Ini ialah arahan yang dipetakanLiputan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
sim4dbutils - utiliti untuk berfungsi dengan fail penjajaran yang dijana sim4db
convertPolishes - tukar antara format sim4db dan GFF3
filterPolishes - penjajaran penapis berdasarkan identiti jujukan, liputan dan panjang.
mergePolishes - gabungkan penjajaran daripada berbilang fail
sortPolishes - jenis penjajaran mengikut cDNA atau indeks jujukan genomik atau nama jujukan
convertToExtent - Tukar daripada format sim4db kepada format yang dibatasi tab satu baris
fixPolishesIID - Mengemas kini fail sim4db untuk menggunakan indeks jujukan fail fasta tertentu.
Juga boleh digunakan untuk mengekstrak subset penjajaran daripada fail sim4db.
depthOfPolishes - Mengeluarkan histogram sempadan tab bagi kedalaman pengilat pada pelbagai
saiz tingkap.
headPolishes - mencetak penjajaran N pertama dalam fail, serupa dengan kepala(1)
pickBestPolish - laporkan hanya penjajaran 'terbaik' untuk setiap cDNA
pickUniquePolish - melaporkan penjajaran di mana terdapat penjajaran terbaik tunggal yang jelas untuknya
setiap cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Menghasilkan (1) histogram bagi peratus identiti, (2) a
histogram peratus liputan, dan (3) senarai peratus identiti dan liputan (untuk
digunakan dalam plot berselerak).
uniqPolishes - Menapis semua penjajaran untuk cDNA dengan berbilang penjajaran (-uniq) atau
dengan penjajaran tunggal (-dupl). Sama seperti unik(1)
realignPolishes - mengira semula penjajaran yang disenaraikan dalam fail sim4db.
reportAlignmentDifferences - menjana histogram jenis ralat dalam satu set
penjajaran Tidak disokong and Dikecam
comparePolishes - Hubungkaitkan penjajaran dalam dua fail.
convertToAtac - Menukar daripada format sim4db kepada format ATAC.
detectChimera - Memeriksa penjajaran untuk jujukan yang mungkin chimeric.
mappedCoverage - Melaporkan jumlah urutan pertanyaan (EST, cDNA) yang diliputi oleh
penjajaran.
parseSNP - Menganalisis penjajaran untuk SNP.
removeDuplicate - mencari input untuk penjajaran pendua.
vennPolishes - Menghasilkan gambar rajah Venn untuk berbilang fail sim4db. Digunakan dalaman by
ESTMapper pengilat bersih
meringkaskan
DESCRIPTION
Program ini adalah pelbagai utiliti untuk digunakan sim4db(1) -fail penjajaran yang dihasilkan.
Gunakan mappedCoverage dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
