map2slimp - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

map2slim - memetakan persatuan gen kepada ontologi 'slim'

SINOPSIS

cd pergi
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontologi/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

DESCRIPTION

Memandangkan fail GO slim dan ontologi semasa (dalam satu atau lebih fail), skrip ini akan memetakan
fail perkaitan gen (mengandungi anotasi kepada GO penuh) kepada istilah dalam GO
nipis.

Skrip boleh digunakan untuk sama ada membuat fail persatuan gen baharu, yang mengandungi paling banyak
aksesi langsing GO yang berkaitan, atau dalam mod kiraan, dalam hal ini ia akan memberikan gen yang berbeza
kiraan produk untuk setiap jangka masa tipis

Format fail persatuan diterangkan di sini:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#fail>

HUJAH

-b baldi nipis fail
Hujah ini menambah baldi segi kepada ontologi tipis; lihat dokumentasi di bawah untuk
penjelasan. Fail ontologi langsing baharu, termasuk istilah baldi akan ditulis kepada
baldi nipis fail

-outmap nipis pemetaan fail
Ini akan menjana fail pemetaan untuk setiap istilah dalam ontologi penuh yang menunjukkan kedua-dua
istilah langsing yang paling relevan dan semua istilah langsing yang merupakan nenek moyang. Jika anda menggunakan ini
pilihan, JANGAN membekalkan fail persatuan gen

nama rancangan
(Hanya berfungsi dengan -outmap)

Tunjukkan nama istilah dalam fail pemetaan tipis

-c Ini akan memaksa map2slim untuk memberikan kiraan fail assoc, bukannya memetakannya

-t Apabila digunakan bersama dengan -c akan tab output supaya lekukan mencerminkan
hierarki pokok dalam fail tipis

-o keluar fail
Ini akan menulis assocs yang dipetakan (atau kiraan) ke fail yang ditentukan, bukannya kepada
skrin

MUAT TURUN

Skrip ini adalah sebahagian daripada go-perl pakej, tersedia daripada CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Skrip ini tidak akan berfungsi tanpa memasang go-perl

MAPPING ALGORITMA
GO ialah DAG, bukan pokok. Ini bermakna selalunya terdapat lebih daripada satu laluan daripada istilah GO
sehingga nod Gene_Ontology akar; laluan mungkin bersilang berbilang istilah dalam slim
ontologi - yang bermaksud bahawa satu anotasi boleh dipetakan kepada berbilang istilah tipis!

(ambil perhatian anda perlu melihat ini dalam talian untuk melihat imej di bawah - jika anda tidak melihatnya
yang http://www.geneontology.org tapak, anda boleh melihat URL berikut:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

Contoh hipotetikal bulatan biru menunjukkan istilah dalam GO slim, dan bulatan kuning ditunjukkan
istilah dalam ontologi penuh. Ontologi penuh menggantikan yang tipis, jadi istilah biru adalah
juga dalam ontologi.

GO ID MAPS TO SLIM ID SEMUA MOyang SLIM
=================== =====================================
5 2+3 2,3,1
6 3 sahaja 3,1
7 4 sahaja 4,3,1
8 3 sahaja 3,1
9 4 sahaja 4,3,1
10 2+3 2,3,1

Lajur ke-2 menunjukkan ID yang paling berkaitan dalam pemetaan langsung yang tipis. Yang ke-3
lajur menunjukkan semua nenek moyang dalam slim.

Perhatikan khususnya pemetaan ID 9 walaupun ini mempunyai dua laluan ke akar melalui
slim melalui 3 dan 4, 3 dibuang kerana ia dimasukkan oleh 4.

Sebaliknya, 10 peta kepada kedua-dua 2 dan 3 kerana kedua-duanya adalah ID tipis pertama dalam
dua laluan yang sah ke akar, dan kedua-duanya tidak menggantikan yang lain.

Algoritma yang digunakan ialah:

untuk memetakan mana-mana satu istilah dalam ontologi penuh: cari semua laluan yang sah melalui ke nod akar masuk
ontologi penuh

untuk setiap laluan, ambil istilah tipis pertama yang ditemui dalam laluan

buang mana-mana terma slim yang berlebihan dalam set ini iaitu terma slim yang disertakan dengan terma slim lain
dalam set

BATIK TERMA
Jika anda menjalankan skrip dengan pilihan -b, istilah baldi akan ditambahkan. Untuk sebarang istilah P dalam
yang slim, jika P mempunyai sekurang-kurangnya seorang anak C, istilah baldi P' akan dicipta di bawah P. Ini adalah
istilah catch-all untuk memetakan sebarang istilah dalam ontologi penuh yang merupakan keturunan P, tetapi
BUKAN keturunan mana-mana anak P dalam ontologi langsing.

Contohnya, slim generic.0208 mempunyai terma dan struktur berikut:

%DNA mengikat; GO:0003677
%ikatan kromatin ; GO:0003682
%aktiviti faktor transkripsi ; GO:0003700, GO:0000130

Selepas menambah istilah baldi, ia akan kelihatan seperti ini:

%DNA mengikat; GO:0003677
%ikatan kromatin ; GO:0003682
%aktiviti faktor transkripsi ; GO:0003700 ; sinonim:GO:0000130
@baldi:Z-OTHER-DNA mengikat ; slim_temp_id:12

Istilah daripada ontologi penuh yang merupakan anak-anak lain yang mengikat DNA, seperti satu-
pengikatan DNA terkandas dan keturunannya akan dipetakan kepada istilah baldi.

Istilah baldi mempunyai ID tipis yang bersifat sementara dan hanya ada untuk memudahkan
pemetaan. Ia tidak boleh digunakan secara luaran.

Istilah baldi mempunyai awalan Z-OTHER; Z adalah hack untuk memastikan bahawa istilah itu adalah
sentiasa disenaraikan terakhir dalam susunan abjad.

Algoritma diubah sedikit jika istilah baldi digunakan. Istilah baldi mempunyai
perhubungan tersirat kepada semua adik beradik LAIN bukan dalam slim.

Do I perlu baldi syarat?

Pada masa kini kebanyakan fail nipis adalah sepenuhnya atau hampir 'lengkap', iaitu tiada jurang.
Ini bermakna pilihan -b tidak akan menghasilkan keputusan berbeza yang ketara. Sebagai contoh,
anda mungkin melihat istilah baldi yang mengikat LAIN dibuat, tanpa sebarang anotasi padanya: kerana semua
anak-anak pengikatan dalam GO diwakili dalam fail tipis.

Pilihan baldi hanya diperlukan untuk beberapa fail nipis yang diarkibkan lama,
yang statik dan dijana dalam cara yang agak ad-hoc; mereka cenderung untuk mengumpul 'jurang'
dari semasa ke semasa (cth GO akan menambah anak baru yang mengikat, tetapi fail langsing statik tidak akan mencapai
tarikh, jadi sebarang produk gen yang dianotasi pada istilah baharu ini akan dipetakan kepada pengikatan LAIN dalam
nipis)

GAMBARAN KESALAHAN
Ambil perhatian bahawa fail ontologi tipis mungkin sudah lapuk berkenaan dengan semasa
ontologi.

Pada masa ini map2slim tidak membenderakan ketidakpadanan graf antara graf tipis dan graf masuk
fail ontologi penuh; ia mengambil ontologi penuh sebagai graf sebenar. Walau bagaimanapun
slim ontologi akan digunakan untuk memformat keputusan jika anda memilih -t -c sebagai pilihan.

OUTPUT
Dalam mod biasa, fail perkaitan gen format standard akan ditulis. Lajur GO ID
(5) akan mengandungi ID GO slim. Pemetaan sepadan dengan lajur ke-2 dalam jadual
di atas. Ambil perhatian bahawa fail output mungkin mengandungi lebih banyak baris daripada fail input. Ini adalah
kerana sesetengah ID GO penuh mempunyai lebih daripada satu ID tipis yang berkaitan.

COUNT MODE

map2slim boleh dijalankan dengan pilihan -c, yang akan memberikan kiraan gen yang berbeza
produk dipetakan kepada setiap istilah tipis. Lajur adalah seperti berikut

Tempoh GO
Lajur pertama ialah ID GO diikuti dengan nama istilah (nama istilah disediakan sebagai
ia terdapat dalam kedua-dua GO penuh dan ontologi langsing - ini biasanya akan sama
tetapi kadangkala fail tipis akan ketinggalan di belakang perubahan dalam fail GO)

Bilangan produk gen yang mana ini adalah istilah langsing yang paling relevan
bilangan produk gen yang berbeza yang mana ini adalah yang paling penting/langsing langsing
ID. Secara langsung yang kami maksudkan bahawa sama ada perkaitan itu dibuat terus kepada istilah ini,
ATAU pergaulan dibuat kepada anak kurus ini DAN tiada anak kurus
istilah yang dipetakan oleh persatuan itu.

Bagi kebanyakan kurus, kiraan ini akan bersamaan dengan bilangan persatuan secara langsung
dipetakan kepada istilah tipis ini. Walau bagaimanapun, beberapa fail nipis yang lebih lama adalah "berbintik-bintik" kerana ia
mengaku "jurang". Sebagai contoh, jika langsing mempunyai semua kanak-kanak "proses biologi" dengan
kecuali "kelakuan" maka semua anotasi kepada "kelakuan" atau anak-anaknya akan menjadi
dikira di sini

lihat contoh di bawah

Bilangan produk gen yang disimpulkan dikaitkan dengan istilah langsing
dan bilangan produk gen yang berbeza yang diberi penjelasan kepada mana-mana keturunan ini
ID tipis (atau dianotasi terus pada ID tipis).

bendera usang
GO ontologi

Untuk mengambil contoh; jika kita menggunakan -t dan -c seperti ini:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontologi/gene_ontology.obo gen-associations/gene_association.fb

Kemudian sebahagian daripada keputusan mungkin kelihatan seperti ini:

GO:0008150 biological_process (biological_process) 34 10025 biological_process
GO:0007610 tingkah laku (tingkah laku) 632 632 proses_biologi
GO:0000004 proses biologi tidak diketahui (proses biologi tidak diketahui) 832 832 proses_biologi
GO:0007154 komunikasi sel (komunikasi sel) 333 1701 proses_biologi
GO:0008037 pengecaman sel (pengiktirafan sel) 19 19 proses_biologi
19 produk telah dipetakan ke GO:0008037 atau salah satu daripada anak-anaknya. (GO:0008037 ialah nod daun dalam slim, jadi dua kiraan adalah sama).

Sebaliknya, GO:0008150 hanya mendapat 34 produk yang mana ini adalah yang paling relevan
istilah. Ini kerana kebanyakan anotasi akan dipetakan kepada beberapa anak GO:0008150 dalam slim,
seperti GO:0007610 (tingkah laku). 34 produk gen ini sama ada dianotasi terus kepada
GO:0008150, atau kepada sesetengah kanak-kanak istilah ini yang tidak berada dalam kategori slim. Ini boleh menunjuk kepada
'jurang' dalam langsing. Ambil perhatian bahawa menjalankan map2slim dengan pilihan -b akan 'memasang' jurang ini
dengan istilah pengisi buatan.

Gunakan map2slimp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net