Ini ialah arahan macs2 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
macs2 - macs2 - Analisis berasaskan model untuk Penjujukan ChIP
DESCRIPTION
penggunaan: macs2 [-h] [--version]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- Analisis berasaskan model untuk Penjujukan ChIP
kedudukannya hujah:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
callpeak
Fungsi MACS2 Utama: Puncak panggilan daripada hasil penjajaran.
bdgpeakcall
Puncak panggilan daripada keluaran bedGraph. Nota: Semua kawasan pada kromosom yang sama dalam
fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya fail bedGraph daripada MACS2
boleh diterima.
bdgbroadcall
Panggil puncak luas daripada keluaran bedGraph. Nota: Semua kawasan pada kromosom yang sama masuk
fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya fail bedGraph daripada MACS2
boleh diterima.
bdgcmp Tolak hingar dengan membandingkan dua trek isyarat dalam bedGraph. Nota: Semua wilayah di
kromosom yang sama dalam fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya fail bedGraph sahaja
daripada MACS2 boleh diterima.
bdgopt Operasi pada lajur skor fail bedGraph. Nota: Semua wilayah di tempat yang sama
kromosom dalam fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya fail bedGraph daripada
MACS2 boleh diterima.
cmbreps
Gabungkan BEDGgraf markah daripada replika. Nota: Semua wilayah di tempat yang sama
kromosom dalam fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya fail bedGraph daripada
MACS2 boleh diterima.
bdgdiff
Pengesanan puncak pembezaan berdasarkan empat fail bedgraph yang dipasangkan. Nota: Semua wilayah
pada kromosom yang sama dalam fail bedGraph hendaklah berterusan jadi hanya bedGraph sahaja
fail daripada MACS2 boleh diterima.
filterdup
Alih keluar bacaan pendua pada kedudukan yang sama, kemudian tukar format yang boleh diterima kepada BED
format.
diramalkan
Ramalkan d atau saiz serpihan daripada hasil penjajaran. *TIDAK akan menapis pendua*
pileup Pileup aligned reads dengan saiz sambungan yang diberikan (saiz serpihan atau d dalam MACS
bahasa). Ambil perhatian bahawa tiada langkah untuk menapis atau penjujukan bacaan pendua
penskalaan kedalaman, jadi anda mungkin perlu melakukan pra/pasca pemprosesan tertentu.
randample
Nombor sampel/peratusan jumlah bacaan secara rawak.
refinepeak
(Percubaan) Ambil penjajaran bacaan mentah, perhalusi puncak puncak dan berikan markah
menyukat baki tag waston/crick. Diinspirasikan oleh SPP.
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
--versi
tunjukkan nombor versi program dan keluar
Untuk pilihan baris arahan bagi setiap arahan, taip: macs2 COMMAND -h
Gunakan macs2 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
