Ini ialah arahan macs2_bdgopt yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
macs2_bdgopt - Analisis berasaskan model untuk Penjujukan ChIP
DESCRIPTION
penggunaan: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {darab,tambah,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--luar LUAR] -o
OFILE
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
-i IFILE, --ifile IFILE
Skor MACS dalam bedGraph. Nota: ini mestilah fail bedGraph yang meliputi KESELURUHAN
genom. DIPERLUKAN
-m {darab, tambah, p2q}, --kaedah {darab, tambah, p2q}
Kaedah untuk mengubah suai lajur skor fail bedGraph. Pilihan yang ada ialah:
darab, tambah atau p2q. 1) darab, EXTRAPARAM diperlukan dan akan
didarab kepada lajur markah. Jika anda berhasrat untuk membahagikan lajur skor dengan X, gunakan
nilai 1/X sebagai EXTRAPARAM. 2) tambah, EXTRAPARAM diperlukan dan akan ditambah
lajur markah. Jika anda bercadang untuk menolak lajur skor dengan X, gunakan nilai bagi -X
sebagai EXTRAPARAM. 3) p2q, ini akan menukar skor nilai-p kepada skor nilai-q menggunakan
Proses Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM tidak diperlukan. Kaedah ini menganggap
markah adalah -log10 nilai-p daripada MACS2. Sebarang jenis skor lain akan menyebabkan
kesilapan yang tidak dijangka.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --param tambahan [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Parameter tambahan untuk METHOD. Semak butiran -m pilihan.
--luar LUAR
Jika dinyatakan semua fail output akan ditulis ke direktori itu. Lalai: yang
direktori kerja semasa
-o OFILE, --ofile OFILE
Nama fail BEDGgraph keluaran.
Gunakan macs2_bdgopt dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
