Ini ialah arahan macs2_bdgdiff yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
macs2_bdgdiff - Analisis berasaskan model untuk Penjujukan ChIP
DESCRIPTION
penggunaan: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-awalan OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph untuk keadaan 1. Tidak serasi dengan callpeak --SPMR output.
DIKEHENDAKI
--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph untuk keadaan 2. Tidak serasi dengan callpeak --SPMR output.
DIKEHENDAKI
--c1 C1BDG
MACS mengawal lambda bedGraph untuk keadaan 1. Tidak serasi dengan callpeak --SPMR
pengeluaran. DIPERLUKAN
--c2 C2BDG
MACS mengawal lambda bedGraph untuk keadaan 2. Tidak serasi dengan callpeak --SPMR
pengeluaran. DIPERLUKAN
-C POTONG, --potong POTONG
pemotongan logLR. LALAI: 3 (nisbah kemungkinan=1000)
-l MINLEN, --min-len MINLEN
Panjang minimum kawasan pembezaan. Cuba nilai yang lebih besar untuk mengalih keluar kawasan kecil.
LALAI: 200
-g MAXGAP, --jurang-maks MAXGAP
Jurang maksimum untuk menggabungkan kawasan perbezaan berdekatan. Pertimbangkan jurang yang lebih luas untuk luas
markah. Jurang maksimum hendaklah lebih kecil daripada panjang minimum (-g). LALAI: 100
--d1 KEDALAMAN1, --depth1 KEDALAMAN1
Kedalaman penjujukan (# daripada bacaan tidak berlebihan dalam juta) untuk keadaan 1. Ia akan menjadi
digunakan bersama-sama dengan --d2. Lihat penerangan untuk --d2 di bawah untuk cara menetapkannya.
Lalai: 1
--d2 KEDALAMAN2, --depth2 KEDALAMAN2
Kedalaman penjujukan (# daripada bacaan tidak berlebihan dalam juta) untuk keadaan 2. Ia akan menjadi
digunakan bersama-sama dengan --d1. DEPTH1 dan DEPTH2 akan digunakan untuk mengira penskalaan
faktor bagi setiap sampel, untuk menurunkan skala sampel yang lebih besar kepada tahap yang lebih kecil.
Sebagai contoh, semasa membandingkan 10 juta syarat 1 dan 20 juta syarat 2, gunakan
--d1 10 --d2 20, maka nilai timbunan dalam bedGraph untuk keadaan 2 akan dibahagikan dengan
2. Lalai: 1
--luar LUAR
Jika dinyatakan semua fail output akan ditulis ke direktori itu. Lalai: yang
direktori kerja semasa
--o-awalan OPREFIX
Awalan fail output. Fail sebenar akan dinamakan sebagai PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed dan PREFIX_common.bed. Saling eksklusif dengan -o/--ofile.
-o OFILE OFILE OFILE, --ofile OFILE OFILE OFILE
Nama fail keluaran. Mesti memberikan tiga hujah mengikut susunan: 1. fail untuk kawasan unik dalam
syarat 1; 2. fail untuk kawasan unik dalam keadaan 2; 3. fail untuk kawasan biasa
dalam kedua-dua keadaan. Nota: saling eksklusif dengan --o-awalan.
Gunakan macs2_bdgdiff dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
