-GAPWeight#
tetapkan berat untuk jurang pemarkahan (lalai 0.25)

-BUMPBerat# tetapkan skala relatif untuk benjolan pemarkahan (lalai 10.0)

-HBBerat#
tetapkan skala relatif untuk pemarkahan Hbonds (lalai 4.0)

-DIVRendah#.#
Bahagian untuk kategori Bump (lalai -0.4)

-DIVTinggi#.#
Bahagian untuk kategori Kenalan (lalai 0.25)

-MINOCCupancy#.#
Penghunian di bawah ini adalah sama dengan sifar (lalai 0.02)

-ELEMEN
tambah butang induk untuk elemen yang berbeza dalam output kin

-NOHBOUT
jangan keluarkan kenalan untuk HBonds

-NOCLASHOUT
jangan keluarkan kenalan untuk pertembungan

-NOVDWOUT
jangan keluarkan kenalan untuk interaksi van der Waals

-ONLYBADOUT
onlybadout output pertembungan buruk (hubungan bertindih yang teruk)

-RUMUSAN
senarai ringkasan keluaran kenalan dan pertembungan

-SATU GARISAN
senarai ringkasan output pada satu talian

-NOTIK
jangan paparkan tanda nama sisa semasa pemprosesan

-STDBOND
menganggap hanya corak ikatan piawai dalam sisa piawai

-TIADA IBU BAPA
jangan ikatan hidrogen berdasarkan jadual atom berat induk

-SEGID gunakan medan SegID PDB untuk menerangkan antara sisa

-OLDU menghasilkan gaya lama -u output: kissEdge2BullsEye, dsb

-VERBose
mod verbose (lalai)

-Rujukan
paparan rentetan rujukan

-PERUBAHAN
memaparkan senarai perubahan program

-Senyap mod senyap

-Tolong tunjukkan notis bantuan yang diperluaskan (termasuk bendera lain)

-VERSI
versi satu baris ke stdout

Elemen corak: (perlu dimasukkan dalam petikan pada baris arahan)

FILE# dalam fail #

MODEL# dalam model #

CHAINaa
dalam rantai a

SEGaaaa
pengecam segmen aaaa (di mana _ mewakili kosong)

Konformasi ganti ALTa a

ATOMaaaa
nama atom aaaa (di mana _ mewakili kosong) (semua 4 aksara digunakan supaya H menjadi
ATOM_H__)

RESaaa sisa aaa

# sisa #

#sisa #, masukkan a

#-# julat sisa # (masukkan kod diabaikan)

jenis sisa dengan satu kod huruf (cth. y)

jenis sisa aaa dengan tiga kod huruf (cth. tyr)

SEMUA, PROTEIN, MC, SC, BASE, ALPHA, BETA, NITROGEN, KARBON,
Oksigen,sulfur,fosforus,hidrogen,logam,kutub,
NONPOLAR,DICAS,DONOR,ACCEPTOR,AROMATIC,METHIL,HET,AIR,DNA,RNA

semua atau subset atom

OLT# Penghunian kurang daripada # (peratus integer)

OGT# Penghunian lebih daripada # (peratus integer)

BLT# B-nilai kurang daripada # (integer)

BGT# B-nilai lebih besar daripada # (integer)

INSa Masukkan kod a (di mana _ mewakili kosong)

DALAM #.# DARI #.#, #.#, #.#
atom dalam jarak dari titik

Corak boleh digabungkan menjadi senarai yang dipisahkan koma seperti "trp,phe,tyr" yang bermaksud
TRP atau PHE atau TYR.

Corak yang dipisahkan oleh tempat kosong semuanya mestilah benar seperti maksud "chainb 1-5".
sisa 1 hingga 5 dalam rantai B.

Anda juga boleh mengumpulkan corak dengan kurungan, memisahkan berbilang corak dengan |
bermaksud 'atau' dan pilih pelengkap dengan NOT seperti dalam "bukan file1" bermaksud tidak masuk
fail 1.

Fail autobondrot adalah serupa dengan fail input PDB lain tetapi ia termasuk maklumat
mengenal pasti atom yang tertakluk kepada putaran dan penjelmaan lain.

Contoh serpihan fail autobondrot yang menunjukkan putaran ikatan Calpha-Cbeta dan berkala
fungsi penalti kilasan untuk putaran ini

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Arahan Autobondrot menggunakan titik bertindih untuk memisahkan nilai Transformasi:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # dummy

Fungsi berat sebelah:
COS:skala:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

Bercabang:
SIMPAN dan PULIHKAN atau "(" dan ")"

(cth untuk memutarkan setiap Chi dan metil untuk isoleucine the

turutan ialah: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Tetapkan orientasi: GO:angle1:angle2:... Sertakan fail: @filename Komen:
# teks ulasan

siasatan: versi 2.13.110909, Hak Cipta 1996-2011, J. Michael Word

Gunakan king-probe dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net